Les succès des réformés à Berne en 1527 eurent des répercussions sur le plan fédéral. Zurich, sortant de son isolement, songea à garantir la sécurité de la Réforme par des alliances confessionnelles séparées. Du 25 décembre 1527 au 15 octobre 1529 furent signées les combourgeoisies de Zurich et Constance, de Berne et Constance, puis celle de Zurich et Berne, étendue à Saint-Gall, Bienne, Mulhouse, Bâle et Schaffhouse. Ces alliances avaient pour but d'une part la défense de la foi nouvelle, d'autre part le soutien actif de la Réforme dans les bailliages communs. En s'affirmant ainsi et en faisant preuve d'un esprit missionnaire agressif et expansionniste, les réformés poussèrent les catholiques à s'allier à leur tour (Alliance chrétienne).
La première paix nationale de 1529 (Paix nationales) éloigna Zurich de son vrai but: imposer la Réforme à toute la Confédération. C'est pourquoi Zwingli fit appel à des puissances étrangères: il parvint à conclure une alliance avec Strasbourg le 5 janvier 1530. Le 18 novembre 1530, Zurich, Bâle et Strasbourg s'allièrent au lointain landgrave de Hesse; l'abstention de Berne indique que l'arc était trop tendu. En outre, la Ligue de Smalkalde (1531) entraînait les protestants de Haute-Allemagne dans le camp de Luther, ce qui vouait à l'échec la politique imposée par Zwingli et Zurich. La victoire des catholiques dans la seconde guerre de Kappel (octobre 1531) mit fin à toutes les combourgeoisies chrétiennes.