Fondée en 1841 à Schwytz, la SES eut comme précurseurs diverses sociétés d'étudiants régionales ou cantonales, comme la société saint-galloise créée en 1816. Son objectif était de réunir les étudiants conservateurs catholiques et, initialement, les protestants aussi. La confessionnalisation croissante de la politique dans les années 1840 et la défaite du Sonderbund provoquèrent, après 1848, le regroupement, au sein de la SES, d'une nouvelle élite de jeunes journalistes, juristes et théologiens catholiques. A la différence de l'aile conservatrice traditionnelle, réunie autour de Philipp Anton von Segesser von Brunegg, la SES se plaça sur le terrain de la nouvelle Constitution fédérale et recréa la presse, la vie associative et les partis du milieu catholique conservateur. Les fêtes centrales, célébrées chaque année dans une petite ville catholique différente, renforcèrent durablement la cohésion nationale de cette élite. En réaction au Kulturkampf, la SES affirma en 1873 sa fidélité à l'Eglise catholique romaine. Contrairement à Zofingue et Helvétia, elle eut dès ses débuts des sections auprès d'universités étrangères, notamment à Fribourg-en-Brisgau, Tübingen et Munich. La SES a toujours été plurilingue; la première section romande fut fondée en 1845 au collège Saint-Michel de Fribourg et la section tessinoise dans les années 1880. Elle a depuis 1857 son périodique Civitas".
Jusque dans les années 1990, la SES fut le lieu de ralliement de l'élite catholique conservatrice, puis démocrate-chrétienne. Elle atteignit son effectif maximal en 1968, avec 1817 actifs et 7338 anciens. Jusqu'en 1875, le nombre de membres siégeant aux Chambres fédérales fut égal à celui des membres de Zofingue, puis supérieur à partir de 1917. Vingt-quatre membres de la société étaient députés à l'Assemblée fédérale en 1881, 38 en 1920, 33 en 1944 et 30 en 1968. A quelques exceptions près, tous les conseillers fédéraux du parti catholique conservateur ou démocrate-chrétien avaient été membres de la SES. Malgré des liens personnels étroits avec le catholicisme politique, la société se tint généralement à l'écart des affaires courantes. Dans les années 1950 et 1960, elle s'intéressa à l'instruction publique, à la politique universitaire et publia le Manifeste de Fribourg (1968), de tendance progressiste. Après mai 68, la SES perdit de son importance politique, comme les autres sociétés d'étudiants traditionnelles. Son idéologie se distança d'abord du radicalisme, puis surtout du socialisme, avant de s'ouvrir, en 1971, à la politique sociale. Durant les périodes de guerre et de crise du XXe s., la SES défendit une position patriotique; pendant la guerre froide, elle afficha une attitude clairement anticommuniste et axée sur la concordance en matière de politique intérieure. Dans l'esprit de Vatican II (1962-1965), elle ouvrit à nouveau ses rangs aux étudiants protestants et abandonna le principe confessionnel en 1977. Association politique ne portant pas couleurs au moment de sa fondation en 1841, elle adopta en 1851 le sautoir rouge-blanc-vert, puis en 1860 la casquette rouge. En 1968, la SES admit les étudiantes comme membres de plein droit, sous réserve de l'approbation des sections.