Importé du Levant via l'Italie du Nord, le coton est travaillé en Allemagne du Sud dès 1360. A Augsbourg, Ulm et dans d'autres villes souabes, la production et l'exportation de futaine, mélange de lin et de coton, se développèrent considérablement dès la fin du XIVe s., alors qu'au sud du lac de Constance, l'industrie et le commerce des toiles continuaient d'occuper une place prépondérante, de même que l'industrie de la laine à Fribourg (Draperie, Industrie textile). A Bâle, le tissage de la futaine eut une importance régionale après 1380. Zurich adopta l'industrie du coton au début du XVe s., mais hors corporation, d'où le rôle important que les femmes allaient jouer comme tisserandes ou à la tête de petites entreprises jusqu'à la seconde moitié du XVIIe s.
Des réfugiés protestants venus de Locarno apportèrent à partir de 1555 des impulsions novatrices à l'économie cotonnière zurichoise. Se limitant aux activités commerciales, ils ouvrirent non seulement de nouveaux débouchés aux produits locaux, mais initièrent de plus les couches dirigeantes de la ville à de nouvelles formes d'organisation et de production, soit en atelier, soit à domicile, créant ainsi les conditions institutionnelles de la première phase de croissance (1590-1620) du coton zurichois (Verlagssystem, Protoindustrialisation). Une deuxième période d'expansion (1660-1690) devait résulter d'innovations telles que l'adoption du rouet ou l'élargissement de l'offre aux indiennes, aux mouchoirs, aux mousselines, et d'une extension de l'aire de production au-delà des abords immédiats de la ville. A ces facteurs, il convient d'ajouter la stratégie corporatiste de standardisation et de contrôle de qualité. Le passage fréquemment mentionné des huguenots (1685-1700) n'a pas joué le rôle si important qu'on lui attribue. Plus déterminant, en revanche, fut l'apport d'entrepreneurs ruraux qui, à partir de 1670, réussirent à s'imposer comme intermédiaires entre les marchands et la main-d'œuvre campagnarde. Ils éliminèrent du marché les revendeuses et les femmes dirigeant de petites entreprises. Commencée en 1740 et durant jusqu'en 1787 (sauf quelques courtes crises), la troisième vague de croissance s'accompagna d'une hausse des salaires réels, ferment d'une expansion économique massive. Vers 1787, Zurich comptait quelque 34 000 fileuses, 4400 métiers à mousseline et 2100 à indiennes.
L'essor zurichois favorisa dès le XVIIIe s. la propagation du travail à domicile hors du canton. Avant 1710 déjà, Zurich avait étendu son empire cotonnier vers le Gaster et vers Glaris, où les producteurs ne tardèrent pas à s'émanciper, les négociants glaronais se chargeant de fournir la matière première et d'écouler les produits finis à partir de 1750. Une industrie cotonnière de plus en plus autonome se développa dans l'Argovie bernoise et dans les régions voisines de Lucerne après 1710. Elle s'approvisionnait en coton levantin, en particulier égyptien, par l'intermédiaire de marchands genevois ou à la foire de Zurzach. Finissant par étendre jusqu'au Fricktal et aux bailliages soleurois un réseau serré de marchands et petits entrepreneurs, tant dans les campagnes que dans les petites villes, elle connut un puissant essor après 1740. Elle produisait principalement de grosses cotonnades destinées surtout aux indienneries et de la futaine. Dans la basse comme dans la haute Argovie, on se lança en outre dans les tissus de couleur à partir de 1760. En 1787, l'Argovie comptait quelque 12 000 fileuses et 2200 tisserands des deux sexes.
Indépendamment de Zurich, l'industrie cotonnière s'introduisit au XVIIIe s. dans les territoires saint-gallois et appenzellois jusqu'alors voués aux toiles. En 1721, Peter Bion lança dans la ville de Saint-Gall le tissage de la futaine et du coton. Mais ce n'est que vers le milieu du XVIIIe s. que cette activité atteignit sa pleine expansion, gagnant progressivement Appenzell, puis le Toggenbourg et d'autres régions jusqu'à en éliminer complètement l'industrie toilière après 1770. Vers la fin du XVIIIe s., environ 15 000 tisseuses et tisseurs travaillaient soit directement pour des marchands-fabricants soit pour des intermédiaires (dits "fabricants"). La filature du coton ne se propagea qu'après que le tissage eut prit son plein essor, les filés provenant auparavant de Zurich et du canton de Glaris. Occupant près de 40 000 fileuses et fileurs, elle réussit à étendre sa zone d'attraction jusqu'à l'autre rive du Rhin et du Bodan, au-delà des régions tisserandières. Les exportations des maisons de commerce saint-galloises et appenzelloises ne tardèrent pas à surpasser tant en qualité qu'en quantité celles de Zurich et à conquérir, en usant au besoin de l'excellent réseau des marchands de toile, des marchés européens plus lointains, de l'Espagne à la Russie.
Entre 1780 et 1790, l'industrie cotonnière suisse talonna le Lancashire en tête des régions productrices de l'Ancien-Monde. L'apparition vers 1790 de la filature mécanique en Angleterre la confronta pour la première fois directement à l'avance technologique de cette dernière. Moins cher que le fil fait main et offrant de surcroît une souplesse et une régularité supérieures pour une solidité équivalente, le fil mécanique ne tarda pas à s'imposer, particulièrement en Suisse orientale. Le Blocus continental dressé contre l'Angleterre par Napoléon Ier différa non seulement l'effondrement total de la filature manuelle, mais il accéléra simultanément la construction de filatures mécaniques. A Zurich surtout et dans l'est de la Suisse, une vague de créations d'entreprises commença de déferler vers 1801. En 1814, Zurich comptait 74 filatures mécaniques, Saint-Gall et Appenzell entre 20 et 30, de dimension modeste pour la plupart, certaines d'entre elles utilisant partiellement des machines à bras. A la longue, seules des entreprises plus importantes et bien outillées, comme il s'en installa surtout dans les années 1820, parvinrent à s'imposer. En 1830 déjà, les filatures suisses avaient établi le contact avec l'Angleterre et l'Alsace. L'importation de fibres en provenance du sud des Etats-Unis, du Brésil, du Levant et de l'Inde se faisait principalement par Bâle, les cols grisons et le lac de Constance. En 1830, elles s'élevèrent à 3000 t, en 1840 à plus de 40 000 t. Jusqu'aux décennies 1860 et 1870, la filature du coton connut, grâce à l'introduction du renvideur automatique, une formidable envolée. Le nombre de broches passa de 634 000 en 1836 à 1 854 000 en 1876, alors que celui des entreprises descendait durant la même période de 149 à 137. Vers 1880, l'invention du filage continu à anneaux permit d'augmenter encore la productivité. Le renforcement des protectionnismes et le développement d'une industrie autochtone dans les pays d'exportation provoquèrent une concentration accrue des fabriques à partir des années 1880, et une reconversion vers le marché intérieur, tendance qui devait se confirmer au cours du XXe s. et se solder surtout par l'élimination de plus de la moitié des entreprises jusqu'en 1953.
Le tissage, qui en raison de la concurrence anglaise et de mesures protectionnistes, avait subi de graves revers à la fin du XVIIIe s., devait recouvrer au siècle suivant une partie de sa compétitivité face à l'industrie anglo-écossaise aussi bien qu'alsacienne grâce à diverses innovations en matière de production et de finissage (navette volante, blanchiment au chlore). Un regain de protectionnisme dans la plupart des pays d'Europe et la naissance de jeunes industries étrangères n'en nécessitèrent pas moins de gros efforts d'adaptation. La conquête de nouveaux marchés dans les deux Amériques et en Orient, principaux débouchés à partir de 1820, permit de parer aux défections européennes. En se spécialisant dans la mousseline fine, les articles à motifs ou brochés et dans le tissage en couleurs, les Suisses réussirent à maintenir et augmenter leurs atouts aussi en matière d'assortiment. Ces diversifications exigèrent, là encore, des innovations techniques: multiplication des lisses, battant à plusieurs navettes, battant brocheur, métier Jacquard. Les cotonnades colorées du Toggenbourg et de la Suisse centrale s'imposèrent au cours des décennies 1820 et 1830 comme l'une des branches d'exportation les plus importantes de Suisse. Le passage au tissage mécanique ne s'accomplit en revanche que lentement: il s'effectua pour la première fois à Rheineck en 1825. Vu le niveau technique de l'époque, cette invention ne s'appliqua d'abord qu'au tissage de cotonnades blanches grossières ou mi-fines. Dans les années 1840, la mécanisation, grâce à la fabrication indigène de métiers plus performants, fit de rapides progrès, soustrayant à leur tour les articles fins au tissage à bras. Vers 1850, la Suisse comptait déjà quelque 3000 métiers mécaniques en activité. Au cours de la même décennie, la mécanisation gagna également le tissage en couleurs. Les principaux entrepreneurs du Toggenbourg ne l'adoptèrent toutefois qu'après s'être assuré de nouveaux débouchés en Extrême-Orient (Inde et Indochine, Malaisie, Japon et Chine) et lorsque les machines purent être achetées et adaptées sans de trop gros investissements. Comme pour le blanc, mécanisation et production en fabrique déclenchèrent dès 1860 un processus de centralisation et de concentration. L'essor rapide du tissage mécanique n'entraîna toutefois pas tout de suite la disparition du tissage à bras, d'abord en raison de l'abondance de petits et moyens fabricants qui, à défaut de pouvoir se mécaniser, réussirent au moins à se maintenir quelques années, ensuite parce que même les fabriques converties au machinisme continuaient d'employer des tisserands à domicile pour de petites séries ou des articles spéciaux et afin d'amortir les variations conjoncturelles. En 1888, l'industrie suisse du tissage de coton se trouvait néanmoins presque entièrement mécanisée: 133 entreprises totalisaient quelque 24 000 métiers mécaniques.
Comme la filature, le tissage eut à souffrir d'une concurrence étrangère grandissante et d'un protectionnisme aggravé, et chercha lui aussi le remède dans une reconversion vers le marché intérieur. Les manufactures anglaises, hollandaises et, plus tard, italiennes exercèrent dès la fin du XIXe s. de si fortes pressions sur les fabricants suisses de cotonnades en couleurs que nombre d'entre eux durent fermer leurs ateliers ou les reconvertir aux toiles blanches et fournir des tissus à la broderie, qui, elle, devait prospérer jusqu'en 1914. En se réorientant résolument vers la demande indigène et en se spécialisant, après 1950 surtout, dans des créneaux spécifiques et diversifiés, le tissage réussit à garder tout de même une partie de son prestige au XXe s. tout en continuant d'améliorer sa capacité de production. Mais la restructuration de l'économie dès la fin du XIXe s. et plus particulièrement l'ascension de la chimie et de l'industrie des machines comme nouveaux secteurs de pointe entraîna au XXe s. la destitution progressive de l'industrie cotonnière comme moteur économique. Si elle employait en 1880, broderie non comprise, près de 12% des travailleurs du secteur secondaire, ceux-ci ne représentaient plus que 5% en 1930 et tout juste 3% en 1960. Et sa part aux exportations globales de la Suisse descendait de 10,5% vers 1887 à 7,4% en 1937/1938, 2,4% en 1962, 1,1% en 1990 et environ 0,2% en 2006.