Les lois adoptées par l'Assemblée fédérale sont, depuis 1874, passibles d'un référendum populaire qui suspend leur entrée en vigueur, ce qui implique un allongement de la procédure législative. Or certaines situations appellent une prompte intervention du Parlement. La Constitution fédérale de 1874 (art. 89) excluait le référendum en cas d'urgence. La réglementation de la clause d'urgence fut introduite par l'initiative populaire "Pour le retour à la démocratie directe" lancée en 1946. En dépit de l'opposition de l'Assemblée fédérale et du Conseil fédéral, l'initiative fut acceptée le 11 septembre 1949 et un nouvel article 89bis introduit dans la Constitution.
Une majorité spéciale des membres de chacune des deux Chambres ― et non des seuls votants ― est requise, soit 101 voix au Conseil national et 24 au Conseil des Etats pour soumettre à la clause d'urgence les actes normatifs dont la durée doit être d'emblée limitée. Permettant leur entrée en vigueur immédiate, elle exclut le référendum pour les lois qui ont une durée limitée à un an. Celles de plus longue durée restent soumises au référendum, le processus référendaire s'exerçant alors sur des actes déjà en vigueur. Lorsqu'il aboutit au rejet d'une loi urgente, le référendum déploie un effet abrogatif, en tant qu'il met un terme, un an après son adoption, à l'existence de l'acte, qui ne saurait être renouvelé. Le référendum est facultatif lorsque la loi est conforme à la Constitution, obligatoire dans le cas contraire. Le recours à la clause d'urgence a permis de traiter rapidement des thèmes délicats (assainissement des finances, lutte contre l'inflation, assurance chômage, droit d'asile). La clause d'urgence figure dans la Constitution de 1999 sous l'appellation de législation d'urgence (art. 165), la notion d'arrêté urgent, utilisée sous l'empire de la Constitution de 1874, étant remplacée par celle de loi urgente.