Avant la création du premier Etat suisse centralisé en 1798, il n'existait aucun dépôt central des Archives des cantons suisses. Zurich, canton directeur (Vorort), conservait les traités conclus par les cantons avec les puissances étrangères et la correspondance qu'il assumait, mais Berne ou Lucerne possédaient aussi des fonds importants. Les archives des diètes restaient dans les chancelleries des villes où se réunissait la diète.
Le 18 décembre 1798, un décret créait les Archives centrales de la République helvétique pour conserver et classer les titres du nouveau gouvernement, auxquels furent bientôt joints les papiers et registres administratifs des ministères. Placé d'abord à Aarau, siège du gouvernement, transféré à Lucerne puis à Berne, le nouveau service s'efforça d'organiser les anciennes archives des communes, des bailliages et des cantons de manière uniforme et se heurta à une forte résistance. Les Archives centrales, dont la masse représentait trente à quarante chariots à la fin de l'Helvétique en 1803, soit 4200 volumes et liasses, furent déposées à Berne.
Sous la Médiation, les archives des diètes de l'ancienne Confédération et celles du Vorort furent placées sous la responsabilité des cantons où elles étaient conservées. Celles de l'Helvétique et les archives en formation, comprenant essentiellement les doubles des Recès des diètes, les papiers du Landamman et les documents relatifs aux affaires extérieures, militaires et financières, furent placées sous la surveillance d'un archiviste à Berne. Dès cette époque, les archives furent accessibles aux autorités cantonales et fédérales, mais non aux chercheurs. La Restauration changea peu de choses à cette organisation, jusqu'en 1835, où un décret de la Diète précisa les droits de la Confédération sur les documents émanant des différentes autorités fédérales.
Les Archives fédérales, actuel dépôt et service d'archives de la Confédération, ont été établies par la loi de mai 1849 sur l'organisation de l'administration fédérale et par un règlement de 1852 (ce dernier autorise notamment l'ouverture des archives aux chercheurs). Aux termes du règlement de 1966, les Archives fédérales conservent les archives centrales de la République helvétique, de la Médiation et celles de 1814 à 1848, les archives de l'Etat fédéral depuis 1848; les originaux des actes diplomatiques et les ratifications des traités internationaux; des archives privées pouvant servir à l'histoire de la Suisse depuis 1798; des collections de copies, de photocopies et de microfilms conservés dans les institutions étrangères.
Au XIXe siècle, les Archives fédérales ont déployé une activité surtout historique, en publiant les recès des diètes fédérales (1856-1886), des répertoires et des documents de l'Helvétique (1886-1966), activité qui a repris en 1979 avec les Documents diplomatiques suisses. Le travail de préarchivage, soit de gestion des archives au sein de l'administration, après des débuts difficiles dans les années 1857-1867, fonctionne aujourd'hui d'une manière exemplaire, en application de règlements successifs de 1933, 1944, 1957 et 1970. Enfin, pour résoudre les problèmes créés par la multiplication des documents sur des nouveaux supports, les Archives fédérales ont pris diverses mesures. Le bâtiment des Archives fédérales, construit de 1896 à 1899 sous la direction de l'architecte Theodor Gohl, a été entièrement rénové et complété entre 1980 et 1985 par une vaste annexe souterraine; des 57 km de rayons linéaires dès lors disponibles, 41 environ étaient remplis en 2001. La rénovation a permis la mise en service à Wimmis d'un atelier spécialisé dans la restauration et la désacidification des papiers modernes (2000).
La nouvelle loi fédérale sur l'archivage, adoptée le 26 juin 1998, est entrée en vigueur le 1er octobre 1999. Elle prévoit l'accès libre et gratuit aux archives de la Confédération après un délai de 30 ans (35 auparavant). Pour les archives classées selon les noms de personnes et contenant des «données personnelles sensibles ou des profils de la personnalité», ce délai est porté à 50 ans. Tous les organes fédéraux sont désormais tenus de proposer leurs archives aux Archives fédérales (pour autant qu'ils ne doivent pas les archiver eux-mêmes) et de leur verser les documents ayant une valeur archivistique. Les Archives fédérales déterminent cette valeur d'entente avec les services producteurs.
Directeurs des Archives fédérales et des institutions précédentes
1799 | Philipp Christoph Reibelt |
1799 | Josef Mariä Businger |
1799-1803 | Marc Louis Vinet |
1803-1848 | Karl Samuel Wild |
1849-1861 | Johann Jakob Meyer |
1856-1867 | Joseph Karl Krütli |
1868-1913 | Jakob Kaiser |
1914-1932 | Heinrich Türler |
1933-1954 | Léon Kern |
1954-1973 | Leonhard Haas |
1974-1990 | Oscar Gauye |
1990-2004 | Christoph Graf |
2004-2017 | Andreas Kellerhals |
2018- | Philippe Künzler |