Le théâtre de marionnettes recourt à la manipulation de figurines ou d'autres objets, ainsi qu'à l'animation virtuelle (Théâtre). On distingue notamment les marionnettes en trois dimensions (à gaine, à fils, à tringle, par exemple) et les figures plates, articulées ou figées (théâtre d'ombres, de papier). Le théâtre de marionnettes présente, jusqu'à la fin du XIXe s., surtout des farces, du guignol et des sujets populaires, et au XXe s. des singspiel, des contes et des drames littéraires, ainsi que des performances visuelles avec ou sans action. Le théâtre de marionnettes moderne fait souvent intervenir un être humain, antagoniste de la marionnette. Des improvisations impliquant le public, dans le but de susciter des réactions personnelles et interactives, forment la base pédagogique du théâtre de marionnettes contemporain destiné aux jeunes.
Le premier marionnettiste suisse connu est sans doute le Soleurois Heinrich Wirre (attesté de 1558 à 1570). Vers la fin de la guerre de Trente Ans, après la fermeture des théâtres anglais en 1642, les acteurs se rabattirent sur le continent, où ils jouèrent parfois des classiques anglais à l'aide de marionnettes. Du XVIIe à la fin du XIXe s., de nombreux comédiens ambulants, étrangers ou indigènes, donnèrent des spectacles pendant les foires (marionnettes et théâtre d'ombres).
En Suisse, le théâtre de marionnettes prit véritablement son essor au XXe s. Première scène permanente, le Théâtre de marionnettes de Saint-Gall fut fondé en 1903 (fermé en 1943) par le commerçant Hermann Scherrer, sur le modèle du Munichois Joseph Schmid (dit Papa Schmid). Stimulé par l'exposition sur le théâtre de Zurich en 1914, Alfred Altherr créa le Théâtre suisse de marionnettes à l'école d'arts appliqués de Zurich (en activité jusqu'en 1935). Ses mises en scène du Roi Cerf de Carlo Gozzi (marionnettes de Sophie Taeuber-Arp) et de La Boîte à joujoux de Debussy (marionnettes d'Otto Morach) sont devenues célèbres dans l'histoire de l'art pour avoir utilisé pour la première fois des figurines abstraites. A ce théâtre succédèrent les Zürcher Marionetten (1942-1960), fondées par Wilhelm Zimmermann. Fernand et Elsi Giauque créèrent le théâtre de marionnettes de la "Festi" (1927-1947), au-dessus de Gléresse, auquel Friedrich Dürrenmatt collabora en 1947. En 1929, Marcelle Moynier fonda les Marionnettes de Genève. Le Théâtre de marionnettes d'Ascona (1937-1960) était dirigé par Jakob Flach, qui travailla entre autres avec des artistes du Monte Verità. L'écrivain Rudolf Jakob Humm et son fils étaient responsables d'un théâtre de marionnettes à Zurich (1940-1946).
Un grand nombre de scènes professionnelles virent le jour dans la seconde moitié du XXe s. Richard Koelner fonda le Théâtre de marionnettes de Bâle en 1943. Le Puppencabaret de Fred Schneckenburger (1947-1966) donna au genre une tournure moderne et expérimentale. En 1968, Monika Demenga créa la Puppenbühne à Berne. En 1969, Michel et Michèle Poletti fondèrent à Lugano le Théâtre Antonin Artaud d'où sortit en 1979 le Festival international des marionnettes qui eut lieu jusqu'en 1998, puis à nouveau dès 2003. Le Théâtre de la Poudrière naquit à Neuchâtel en 1970 (au début théâtre amateur). Depuis 1985, il organise le Festival international de la marionnette qui se déroule tous les deux ans dans le canton et où se produisent des artistes de renommée mondiale. A Zurich, Peter Matthias Born et Hana Ribi fondèrent en 1984, avec le soutien du Conseil communal, le Zürcher Puppen Theater (auj. théâtre de Stadelhofen). Le Teatro dei Fauni, dirigé par Santuzza Oberholzer, fut fondé en 1986 à Locarno pour promouvoir le théâtre professionnel de figures dans la Suisse italienne; depuis 1998, sa programmation s'est enrichie d'un festival international annuel intitulé "Il castello incantato". L'Association suisse pour le théâtre de marionnettes, créée en 1959, a été rattachée à l'Union internationale de la marionnette (Unima) en 1972. L'Unima suisse, qui rassemble près de cinquante théâtres professionnels, publie en français et en allemand la revue Figura.