Branche du protestantisme, le zwinglianisme est avec le calvinisme l'une des principales sources de la tradition, née à la Réforme, qui est aujourd'hui encore celle des Eglises évangéliques réformées. Le concept désigne la pensée du réformateur zurichois Ulrich Zwingli, mais aussi les diverses interprétations que l'on en a données, selon les temps et les lieux. Les termes allemands de Zwinglianismus, zwinglisch (zwinglien) et Zwinglianer (adepte de Zwingli), ainsi que leurs équivalents latins, furent forgés au XVIe s. par les adversaires des réformés et eurent d'abord une connotation dépréciative.
Pour parler aujourd'hui du zwinglianisme, il faut tenir compte de divers facteurs, à commencer par le caractère apologétique des écrits de Zwingli, effet de ses multiples combats: contre les tenants de l'ancienne foi (sur l'autorité de l'Eglise traditionnelle et ses pratiques), contre l'anabaptisme (sur le baptême et le rôle des autorités laïques) et contre Martin Luther (sur l'eucharistie). Ensuite, il faut se rappeler que la mort du réformateur à la bataille de Kappel en 1531 mit fin abruptement à son œuvre. Le mouvement qu'il avait lancé fut limité pour l'essentiel aux quatre Etats-cités de Zurich, Berne, Bâle et Schaffhouse. A cela s'ajoute le fait que son successeur, Heinrich Bullinger, certes toujours fidèle à son héritage, fut amené, dans un mandat de quarante années, à le développer et à l'adapter aux circonstances. Ce que les spécialistes entendent par zwinglianisme varie donc en fonction du poids que chacun d'eux attribue à la pensée et à l'action de Zwingli, à celles de Bullinger et aux transformations complexes advenues durant le mandat du second. Ainsi, pour la période postérieure à la mort de Zwingli, certains ont proposé le concept de zwinglianisme tardif (Gottfried Wilhelm Locher), d'autres celui de bullingerianisme (Joachim Staedtke). Enfin, il ne faut pas négliger les pistes zwingliennes menant dans le Palatinat, dans les Provinces-Unies, en Hongrie, en Pologne, en Angleterre ou en Ecosse, mais il s'agit souvent de simples allusions dans des ouvrages de théologie, de contacts épistolaires ou d'écrits diffusés, ce qui ne nous renseigne guère sur l'influence réelle du zwinglianisme.
En dépit de ces limites, on peut relever des divergences caractéristiques entre luthéranisme, zwinglianisme et calvinisme, sur quatre points essentiels: l'eucharistie, la prédestination, la discipline ecclésiastique et la théologie de l'alliance. Ces oppositions se développèrent, avec une intensité variable, au cours de trois phases.
Dans la première phase (1525-1550), le zwinglianisme s'éloigna du luthéranisme, mais vit le calvinisme se rapprocher de lui. Zwingli résuma pour la première fois sa théologie dans De vera et falsa religione commentarius (1525). Lors de la controverse avec les anabaptistes, il développa l'idée que l'alliance de Dieu avec Israël correspondait pour l'essentiel à l'alliance avec les chrétiens, de sorte que la circoncision et le baptême, la pâque juive et la cène étaient des signes du salut donné par Dieu. En même temps, il défendit contre Luther la conception symbolique de la sainte cène. L'obtention du salut ne dépend pas des sacrements, mais seulement de Dieu qui donne la foi en Jésus Christ son fils. Sur ce point, il y eut une tentative de conciliation entre Luther et Zwingli au colloque de Marbourg (1529), mais elle échoua. La Confessio Helvetica prior (Confessions helvétiques), dont Bullinger fut l'un des principaux auteurs, reprit en 1536 pour l'essentiel la vision zurichoise de la cène. En s'y ralliant par le Consensus tigurinus" (1549), Calvin rompit avec le luthéranisme et s'intégra au protestantisme suisse.
Dans la deuxième phase (1550-1585), zwinglianisme et calvinisme se mirent à diverger. Contre Calvin et son dogme de la prédestination (certains hommes sont élus, d'autres pas), Bullinger maintint la doctrine de l'élection par la grâce. La question de la prédestination resta controversée jusqu'à la dispute avec les arminiens (Orthodoxie protestante). En matière de discipline, Jean Œcolampade avait prévu à Bâle une institution ecclésiastique, ce que Zwingli avait refusé à Zurich, parce qu'il pensait que cette tâche revenait au magistrat (Consistoires). Calvin reprit à Genève le modèle bâlois, ce qui conduisit à de violents conflits dans le Pays de Vaud à la fin des années 1550, les adeptes de Calvin exigeant une juridiction ecclésiastique indépendante du Conseil de Berne. Mais celui-ci s'y refusa et imposa le modèle zurichois. Dans les Provinces-Unies, le synode national de 1578 renforça l'autonomie de l'Eglise envers les autorités laïques, en rejetant les arguments que Caspar Coolhaes et les autorités de Leyde avaient tirés de Bullinger, de Rudolf Gwalther et de Wolfgang Musculus en faveur du modèle zurichois. En 1566, Bullinger publia la Confessio Helvetica posterior, aussitôt adoptée par les cantons protestants (sauf Bâle qui attendit 1644) et des villes alliées (dont Genève).
Lors de la troisième phase (1585-1620), le zwinglianisme se fondit peu à peu dans le calvinisme. La conception genevoise de la discipline ecclésiastique, affinée par Théodore de Bèze, s'était répandue en Angleterre au début des années 1570; mais John Whitgift et Richard Hooker défendirent, en s'appuyant sur l'Explicatio […] de Thomas Erastus, la conception zurichoise (discipline assumée par l'autorité laïque), qui se maintint encore en Angleterre au XVIIe s. La doctrine zwinglienne de l'alliance, reprise par Bullinger dans un traité de 1534, servit de base à une théologie de l'alliance (ou "théologie fédérale") qui eut une profonde influence en Angleterre et en Ecosse. La doctrine de la prédestination, perfectionnée à Genève par Théodore de Bèze, trouva de plus en plus de défenseurs à Bâle (Amandus Polanus von Polansdorf), Berne (Abraham Musculus) et même à Zurich (Johannes Stucki); elle fut renforcée par la condamnation de l'arminianisme au synode de Dordrecht de 1618-1619. Les arminiens s'étaient référés à Bullinger, si bien que l'antistès zurichois Johann Jakob Breitinger dut prendre sa défense en prétendant qu'il était d'accord avec Calvin. Actuellement, l'influence du zwinglianisme ne s'exerce plus qu'à travers le prisme de la tradition réformée.