25.7.1818 à Glaris,8.10.1889 à Lichtenegg (Basse-Autriche), protestant, de Glaris. Explorateur en Amérique du Sud, collectionneur, zoologue, ethnologue, médecin, premier diplomate suisse au Brésil, puis diplomate en Autriche.
Johann Jakob von Tschudi était le fils de Johann Jakob von Tschudi, commerçant et conseiller, et d'Anna Maria née Zwicky, d'une famille de magistrats glaronais, ainsi que le frère d'Iwan, Friedrich et Anna Katherina von Tschudi, qui épousa en 1835 Christoph Zollikofer. Il étudia les sciences naturelles et la médecine à Zurich (dès 1836, entre autres auprès de Heinrich Rudolf Schinz), puis à Neuchâtel (dès 1837, notamment chez Louis Agassiz). Il fut un ami proche d'Alfred Escher. Auteur de publications sur les sauriens (1837) et les batraciens (1838), Tschudi obtint son doctorat ès sciences à l'Université de Zurich en 1838. Sur mandat du Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel, inauguré en 1837 par Louis Coulon, il entreprit son premier voyage en Amérique du Sud (Chili et Pérou, 1838-1842), afin d'y étudier la faune et de constituer une collection (musées). Des familles d'entrepreneurs tels les Coulon de Neuchâtel et les Grenus de Genève soutinrent financièrement l'expédition. Après son retour, Tschudi poursuivit ses études et ses recherches à Berlin, Wurtzbourg (doctorat en médecine en 1844) et Vienne. Dès 1848, il vécut comme propriétaire terrien et médecin au Jakobshof en Basse-Autriche. En 1849, il épousa Ottilie Schnorr von Carolsfeld, fille de Ludwig Ferdinand Schnorr von Carolsfeld, peintre et conservateur de la galerie du Belvédère à Vienne, et de Karoline née von Jankwitz. Leur fils Hugo von Tschudi fut historien de l'art.
D'abord zoologue et collectionneur, Tschudi étendit ses intérêts à l'anthropologie, l'ethnologie, l'histoire des civilisations, la chasse et la linguistique; il publia dans toutes ces disciplines. Il écrivit des ouvrages fondamentaux pour les premières études péruviennes: Untersuchungen über die Fauna Peruana (plusieurs vol., 1844-1846), Peru. Reiseskizzen aus den Jahren 1838-1842 (2 vol., 1846; anglais 1847), Antiquités péruviennes (avec Mariano Eduardo de Rivero; français 1859, espagnol 1851, anglais 1855), Die Kechua-Sprache (2 vol., 1853). En 1848, il soutint l'aristocratie réactionnaire viennoise et justifia la violence à l'égard des révolutionnaires, qu'il qualifia de «barbares incultes» dans sa publication anonyme Wiens Oktobertage (1849). Il s'occupa également de la réédition du manuel de chasse allemand le plus connu du XIXe siècle, le Handbuch für Jäger, Jagdberechtigte und Jagdliebhaber (1805-1820) de Georg Franz Dietrich aus dem Winckell, qu'il publia entre 1858 et 1865.
Son deuxième voyage en Amérique du Sud le conduisit en 1857-1858 au Brésil, en Argentine et au-delà des Andes au Chili, en Bolivie et au Pérou. Lors de ses expéditions, Tschudi rassembla de nombreux objets. Plus de 600 pièces appartenaient en 2024 au Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel et une cinquantaine au Musée d'Histoire de Berne. Il ne s'agit pas seulement de spécimens zoologiques, mais aussi de biens culturels et de restes humains. Ces derniers furent vendus par Tschudi également à d'autres institutions scientifiques, notamment allemandes. Une statuette (connue aussi sous le nom d'Ekeko) de la culture Pucarà, qu'il s'était approprié de manière sournoise en 1858 près du site sacré aymara de Tiwanaku (Tiahuanaco en Bolivie), fut achetée en 1929 par le Musée d'Histoire de Berne.
Lors de son troisième voyage (1860-1862), Tschudi négocia comme envoyé extraordinaire de la Suisse au Brésil (diplomatie) une convention consulaire (1861), qui devait améliorer les conditions de vie des colons helvétiques et de leurs familles, souvent endettés. Après son retour, il publia ses Reisen durch Südamerika (5 vol., 1866-1869), dans lesquels il décrivit avec condescendance les populations autochtones et les personnes esclavagisées d'origine africaine. Il critiqua l'esclavage au Brésil, désapprouva le mélange des «races» (racisme) et jugea négativement les immigrées et immigrés des classes populaires originaires de Suisse et d'Allemagne. En réponse à une motion de Wilhelm Joos, le Conseil fédéral adressa au Conseil national, le 2 décembre 1864, un rapport «concernant des dispositions pénales envers les Suisses établis au Brésil qui tiennent des esclaves»; consulté en tant qu'expert, Tschudi rejeta l'application de sanctions contre les propriétaires de plantations, considérant cette mesure comme un «acte de violence». Chargé d'affaires de Suisse à Vienne dès 1866, il fut ensuite envoyé extraordinaire et ministre plénipotentiaire (1868-1882) dans la capitale autrichienne. En 1875, il publia une traduction du drame en langue quechua Ollanta et, en 1884, l'étude linguistique Organismus der Khetšua-Sprache.
Ses ouvrages sur la zoologie, l'ethnolinguistique et l'archéologie sud-américaines sont toujours consultés et appréciés par les spécialistes. Comptant parmi les premiers voyageurs suisses à se rendre en Amérique latine au XIXe siècle et pouvant s'appuyer sur un solide réseau au sein de l'élite scientifique européenne de l'époque, Tschudi marqua par ses écrits les représentations contemporaines des sociétés d'Amérique du Sud, qu'il qualifia d'«arriérées et décadentes» (colonialisme). Il fondait son sentiment de supériorité sur des considérations raciales et d'ordre social. Au cours de ses expéditions, il consolida son autorité en affirmant sa masculinité grâce à ses aptitudes de chasseur et par le biais de son activité scientifique. En 2014, le Musée d'Histoire de Berne restitua à la Bolivie la statuette dite d'Ekeko. D'autres pièces rassemblées par Tschudi, dont des momies et des crânes, se trouvent encore dans les collections d'institutions suisses.