Les historiens de l'ancienne Confédération regroupent sous le terme de médiation fédérale (all. Eidgenössische Vermittlung, ital. mediazione federale) divers procédés de résolution des conflits par un médiateur neutre, membre ou non de la Confédération, agissant de sa propre initiative, sur demande, ou par obligation. Les moyens utilisés allaient de l'organisation de pourparlers jusqu'à l'intervention militaire, en passant par l'offre de solutions matérielles, la recherche d'un accord à l'amiable et l'arbitrage. Pour autant que les parties l'acceptent, la médiation pouvait avoir lieu à n'importe quelle étape d'un conflit. Les dispositions relatives à l'arbitrage contenues dans les pactes fédéraux bilatéraux et multilatéraux entre cantons, ainsi que le devoir de neutralité et de médiation imposé aux cantons de Bâle, Schaffhouse et Appenzell constituaient les seules bases juridiques formelles d'un procédé qui, dans sa flexibilité, se rattachait plutôt à la culture politique qu'au droit (Droit confédéral). Le recours aux tribunaux d'arbitrage institués par les pactes recula dès 1470 environ à cause des règlements disparates qui les régissaient; les cantons finirent par y voir une atteinte à leur souveraineté et n'en voulurent plus dès 1648 au plus tard. L'arbitrage (formel et juridique) céda la place à des procédures de médiation (informelles et politiques), expérimentées depuis le XIVe s. Mais dans le cas des conflits sociaux, les autorités visèrent par ces moyens, surtout après 1653, à imposer leurs vues et non plus à chercher un compromis.
En politique extérieure, les Confédérés offrirent leur médiation, soit volontairement, soit en vertu de traités qui les y obligeaient, par exemple lors de la guerre des Paysans de 1525 en Allemagne, entre la France et Milan en 1500, entre l'Angleterre et la Hollande en 1653. Inversement, des puissances étrangères contribuèrent à apaiser des conflits entre Confédérés: des envoyés de la France, de la Savoie, de Milan, d'Augsbourg et d'autres villes souabes jouèrent un tel rôle en 1531; au XVIIe s., ce fut surtout l'ambassadeur de France
Dans les cas de conflits internes (entre cantons ou entre un canton et ses sujets), tout canton pouvait être appelé à servir de médiateur. Les procédures se déroulaient en général sous l'égide de la Diète fédérale, qui parvint à désamorcer de nombreux conflits entre particuliers, entre groupes, entre cantons, voire entre un canton et une puissance étrangère, en menant des négociations, en créant des tribunaux d'arbitrage, en nommant un envoyé fédéral ou un chargé de mission. Dans les cas de conflits confessionnels, on ne put éviter quatre guerres ouvertes (1529, 1531, 1656, 1712), mais on trouva une solution pacifique dans les cantons d'Appenzell (division de 1597) et de Glaris (plusieurs concordats entre 1532 et 1757), ainsi que dans les bailliages communs. De nombreux conflits furent aussi résolus à l'intérieur des groupes confessionnels. La médiation a pu bénéficier du charisme de certaines personnalités, comme Nicolas de Flue ou Johann Rudolf Wettstein. Elle a profité de la structure fédéraliste de la Suisse, qui poussait au compromis, de l'absence d'un pouvoir central garantissant l'ordre public, ainsi que d'une jurisprudence moins abondante que dans l'Empire ou qu'en France (due notamment au fait que l'on ne se référait guère au droit romain). Elle a eu pour effet de renforcer la cohésion confédérale au travers des débats à la Diète et de permettre une meilleure intégration des pays alliés dès lors qu'ils acceptèrent d'y soumettre leurs conflits internes (Saint-Gall, Genève), tout en donnant un rôle particulier aux trois membres les plus récents de la Confédération des XIII cantons (Bâle, Schaffhouse et Appenzell).