Ensemble de trois vastes grottes reliées entre elles (Altarhöhle ou Kirchlihöhle, Untere Höhle, Obere Höhle), entre 1488 et 1500 m d'altitude, dans la falaise atteignant 120 m de hauteur, à l'extrémité orientale de l'Ebenalp, au sud-ouest de Weissbad, dans la commune (Bezirk) de Schwende-Rüte, dans le canton d'Appenzell Rhodes-Intérieures. L'Altarhöhle, à voûte en berceau aplati et dont l'entrée s'élargit en vestibule, fut aménagée en 1657 en chapelle par le curé Paulus Ulmann. On lui ajouta en 1785 un retable et en 1860 un nouveau clocheton. Un mur isole la chapelle de la partie postérieure de la grotte (Kellerhöhle), sous la fissure transversale suintante. Entre 1658 et 1853, l'Untere Höhle fut habitée durant les mois d'été par des ermites. Elle fut ensuite utilisée comme cabane (Gasthaushöhle) de l'auberge de montagne Aescher. En 1972, le petit ermitage fut restauré et transformé en musée. L'Untere Höhle se resserre au fond en un couloir conduisant, dans la montagne, à une large et haute caverne appelée Obere Höhle. On accède à l'entrée de cette dernière, 12 m plus haut, au-delà d'un impressionnant amoncellement de déblais. D'anciennes trouvailles d'os et de dents d'ours des cavernes découvertes sur le sentier de la falaise, devant les grottes inférieures, sont conservées au Musée d'histoire naturelle de Saint-Gall. La collection s'est enrichie des fouilles effectuées par Emil Bächler dans les trois grottes entre 1903 et 1908. En 1904, il identifia des silex provenant d'une couche supérieure de l'Altarhöhle comme étant des outils préhistoriques. Leur similitude avec des objets du Moustérien (Paléolithique) prouvait pour la première fois la présence en montagne de l'homme de Néandertal. On parla alors de «civilisation de Wildkirchli» et des découvertes ultérieures, dans d'autres grottes de montagne, conduisirent à la désignation de «Paléolithique alpin»: ces deux théories, sans fondement scientifique, ont été abandonnées.
Vers 1900, l'état de la recherche ne permettait pas d'appréhender précisément la relation entre les ossements d'ours des cavernes et les vestiges de civilisation au cours de la dernière glaciation. Après 1950, les analyses sédimentologiques permirent de classer les strates des grottes dans la chronologie, entretemps affinée, de la glaciation de Würm et de les dater entre 60'000 et 10'000 ans. La plus grande partie de l'Altarhöhle était restée intacte. On put donc rapidement dégager les déblais des premières fouilles et mettre en évidence une stratigraphie complète pour observer les différentes couches sédimentaires et en prélever des échantillons.
La nouvelle tranchée le long du profil longitudinal creusé autrefois par Bächler révéla, sous un déblai de 1,5 m, des couches intactes, dont on retira tous les ossements et pierres jusqu'au sol vierge, dans une fouille profonde de 5 m et large de 1,3 m. Dans le profil (long de 7 m et haut de 5 m), on identifia trois complexes stratigraphiques que l'on put différencier par les analyses sédimentologiques, les ossements d'animaux et les outils de silex. Les couches inférieures, souvent composées de cailloux grossiers et d'argile, se sont formées pendant la longue phase du Würm ancien (90'000-45'000 ans). Les grottes servaient d'abris pour l'hibernation, la mise bas et la mort de l'ours des cavernes. L'interstade würmien qui suivit (environ 45'000-30'000 ans), plus tempéré, est attesté par une argile fortement désagrégée. Dans sa partie supérieure, comme au début du complexe stratigraphique qui lui succède, irrégulier et formé de petits cailloux, on a découvert des outils en silex qui, à côté d'une quantité d'os de chamois, de bouquetins et de loups, témoignent d'expéditions de chasse estivales dans la montagne par l'homme de Néandertal (campements). L'érosion de la falaise, en même temps que celle du glacier du Säntis, a détruit les foyers à l'entrée primitive de la grotte pendant le maximum würmien, il y a 30'000 à 20'000 ans. C'est durant cette période qu'a disparu l'ours des cavernes. A l'entrée actuelle de la grotte, les blocs de roche tombés du surplomb de la falaise attestent la fin de l'époque glaciaire. Le dernier inventaire archéologique rattache les outils de silex découverts par Bächler et ceux trouvés plus récemment à la phase finale du Moustérien (vers 40'000 av. J.-C.).