Comme la géologie, la minéralogie est une branche des sciences de la Terre; elle étudie les formes, les propriétés physiques et chimiques et la genèse des minéraux, qui sont des éléments homogènes solides constitutifs de la croûte et du manteau terrestres. Des secteurs spécifiques, telles la cristallographie et l'étude des gisements, sont aujourd'hui des disciplines séparées. La minéralogie est enseignée en Suisse depuis le XIXe s. dans les facultés des sciences naturelles des universités (ou académies) de Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Lausanne, Neuchâtel et Zurich (dans celle-ci, en collaboration avec l'EPF).
La minéralogie moderne remonte au XVIe s. et aux ouvrages de Georgius Agricola qui renferment aussi des contributions de Paracelse et du Zurichois Konrad Gessner. Au XVIIe s., on trouve pour la première fois des observations sur les formes cristallines, dues notamment à Johannes Kepler, qui décrivit en 1611 le flocon de neige, et à Nicolas Sténon, à qui l'on doit la théorie de la constance des angles du quartz en 1669 (Cristaux de roche). Aux alentours de 1700, des scientifiques suisses se retrouvent parmi les fondateurs de la minéralogie descriptive et théorique: en 1698 parut l'étude de Johann Heinrich Hottinger sur les cristaux de roche, en 1723 l'essai de Moritz Anton Kappeler intitulé Prodromus Crystallographiae, partie d'un travail plus important jamais publié. Johann Jakob Scheuchzer consacra aux minéraux un long chapitre dans la troisième partie de son livre Der Natur-Histori des Schweitzerlands (1716-1718). Tous ces auteurs fondaient leurs observations avant tout sur le quartz, dont les gisements alpins étaient connus depuis l'Antiquité (Ressources minières). A la fin du XVIIIe et au XIXe s., la minéralogie se développa rapidement en une science exacte, parallèlement à la physique et à la chimie. Les travaux remarqués de Gustav Adolf Kenngott et David Friedrich Wiser y tinrent une part importante. Au XXe s., Paul Niggli et Paul Scherrer pour la détermination de la structure cristalline et de la cristallographie et Fritz Henning Laves pour la cristallochimie des métaux et des silicates furent internationalement reconnus.
Depuis le XVIIIe s., les nombreux sites de minéraux découverts en Suisse ont fait l'objet de publications. Ainsi Gottlieb Sigmund Gruner en 1775 et Christoph Bernoulli en 1811 firent paraître des études sur les gisements minéralogiques du pays. Kenngott publia en 1866 Die Minerale der Schweiz nach ihren Eigenschaften und Fundorten ausführlich beschrieben, inventaire des 150 variétés de minéraux connues à l'époque. On peut également citer l'ouvrage novateur de Niggli, paru en 1940, intitulé Die Mineralien der Schweizeralpen et un dictionnaire topographique moderne publié en 1998 par Hans Anton Stalder, en collaboration avec d'autres auteurs, sous le titre Mineralienlexikon der Schweiz et portant sur 670 minéraux. La Société suisse de minéralogie et pétrographie a publié de 1921 à 2005 le Bulletin suisse de minéralogie et pétrographie (dans les trois langues nationales principales).
Des cabinets de minéraux ont été constitués dès le XVIIIe s. dans un grand nombre de villes suisses, conséquence d'un engouement croissant pour tout ce qui touchait aux Alpes. Des musées d'histoire naturelle à Bâle, Berne et Genève et des collections minéralogiques et géologiques à Fribourg, Lausanne, Neuchâtel et Zurich suivirent au XIXe s. Dans le prolongement de la vogue de l'ésotérisme, un marché des minéraux s'est développé à partir des années 1970 à l'intention des particuliers.