Contrairement à l'empirisme, le rationalisme caractérise, dans la théorie de la connaissance, une position qui accorde la priorité à la pensée pure par rapport à l'expérience sensible ou voit dans cette même pensée pure la seule voie vers le savoir authentique. En sont typiques l'acceptation d'idées innées (ideae innatae) ainsi que la conviction selon laquelle la pensée pure peut transmettre au moins un savoir limité sur le monde extérieur. Pour atteindre cet objectif, la pensée pure procède soit à un examen raisonnable (intuition) de la vérité contenue dans certains principes, soit à une déduction logique découlant d'autres principes. La méthode déductive des mathématiques sert d'exemple, dans la mesure où elle s'applique également aux sciences naturelles et à d'autres domaines à l'époque des Lumières. Le rationalisme classique et l'empirisme seront dépassés par les catégories kantiennes qui élèvent la matière donnée par l'expérience (perception sensible) au rang de connaissance nécessaire et valable généralement.
Aux XVIIe et XVIIIe s., le rationalisme ne se limitait pas à la théorie de la connaissance, mais relevait aussi d'autres disciplines, comme l'éthique ou l'esthétique. Au XVIIe s., en théologie, le concept, désignant les théologiens qui s'appuyaient sur la raison naturelle pour la connaissance de Dieu et l'interprétation de la Bible, fut d'abord polémique. Les termes de rationaliste et de rationalisme qualifièrent plus tard les théologiens, et leur pensée, qui se réclamaient d'une religion naturelle et n'entendaient plus la révélation que comme un moyen conditionné par l'histoire, destiné à instruire la partie ignorante de la population. Dans la théologie protestante allemande, le rationalisme fut d'abord nommé Neologie puis, dès 1790, désigna une école à laquelle s'opposa le suprarationalisme. Lorsque le rationalisme eut perdu de son importance comme mouvement théologique, le concept, ressortissant désormais à l'histoire de la philosophie, ne définit dès lors qu'une théorie de la connaissance et, à part son application aux systèmes philosophiques de Descartes, Spinoza et Leibniz, fut utilisé rétrospectivement pour l'Antiquité et le Moyen Age.
En Suisse, le rationalisme théologique apparaît au XVIIIe s. dans les œuvres du Genevois Jean-Alphonse Turrettini, du Neuchâtelois Jean-Frédéric Ostervald et du Bâlois Samuel Werenfels. Critiques à l'égard des disputes chères à la scolastique, ils furent considérés comme les principaux représentants de l'orthodoxie éclairée (Orthodoxie protestante). Ils adoptèrent toutefois, face aux tendances déistes et sceptiques apparues en Angleterre et en France, une posture apologétique en défendant l'accord de la foi et de la raison et en cherchant à atteindre l'unité entre luthériens, réformés et anglicans par l'abandon des dogmes contestés, comme la double prédestination ou la trinité, ou par un retour aux articles fondamentaux réformés. L'orthodoxie éclairée contribua ainsi, pour l'essentiel, à l'abolition de la Formula Consensus de 1675, d'abord à Bâle et à Genève, puis également à Zurich, dans le Pays de Vaud et à Berne. Dans le septième volume de l'Encyclopédie, d'Alembert prétendit dans son article sur Genève que certains pasteurs genevois ne connaissaient d'autre religion que celle des sociniens, parce qu'ils refusaient les miracles et ne parlaient que de l'utilité de la révélation, et non de sa nécessité; cette affirmation provocante n'est toutefois pas pertinente. Comme d'autres réformés suisses, les pasteurs genevois se distancièrent du déisme et s'en tinrent à l'accord entre la raison et la révélation. Plus que d'autres, le Zurichois Hans Heinrich Corrodi développa le rationalisme théologique. Disciple du "néologue" Johann Salomo Semler, il défendit l'idée d'une religion raisonnable contre Johann Kaspar Lavater. Selon lui, le christianisme était soumis, dans son développement historique, à un processus de perfectionnement, de la sensibilité vers la raison. Il en concluait que la révélation restait certes nécessaire pour les individus se trouvant encore au stade de l'enfance, mais était superflue pour des philosophes capables de saisir la religion à travers la seule raison.
En Allemagne, le rationalisme de Leibniz fut prolongé au XVIIIe s. par Christian Wolff qui, comme son prédécesseur, était d'avis que toutes les vérités découlent forcément de deux principes, celui de la contradiction (vérités nécessaires) et celui de la raison suffisante (vérités contingentes), qui peuvent être connus a priori. Wolff appliqua la méthode mathématique déductive à tous les domaines de la philosophie et développa le principe leibnizien de l'explication rationnelle du monde en système cohérent.
En Suisse, Louis Bourguet et Emer de Vattel furent partisans de la philosophie de Leibniz et de Wolff. Dans son traité Défense du système leibnitien […] (1741), Vattel défendit Leibniz et Wolff contre la critique que Jean-Pierre de Crousaz avait adressée dans son Examen de l'essay de Monsieur Pope sur l'homme (1737).Vattel se dressait ainsi en première ligne contre le reproche selon lequel leur système détruisait les fondements de la morale et de la religion et prit sous sa protection les partisans des deux philosophes, accusés d'athéisme et de libertinisme. Dans cette défense, il s'agissait d'ailleurs moins de problèmes liés à la théorie de la connaissance que de la question de savoir si le rationalisme était compatible avec la liberté de la volonté humaine et l'absence de responsabilité de Dieu pour le mal dans le monde. Crousaz avait contesté ces deux éléments et reproché au système de Leibniz et de Wolff son fatalisme. Sa critique n'était cependant pas dirigée contre toute forme de rationalisme. Il était lui-même un partisan convaincu du cartésianisme, dont il s'inspira pour ses manuels de mathématique et de physique. En Suisse alémanique, bien que la philosophie wolffienne y soit largement connue, le rationalisme de stricte observance ne trouva que peu de partisans. Johann Jakob Bodmer et Johann Jakob Breitinger reconnurent certes tout ce qu'ils devaient à Wolff, mais, dans le cadre de la querelle littéraire entre Zurich et Leipzig, ils se distinguèrent dans leur critique de l'esthétique étroitement rationaliste du wolffien Johann Christoph Gottsched. Johann Georg Sulzer, disciple de Bodmer qui enseigna à l'Académie de Berlin, représenta une forme modérée de l'esthétique rationaliste d'essence wolffienne.
Dans sa signification critique, le concept de rationalisme existe toujours, mais ne sert plus en général à désigner une école. Fondé par Karl Popper dans les années 1930, prolongé par Hans Albert, le rationalisme critique constitue une exception. Partant du principe que toute connaissance est faillible, il s'oppose à toute forme de dogmatisme, cherche une voie médiane entre positivisme et scepticisme et postule une société ouverte, dans laquelle les conflits peuvent être résolus par la discussion rationnelle. En Suisse aussi, il eut quelque influence sur les sciences sociales, politiques et économiques de la seconde moitié du XXe s.