Dans le prolongement des paix territoriales, il se forma, à côté de ligues de nobles comme la Ligue des chevaliers de Saint-Georges en 1407 et d'associations de communautés rurales comme les Pactes fédéraux de 1291 et 1315, des alliances dont la majorité des membres étaient des villes. Parmi les plus anciennes de ces alliances urbaines à but politique on trouve les accords de réciprocité du XIIe s. qui visaient le maintien de la paix et les ligues que les villes de Lombardie formèrent pour résister à la domination des empereurs Hohenstaufen.
Au nord des Alpes, le nombre des alliances urbaines se multiplia dès le XIIIe s., dans toutes les parties de l'Empire. Elles se recomposaient fréquemment, telle la Confédération bourguignonne, élargissement de l'alliance conclue en 1243 entre Berne et Fribourg. Avec d'autres, Bâle et Zurich firent partie de la Ligue des villes rhénanes (1254/1257), Zurich, Schaffhouse et Saint-Gall de celle du lac de Constance (1312), Zurich, Saint-Gall, Bâle et Berne de celle de l'Allemagne du Sud-ouest (1327). La Ligue des villes souabes (1376) et celle de Constance (1385) sont d'autres exemples.
Au-delà du maintien de la paix dans l'intérêt du commerce et des transports, les villes alliées cherchaient aussi des accords douaniers, juridictionnels, fiscaux et monétaires. Les villes d'Empire se défendaient en particulier contre les tentatives d'intégration aux Etats voisins (garantie de ne pas être données en gage par l'empereur, maintien de l'Immédiateté impériale) et s'efforçaient d'ancrer leur statut dans la loi. En outre elles assuraient la continuité de l'Empire en cas de vacance du trône. Ainsi la Ligue des villes rhénanes voulut exercer par intérim la puissance impériale durant le Grand Interrègne qui suivit la chute des Hohenstaufen et rétablir la constitution adoptée par la Diète de Mayence en 1235. La Ligue des villes de Souabe se donnait pour but en 1337 encore de "renforcer et augmenter le Saint Empire".
Les alliances urbaines prenaient effet grâce à un serment des représentants des villes; elles étaient souvent appelées, de ce fait, coniurationes. Elles instituaient des organes spéciaux (diète, comité, ville directrice, tribunal d'arbitrage) et disposaient parfois d'un sceau. Il arrivait que les partenaires les plus faibles fussent absorbés par le plus fort, comme le furent par exemple les bourgades alliées de Berne. Les accords étaient le plus souvent limités dans le temps, sous réserve de prolongation, et non "perpétuels"; ils étaient presque toujours rédigés selon le même schéma (assistance mutuelle, entraide judiciaire, recours à l'arbitrage en cas de conflit interne), parfois complété de dispositions particulières (sécurité, politique impériale commune). L'attitude des empereurs devant ces ligues fut d'abord hésitante, selon qu'ils les ressentaient comme une limite à leur propre pouvoir ou qu'ils cherchaient l'aide des villes contre les princes. Mais dès 1350, ils s'opposèrent à ce mouvement en plein essor pour privilégier de vastes groupements rassemblant, à l'échelle de la province, la noblesse et les villes, appelées à se soutenir mutuellement et à se défendre ensemble. La Bulle d'or interdit en 1356 les ligues urbaines, considérées comme conspirationes. Les villes d'Allemagne du Sud, battues à Döffingen (D) en 1388 après douze ans de guerre, durent céder et chercher un arrangement pour sauvegarder leurs intérêts commerciaux. En 1389, la paix territoriale d'Eger (auj. Cheb en République tchèque) interdit toute alliance urbaine. La Ligue des villes souabes refondée en 1390 ne retrouva pas son ancienne importance. La ligue dite Bund der gemeinen Städte um den See (dont Saint-Gall), approuvée en 1390 par l'empereur Wenceslas, n'exerça son influence pacificatrice que localement. Les vastes groupements provinciaux de villes et de princes firent place en 1512 aux Cercles d'Empire, mais les Confédérés n'étaient plus partie prenante. Vues dans leur ensemble, les alliances urbaines auront obtenu des résultats très divers et seul le système des alliances confédérales put se maintenir à long terme (Confédération).