Les préfets sont une création de la République helvétique (1798-1803). Dans chaque canton, le préfet national, nommé par le Directoire, était le premier magistrat et le représentant du pouvoir central, d'où son appellation allemande de Regierungsstatthalter, lieutenant du gouvernement; il était parfois aussi nommé Kantonsstatthalter. L'italien traduit par prefetto. Le préfet national était secondé par les sous-préfets (Distriktsstatthalter), placés à la tête des districts, qu'il nommait, comme il choisissait aussi le président de la Chambre administrative et celui du tribunal. Il était aussi chargé de la sécurité et pouvait lever les troupes cantonales. Le sous-préfet du chef-lieu le remplaçait en cas d'absence, d'où son nom de lieutenant du préfet (all. Unterstatthalter).
Le système s'inspirait du modèle français. En 1798 toutefois, l'agent du pouvoir central en France s'appelait encore commissaire central: les préfets apparaissent avec la Constitution de l'an VIII (décembre 1799) et la loi de pluviôse de l'an VIII (février 1800). L'évêché de Bâle, Genève et le Valais eurent des préfets durant les quelques années où ils furent départements français. Le préfet de l'Helvétique tire donc son nom du praefectus, terme repris du latin, qui désignait parfois les baillis bernois avant 1798, leur fonction étant l'Amtspräfektur ou préfecture. Quant à Statthalter, il était couramment utilisé sous l'Ancien Régime, en général pour désigner le deuxième magistrat du canton.
Le préfet national disparut avec l'acte de Médiation. La fonction subsista toutefois dans plusieurs cantons, au niveau des districts, tout en changeant de nom pour rompre avec un régime impopulaire. Berne eut jusqu'en 1831 des Oberamtmänner (baillis), Vaud des lieutenants du Petit Conseil jusqu'en 1832, le Tessin des commissari di governo. Au début du XXIe s., ces magistrats existent encore dans neuf cantons. Vaud, Valais et Fribourg (partie francophone) les appellent préfets, Berne et Zurich Regierungsstatthalter, Lucerne Amtsstatthalter, Fribourg et Soleure Oberamtmann, Bâle-Campagne Bezirksstatthalter, Argovie Bezirksammann, le Haut-Valais Präfekt. Ces magistrats incarnent l'Etat dans les districts, mais sont aussi de facto les porte-parole de leurs administrés. Ils ont rempli ou remplissent souvent des fonctions judiciaires: à Berne, jusqu'en 1998, le préfet présidait le tribunal de district dans les petites circonscriptions et, dans le canton de Vaud, il est encore chargé de causes administratives (amendes d'ordre par exemple).
Tous nommés par le gouvernement à l'origine, les préfets sont actuellement élus par le peuple (Berne depuis 1893, Fribourg depuis 1977), sauf dans le canton de Vaud (où les radicaux n'ont plus le monopole du poste qu'ils ont détenu jusqu'après la Deuxième Guerre mondiale). Les préfètes ont aussi fait leur apparition (par exemple Vaud en 1996, Berne en 1997, Valais en 2001). Quelques cantons ont supprimé la fonction au XXe s., probablement par économie: les commissari di governo ont disparu en 1922, à Neuchâtel, le préfet des Montagnes a été le dernier en poste (jusqu'en 1990) et à Saint-Gall, le Bezirksammann n'existe plus depuis 2000.