Dans le cadre des conflits entre les ducs de Savoie et la ville de Genève, deux traités furent signés à Saint-Julien-en-Genevois, en territoire savoyard. Pour défendre leur combourgeoise assiégée par la confrérie de la Cuiller, des armées de Berne et de Fribourg, ainsi que des troupes soleuroises, des contingents de Neuchâtel et de Payerne traversèrent le Pays de Vaud et occupèrent Genève le 10 octobre 1530. Le 19, la paix fut signée à Saint-Julien entre le duc et Berne, Fribourg et Genève, grâce à la médiation des autres cantons, de Saint-Gall et du Valais. Le duc Charles II s'engageait à payer une indemnité, à ne plus molester les Genevois et donnait le Pays de Vaud en garantie de la paix. Il contesta cette dernière clause, confirmée en décembre à Payerne par un arbitrage de la Diète.
Le duc Charles Emmanuel ayant échoué à prendre Genève lors de l'Escalade (décembre 1602), des négociations s'ouvrirent le 21 mars 1603, rompues par Genève le 13 mai. Le roi de France Henri IV imposa alors aux parties la médiation de Glaris, Bâle, Soleure, Schaffhouse et Appenzell. Elle aboutit au traité de paix du 11 juillet 1603 (21 nouveau style) qui mettait fin aux hostilités commencées en 1589. La liberté du commerce était rétablie (sauf pour le sel) et les Genevois exemptés des péages dans les Etats de Savoie. Le duc s'engageait à ne pas entretenir de troupes ni à construire de forts dans un rayon de quatre lieues autour de la ville. Il reconnaissait implicitement l'indépendance de Genève. Pour des motifs de politique intérieure, les cantons poussèrent à deux reprises à la paix; pour cette même raison, ils ne répondirent pas en 1603 au vœu de Genève d'entrer dans la Confédération.