L'indulgence, au sens de rémission totale ou partielle des peines temporelles encourues en raison d'un péché, est une notion nouvelle, apparue dans l'Eglise occidentale au XIe s., lorsque se répandit la pénitence privée. Encouragée par les croisades et les pèlerinages, elle reçut un fondement théorique au XIIIe s., à travers la doctrine, défendue par la scolastique, de la grâce inépuisable de l'Eglise. Au début, les évêques, les cardinaux et le pape n'accordaient que des rémissions partielles. L'indulgence plénière promise aux pèlerins se rendant à Rome lors des années jubilaires (dès 1300) et la possibilité, offerte à partir du XIVe s., d'obtenir des indulgences pour les défunts entraînèrent, au bas Moyen Age, un important développement de cette pratique. L'indulgence devint le moyen privilégié d'assurer son salut. Les fidèles pouvaient acheter des lettres d'indulgence dans les sites de plus en plus nombreux qui avaient acquis le droit d'en distribuer (env. 120 sanctuaires de pèlerinage, monastères et églises paroissiales pour la Suisse centrale avant 1450, par exemple). Les revenus servaient à financer des œuvres religieuses de toutes sortes, notamment la construction et l'entretien des églises paroissiales (à Berne, dès 1478, on procure un "pèlerinage à Rome" donnant droit à une indulgence plénière). La vente des indulgences atteignit un paroxysme à Einsiedeln, en septembre 1466, à l'occasion de la fête de la Saint-Michel (qui aurait rassemblé 130 000 pèlerins). Contestées déjà par Berthold de Ratisbonne, Dante Alighieri, John Wyclif, Jan Hus et les vaudois, ces pratiques donnèrent lieu à des excès et à des abus (prédication sur les indulgences de Bernardin Sanson en Suisse en 1518-1519), à tel point que les réformateurs, tels Ulrich Zwingli, Guillaume Farel ou Niklaus Manuel (1484-1530), en firent l'un des thèmes principaux de leurs critiques. Révisé au concile de Trente, le système des indulgences continua de jouer un grand rôle dans la vie religieuse catholique, jusqu'au milieu du XXe s.