Phénomène répandu, mais souvent oublié de l'historiographie religieuse, l'érémitisme (soit la vie religieuse en solitaire "dans le désert") suisse prend ses racines - si l'on excepte le légendaire saint Béat - à l'époque mérovingienne. Saint Amé, moine de Saint-Maurice, se retire en 611 dans les rochers qui surplombent l'abbaye. Saint Gall, moine peut-être irlandais, s'installe autour de 630 dans la vallée de la Steinach et son ermitage et sa tombe seront à l'origine d'une abbaye importante. Au milieu du IXe s., Meinrad quitte l'abbaye de Reichenau pour devenir ermite dans la "forêt sombre"; à l'initiative d'un autre ermite, saint Benno, l'abbaye d'Einsiedeln s'élèvera sur le lieu de son séjour et de son assassinat. Ces précurseurs sont bien connus par les sources hagiographiques. Dès le Xe s., les nécrologes fournissent en outre les noms de reclus vivant emmurés dans des maisonnettes (Reclus et recluses).
Les sources de la pratique juridique et administrative, qui se multiplient dès le XIIIe s., révèlent que l'érémitisme est très fréquent, aussi bien dans les villes et les bourgs que dans les campagnes. Dès lors, on a des ermites une image plus sociologique qu'hagiographique: bien intégrés à la société, à leur famille, les ermites, convers, converses, béguines et bégards font des transactions immobilières, testent, fondent des anniversaires, obtiennent des subventions, bataillent devant les tribunaux avec les confrères et les ordres mendiants qui leur font concurrence dans la mendicité. Dans le domaine spirituel, les ouvrages des dominicains, les recueils de sermons, de visions, de miracles, les éditions et traductions très nombreuses des ouvrages religieux, en particulier de l'Imitation de Jésus Christ et des Vies des Pères du Désert, montrent que la retraite et la méditation au désert rencontrent auprès des laïcs, non seulement en Rhénanie, mais aussi dans les Alpes suisses, un intérêt croissant, cela sans nier le risque toujours présent d'accusation d'hérésie. Le cas de Nicolas de Flue illustre à la fois cet attrait des laïcs pour la Devotio moderna et le poids politique occulte des ermites à la fin du Moyen Age et sous l'Ancien Régime.
Dès le XVe s., les registres des conseils communaux et les procédures pénales et civiles livrent une image plus nuancée des ermites, permettant de connaître leur genre de vie, leurs relations avec les paroisses et les collégiales qui souvent les emploient comme sacristains ou gardiens de chapelles. C'est alors qu'apparaissent les ermites vaguants, les escrocs à la charité, les délinquants (voleurs, violeurs, voire assassins), mais aussi les ermites entrepreneurs, constructeurs de chapelles, créateurs et animateurs de pèlerinages et pèlerins eux-mêmes. Certains sont maîtres d'école, organistes, artistes peintres, sculpteurs.
Cette activité intense, contraire à la vocation d'un véritable ermite, a incité certains d'entre eux, soucieux de la réputation de leur profession, ou des évêques, désireux d'imposer une certaine discipline à ces personnages dont le statut n'est pas clairement défini par le droit canonique avant 1983, à grouper les ermites d'un diocèse en congrégations, à leur imposer un noviciat et des règles, à organiser des chapitres généraux et des visites d'ermitages. Les ermites du diocèse de Constance, tout au moins ceux de sa partie helvétique, obtiennent de leur évêque l'autorisation de se constituer en congrégation au début du XVIIIe s.; la règle, imprimée à Augsbourg en 1777, a été utilisée avec quelques aménagements jusqu'à la fin du XIXe s. Les préceptes qu'elle contient complètent la règle du tiers ordre franciscain, auquel la plupart des ermites sont rattachés (Franciscains). La congrégation était divisée en trois provinces, la province orientale, comprenant l'Oberland saint-gallois, la Thurgovie, Appenzell Rhodes-Intérieures et le Toggenbourg; la province occidentale, avec Fribourg, Soleure et la région de l'ancien évêché de Bâle, et la province de Suisse centrale, la mieux connue: elle compte en 1761 vingt-huit ermites, ayant à leur tête un visiteur (Altvater) et un maître des novices, répartis en huit custodes (Zipfel), et qui se réunissent chaque année à l'Annonciation (25 mars) en chapitre général. A la fin du XVIIIe s., elle accueille des Autrichiens et des Français chassés de leur ermitage par le joséphisme et par la Révolution française. Mise à mal par la suppression du diocèse de Constance, la congrégation est restaurée en 1815. Basée d'abord à Küssnacht (SZ), puis à Zoug (chapelle de pèlerinage de Sainte-Vérène), puis dès 1846 à Luthernbad (comm. Luthern), la congrégation se transforme en 1904 en groupe de Barmherzige Brüder ayant vocation de soigner les malades mentaux. Elle achète en 1908 le terrain d'Oberwil bei Zug pour y construire le Franziskusheim, à la fois maison de retraite pour les ermites et clinique psychiatrique, y transfère son siège, qui s'y trouve toujours, devient en 1922 vicarie suisse des Barmherzige Brüder de Trèves. Elle possède encore un noviciat au Steinhof à Lucerne.
L'érémitisme traditionnel subsiste en Valais, toujours resté extérieur à la congrégation des ermites suisses (à Longeborgne, sporadiquement à la chapelle Notre-Dame-du-Scex à Saint-Maurice dans la dépendance de l'abbaye), à Schwytz (chapelle de Tschütschi), à Soleure (ermitage de Kreuzen) et au Tessin.