On entend par droit confédéral les règles de droit développées dans l'ancienne Confédération, valables pour l'ensemble ou la majorité des cantons. Il était consigné dans les pactes fédéraux, élaboré selon le droit coutumier par les tribunaux arbitraux ou de manière pragmatique par la Diète fédérale, en mettant au premier plan le principe de l'arbitrage et de la médiation fédérale. Le droit confédéral comprend aussi les alliances conclues avec l'étranger au bas Moyen Age et à l'époque moderne. De par sa nature, il engage uniquement les contractants. Provisoirement supplanté par le droit unitaire de la République helvétique en 1798, il fut remplacé en 1848 par le droit fédéral. On ne sait quand le terme est entré dans l'usage.
En Suisse centrale, le Pacte fédéral de 1291 est la première manifestation d'un droit confédéral. Il prévoyait des mesures contre l'assassinat, l'incendie volontaire, le brigandage et la saisie de gage abusive, afin que le recours à la justice se substitue à la guerre privée comme moyen d'obtenir réparation; en outre, il contenait des dispositions sur la composition du tribunal, la procédure d'enquête et la force de loi des jugements.
Après la bataille de Morgarten (1315), le Pacte fédéral fut complété en ce sens qu'aucun partenaire ne pouvait conclure une alliance avec des tiers sans l'accord des autres ni donner des terres en gage à des étrangers sans autorisation. De plus, tous les différends entre alliés devaient désormais être réglés par l'arbitrage. L'entrée de Lucerne dans l'alliance (1332) étendit le champ d'application du droit confédéral à une ville, même si celle-ci restait provisoirement sous la domination des Habsbourg. La zone de paix et d'assistance mutuelle en cas de menace s'élargit en 1351-1353 à Zurich, Glaris, Zoug et Berne, par diverses alliances, analogues quant au fond; on y trouve la première mention d'une diète habilitée à prendre les décisions concernant la guerre. L'arbitrage à la majorité simple fut introduit en cas de conflit entre alliés. L'interdiction de porter les causes ordinaires devant les tribunaux ecclésiastiques, considérés comme étrangers, renforcèrent dans leurs compétences les tribunaux civils régionaux.
La Charte des prêtres (1370), qui attribua pour la première fois à la Confédération en tant que "pays" une quasi-personnalité juridique et qui est donc au sens du droit public un acte constitutionnel, amena de nouveaux progrès sur la voie de l'unité. Elle réprimait encore davantage le recours à la juridiction ecclésiastique. Mais ensuite, la législation fédérale contraignante resta à l'état d'ébauche, limitée à des points de détail et souvent inefficace. Ainsi, le convenant de Sempach (1393) demandait aux autorités de mettre un terme aux guerres privées de leurs sujets contre des étrangers. Insuffisamment respecté, il dut être renforcé dans le convenant de Stans (1481) et complété par une interdiction générale des menées incitant à la rébellion. Contre la volonté des villes, cet accord combattait les tendances centralisatrices en favorisant l'autonomie des cantons. Le Pensionenbrief (1503) proposa de soumettre tout recrutement de mercenaires à une autorisation obligatoire. Cette initiative échoua à cause de l'opposition de Zurich. L'unité confessionnelle, souhaitée dans les premiers temps de la Réforme, ne put être réalisée: les deux paix nationales de Kappel (1529 et 1531) entérinèrent le principe de la compétence des cantons en matière de religion. L'antagonisme confessionel fit échouer le projet, caressé tout au long du XVIIe s., d'une défense nationale suisse (Défensionaux). Au XVIIIe s., divers accords particuliers entre cantons se superposèrent à un droit confédéral faible et figé, mais complexe et que les Chancelleries cantonales avaient recueilli pour leur usage dans des collections comme le Livre Blanc de Sarnen (1309-1607).
C'est de la procédure d'arbitrage que naquit la Diète fédérale, institution centrale, mais sans fonction législative; elle fondait son action sur la coutume. En règle générale, les décisions étaient prises à l'unanimité. C'est seulement après la conquête de l'Argovie et des Freie Ämter (1415) que fut introduit le principe majoritaire pour l'administration des bailliages communs. Toutefois, même lorsque une décision était prise à l'unanimité, son application était laissée au bon vouloir de chaque canton.
On retrouve des traits semblables dans l'histoire des Ligues rhétiques. Nées à partir du XIVe s., la Ligue de la Maison-Dieu, la Ligue Grise et la Ligue des Dix-Juridictions, conclurent entre elles un pacte en 1524, par lequel elles se promettaient assistance et réglaient des questions de procédure. Avec le Kesselbrief, le traité des Trois-Sceaux (1574) et la "reforma" de 1603, elles instaurèrent dans leur territoire un droit juré, à l'instar de la Confédération.