On appelle affaire de Glaris ou guerre de Tschudi une résurgence des luttes confessionnelles à Glaris, causée par une tentative de recatholicisation du canton par la force (Confessionnalisme). Au paroxysme du conflit, au tournant de 1559/1560, la Confédération parut au bord d'une nouvelle guerre de religion.
Le nombre des catholiques à Glaris diminuait depuis 1531. Les cinq cantons catholiques de Suisse centrale, qui se sentaient menacés sur leur flanc oriental par un Glaris protestant et par son influence sur les bailliages de Gaster et d'Uznach, voulurent contrer cette évolution. Ils dénoncèrent les alliances avec les Glaronais protestants, refusèrent de siéger dans des conférences à leurs côtés et de leur confier des mandats à la tête de bailliages communs. Ils trouvèrent un appui en la personne d'Aegidius Tschudi, landamman de Glaris de 1558 à 1560, qui semble être l'auteur, ou du moins l'un des auteurs, du plan prévoyant leur intervention armée pour rétablir le catholicisme. En 1560, ils informèrent le pape Pie IV de leur projet et lui demandèrent un soutien financier. Mais l'Espagne leur refusa son aide militaire, de même que le roi de France et que le nonce Giovanni Antonio Volpe qui, conformément aux intentions du pape, n'approuvait pas cette guerre. Tout cela facilita une solution pacifique. Tschudi fut remplacé en 1560 par le catholique modéré Gabriel Hässi et s'exila à Rapperswil (SG) en 1562. Les sept cantons qui n'étaient pas directement impliqués réussirent à imposer le recours à la médiation. Le 3 juillet 1564, les cantons (sauf Schwytz) signèrent le deuxième pacte cantonal de Glaris (Landesvertrag), qui reprenait les dispositions de celui de 1531-1532 et réglait des questions relatives au culte et au clergé. Les catholiques glaronais devaient occuper une part convenable des charges publiques et l'exclusivité de la foi catholique était garantie dans les bailliages de Gaster et Uznach. Ce concordat établissait la parité confessionnelle (simultaneum) à Glaris.