Le terme de vaccination vient de vaccine (variole bovine, du lat. vacca, la vache), alors qu'inoculation vient du latin inoculatio, par l'anglais inoculation qui, comme l'allemand Impfung, signifie à l'origine greffe en écusson. Par vaccination, on entend l'introduction volontaire de matériau infecté dans l'organisme d'une personne (ou d'un animal), à des fins de protection individuelle ou collective contre une maladie. La vaccination est l'un des moyens les plus importants de la médecine préventive.
L'introduction artificielle de l'agent porteur de la variole, dite variolisation ou inoculation, connut dès le XVIIIe s. une diffusion certaine en Suisse. En 1798, Edward Jenner introduisit la vaccination en utilisant du pus de variole bovine et non plus de variole humaine. En quelques années, on se mit à vacciner en Italie, en Allemagne, en Grande-Bretagne et en Suisse, surtout dans les orphelinats. Pendant des décennies, le vaccin antivariolique fut le seul efficace. Il suscita toutefois de nombreuses controverses de santé publique. Grâce à lui, l'OMS a pu proclamer l'éradication mondiale de la variole en 1980.
Dès le dernier tiers du XIXe s., bactériologistes et immunologues développèrent des vaccins contre une série de maladies importantes, par exemple la rage (Pasteur en 1884), le choléra et la fièvre typhoïde (Typhus). Contre les toxines du tétanos et de la diphtérie, on trouva dès 1890 des antitoxines. L'introduction du vaccin contre la tuberculose, disponible en 1927, fut différée à cause d'un drame survenu à Lübeck en 1930; une méprise dans la manipulation des cultures entraîna la mort de plus de septante enfants. La vaccination antituberculeuse ne fut largement utilisée que depuis les années 1950. Avec les tuberculostatiques, elle fut le facteur essentiel du recul de la maladie dans les pays industrialisés. L'efficacité du vaccin tend à s'affaiblir; il n'existe cependant aucune autre méthode, ce qui est inquiétant au vu des huit millions annuels de nouveaux cas. La poliomyélite ou paralysie infantile, devenue dans les années 1940 et 1950 une maladie courante, fut endiguée grâce aux vaccins découverts par Jonas Edward Salk (1956) et Albert Bruce Sabin (1960). L'OMS prévoyait de l'éradiquer avant l'an 2000, mais ce but n'a été atteint que pour l'Europe.
Le succès du vaccin antivariolique favorisa la vaccination obligatoire. Celle-ci fut introduite avant 1860 dans quelques cantons, mais diversement acceptée. Dès 1848, la Constitution fédérale donna à la Confédération la compétence de prendre des mesures en cas d'épidémie, mais la mise en application concrète de campagnes de vaccination restait du domaine des cantons. En 1882, la loi fédérale sur les épidémies, qui incluait la vaccination obligatoire, fut refusée par 80% des votants lors d'un référendum. La forte opposition contre les vaccins entraîna même vers 1883 l'abolition de l'obligation dans quelques cantons de Suisse alémanique. L'argumentation reposait surtout sur des objections sanitaires, comme les effets secondaires des vaccins, pouvant amener par exemple d'autres maladies. La loi sur les épidémies de 1886 (révisée en 1970) continua à donner aux cantons la responsabilité des campagnes de vaccination et celle de l'introduction de l'obligation. La majorité d'entre eux renoncèrent à cette dernière. La Confédération dut seulement veiller à disposer de réserves de vaccins. L'ordonnance de 1976 sur la vaccination gratuite obligea les cantons à offrir les sérums contre la poliomyélite et la tuberculose.
Actuellement, les vaccins administrés couramment aux nourrissons et aux petits enfants protègent contre la diphtérie, le tétanos, la coqueluche, la rougeole (introduit en 1964), les oreillons (1967) et la rubéole (1970). Ceux contre l'hépatite B (1981) et l'Haemophilus influenzae sont recommandés. Les vaccins contre la grippe, la méningite, diverses maladies diarrhéiques et le botulisme sont constamment améliorés. Ceux contre les maladies tropicales comme la fièvre jaune (1935) atténuent les risques pour les populations extra-européennes, les voyageurs et le personnel humanitaire. De grands espoirs sont fondés sur le développement de vaccins contre le paludisme, le sida, la maladie d'Alzheimer et de nouvelles maladies infectieuses comme la fièvre Ebola et la pneumonie atypique (SRAS), ainsi que contre certains types de cancers.