L'institut des sœurs enseignantes de la Sainte-Croix de M. a été créé en 1844 à l'initiative du capucin Theodosius Florentini, selon son projet de congrégation féminine vouée à l'enseignement et à la charité. La maison mère et l'école normale furent édifiées en 1851 à la demande d'une société de bienfaisance de Zoug, sous la direction de Maria Bernarda Heimgartner. L'aspect actuel de l'institut, avec son église à coupole, date de 1895-1897.
L'action des sœurs de M. se concentra principalement sur la création et la direction d'écoles dans des communes rurales et d'écoles supérieures pour jeunes filles, ainsi que d'institutions sociales et d'hôpitaux, d'abord en Suisse, puis également à l'étranger dès 1880. Depuis 1851, les sœurs dirigèrent de nombreuses écoles communales en Suisse centrale et dans le canton de Fribourg, des écoles enfantines au Tessin, des écoles enfantines, professionnelles et ménagères dans le canton de Saint-Gall, ainsi que l'école réale de jeunes filles (plus tard secondaire) cantonale catholique de la ville de Saint-Gall. L'"organisation scolaire" de Florentini constituait le fil conducteur de toutes ces écoles, remplacée vers les années 1880 par les premiers programmes et lois scolaires cantonaux.
Les écoles supérieures installées dans le complexe de la maison mère prirent de l'ampleur et durent être déplacées dans de nouveaux bâtiments: l'école normale déménagea en 1892 et 1958; le pensionnat de jeunes filles, créé en 1864 avec les écoles primaire, secondaire et de commerce, prit ses nouveaux quartiers en 1881 et 1932. Plusieurs écoles normales spécialisées virent le jour après 1900: pour les maîtresses d'écoles professionnelle (1907-1998), ménagère (1919-1998) et enfantine (1927-1996). Les sœurs dirigèrent également une école normale à Bulle (1899-1989), ainsi que des pensionnats de jeunes filles comportant diverses écoles à Rorschach, Bellinzone, Lugano, Bulle et Sondrio (Valteline).
Comme l'université de Fribourg n'acceptait pas les femmes, M. créa en 1904 une université privée dans cette ville, l'académie Sainte-Croix, afin d'offrir aux sœurs une formation ad hoc pour l'enseignement supérieur. Un gymnase bilingue pour jeunes filles y fut ouvert dès 1909 (Lycée, dès 1978 collège Sainte-Croix), comptant à la fin plus de quarante classes; il fut repris par le canton et transféré dans un nouveau bâtiment en 1983.
Les sœurs de M. se consacrèrent également au service social et aux soins infirmiers. Après 1860, l'institut géra des asiles de pauvres qui furent transformés à la fin du XIXe s. en orphelinats, maisons de retraite, foyers des bourgeois (Bürgerheime), hôpitaux locaux ou établissements médicosociaux, comme le Johanneum pour enfants handicapés mentaux à Alt Sankt Johann. Avec les foyers pour ouvrières et les pensions pour écolières et travailleuses célibataires (Marienheime), environ quatre-vingts établissements dépendaient de M., principalement en Suisse alémanique.
Dès la fin du XIXe s., les sœurs de M. se vouèrent aux soins à domicile dans les régions rurales. Elles ouvrirent et dirigèrent en outre des cliniques privées à Zurich, Küsnacht (ZH), Saint-Gall (avec une école d'infirmières), Genève et Orselina, ainsi que le centre psychiatrique de Meisenberg à Oberwil (ZG). En 1918, elles fondèrent à Lucerne une école socio-caritative pour femmes (Ecole sociale).
A l'étranger (Allemagne, Italie, Angleterre), les sœurs enseignantes travaillèrent dans des écoles et des foyers. Elles fondèrent également des missions en Afrique du Sud, au Chili et en Inde. L'extension géographique nécessita la création de cercles administratifs (les provinces) regroupant leurs propres novices placées sous la responsabilité d'une supérieure. La direction générale, d'abord à M., fut déplacée à Rorschach en 1969, puis à Lucerne dans le bâtiment de l'Ecole sociale en 1990. Le chapitre général, composé de déléguées des provinces, élit la supérieure générale pour une durée de six ans. La congrégation de M., relevant de la communauté franciscaine, dépendit du diocèse de Bâle jusqu'à son approbation par le pape en 1901.
En Suisse, dès 1970, l'insuffisance de la relève contraignit la congrégation à confier peu à peu l'enseignement à des laïques et à abandonner la direction d'écoles, de foyers et d'hôpitaux, soit en cédant quelques institutions aux autorités cantonales, soit en les vendant à des particuliers ou en fermant certains établissements. Les écoles normales pour maîtresses d'écoles professionnelle, ménagère et enfantine de M. furent progressivement fermées jusqu'en 1998, puis le service social et les soins aux malades peu à peu abandonnés dans toute la Suisse jusqu'en 2000. L'école normale ferma en 2006 en raison de l'exigence, pour la formation des enseignants, de passer au niveau d'une haute école spécialisée. Les établissements situés dans le Tiers-Monde en revanche connurent une forte expansion, notamment en Inde. En 1964, la congrégation de M. comptait 3506 sœurs, dont plus de la moitié travaillait en Suisse; en 2007, l'effectif n'était plus que de 2046 sœurs, dont un quart seulement résidait en Suisse.