Les séminaires, ou grands séminaires, sont des institutions vouées à la formation spirituelle, pratique et, en partie, théologique des candidats à la prêtrise (les petits séminaires étant des institutions scolaires catholiques de niveau secondaire accueillant des garçons désireux de devenir prêtres ou non). Les futurs prêtres y vivent en communauté et y acquièrent, sous la direction d'un recteur, les compétences nécessaires au service sacerdotal. Les séminaires remontent au décret sur la formation des prêtres Cum adolescentium aetas publié par le concile de Trente en 1563. Ce décret obligeait les évêques à créer dans chaque diocèse un séminaire, destiné à former et éduquer le clergé diocésain, en complément à la formation universitaire. Dans les pays situés au nord des Alpes, la décision du concile tarda à être mise en œuvre et il fallut attendre le XIXe s. pour qu'elle soit entièrement appliquée, et ceci pour diverses raisons: ressources financières insuffisantes, manque de volonté de réforme, obstacles d'ordre politique ou confessionnel, existence d'universités jésuites moins coûteuses. Alors que des séminaires furent ouverts aux XVIe et XVIIe s. déjà dans les diocèses de Milan (1579), Côme (1629) et Genève-Annecy (1663), ce n'est qu'au XVIIIe s. que furent créés les séminaires des diocèses de Bâle (à Porrentruy en 1716), Constance (à Meersburg en 1734), Sion (à Géronde en 1748, déplacé à Valère en 1817, en ville de Sion en 1874) et Lausanne (Fribourg en 1795). Dans le diocèse de Coire, les projets d'un séminaire prévu à Coire ou à Disentis n'aboutirent pas. Le Collegium helveticum fut ouvert à Milan en 1579 pour pallier le manque de séminaires dans la Suisse catholique.
Après la sécularisation et la réorganisation de l'Eglise au XIXe s., le diocèse de Bâle obtint un séminaire à Soleure en 1859 grâce à la convention conclue entre l'évêque et les cantons du diocèse. Ce séminaire, qui offrait une année de cours de préparation à l'ordination, fut supprimé lors du Kulturkampf en 1870 par les cantons diocésains. L'évêque Eugène Lachat ouvrit alors, à titre provisoire, un séminaire, qui n'était soutenu que par Lucerne et Zoug, mais qui fut à son tour fermé en 1876 à cause de l'exigence de l'Etat de le contrôler. Le séminaire créé à Lucerne en 1878 est hébergé depuis 1910 dans la maison Saint-Béat. A partir de 1971 (nouveau bâtiment), le séminaire du diocèse de Bâle accueille aussi des laïcs se préparant au service de l'Eglise.
Dans le diocèse de Coire, ce n'est qu'en 1800 qu'un séminaire put être ouvert à Merano, mais il fut déplacé à Coire en 1807, dans l'ancienne abbaye prémontrée de Saint-Lucius, avec l'accord du gouvernement grison. Depuis 1823, tous les futurs prêtres doivent passer au moins une année dans cet établissement, où sont enseignées dès sa création presque toutes les disciplines théologiques, ainsi que, depuis 1850, l'histoire de l'Eglise et la patrologie. L'enseignement de la théologie passa du séminaire à la haute école de théologie de Coire lors de sa création en 1968.
Lorsque le double diocèse de Coire-Saint-Gall fut créé en 1823, le diocèse de Saint-Gall se vit attribuer un séminaire qui se trouve, depuis 1839, dans l'ancien couvent bénédictin de Sankt Georgen à Saint-Gall (fermé entre 1874 et 1880 à cause du Kulturkampf). Depuis 1970, il accueille aussi des laïcs pour une année de cours préparatoires au service de l'Eglise. Le séminaire du diocèse de Lausanne-Genève-Fribourg et de celui de Sion (transféré à Givisiez en 1970), créés sous l'Ancien Régime, existent toujours et préparent à l'ordination, tout comme le séminaire du diocèse de Lugano, ouvert en 1885. Après la création de l'université catholique de Fribourg en 1889, les étudiants en théologie eurent en outre la possibilité, dès 1890, d'être internes à l'Albertinum (dominicains). Toujours à Fribourg, le Salesianum, pensionnat ouvert en 1907 pour les futurs prêtres et les étudiants en théologie, est dirigé par un recteur mandaté par la Conférence des évêques suisses dont dépend l'institution.