Les travailleurs de l'alimentation et secteurs connexes d'une part, ceux du commerce et des transports de l'autre, avaient chacun leur fédération, qui fusionnèrent en 1915: à la première s'adjoignirent en 1904 les associations des meuniers (fondée en 1889), cigariers et ouvriers du tabac (1890), cavistes (1892), aide-jardiniers (1893) et brasseurs (1895), auxquelles s'ajoutèrent rapidement celles des boulangers, bouchers, ouvriers des chocolateries et d'autres branches. La seconde, issue en 1907-1908 d'associations d'entraide de charretiers fondées dès la fin du XIXe s., rassembla bientôt aussi les déménageurs, magasiniers, garçons de courses, chauffeurs, employés de commerce et vendeurs. L'acronyme FCTA est devenu le nom officiel de la fédération en 1982. Son effectif passa de 5452 membres en 1915 à 19 492 en 1920, puis baissa jusqu'en 1924 (11 217); il s'accrut entre 1929 et 1933 jusqu'à 23 358 membres. Entre 1942 et 1947, il atteignit 41 247 individus, stagna jusqu'en 1964, puis déclina (30 252 en 1974). Après une décennie de stabilisation, l'effectif chuta à 14 436 membres en 2003. La part des femmes atteignit son maximum en 1920 (39%), puis tomba à environ un quart, mais elle est supérieure à cette moyenne dans les secteurs organisés du syndicat (vente, hôtellerie).
Ce syndicat et ses prédécesseurs ont toujours été relativement faibles du fait qu'ils réunissaient des ouvriers de branches hétérogènes et peu organisés. Au XIXe s. déjà, ils recouraient rarement à la grève, souvent infructueuse, et lui préféraient le boycott, lancé par exemple contre des brasseries en 1896 et 1910. Reprenant une tradition du compagnonnage, ils conclurent dès la fin du XIXe s. des accords tarifaires. On comptait 56 conventions collectives en 1911, 101 en 1923, 165 en 1938 (touchant environ 25 000 personnes), chiffre qui explosa après la Deuxième Guerre mondiale pour atteindre quelque 450 dans les années 1960. La FCTA est en concurrence dans plusieurs domaines avec d'autres organisations d'ouvriers et d'employés, comme la Société suisse des employés de commerce ou, de 1996 à 2004, avec Unia, le syndicat du secteur tertiaire fondé par le Syndicat industrie et bâtiment et le Syndicat de l'industrie, de la construction et des services. Le 15 octobre 2004, la FCTA a décidé, lors de son dernier congrès, de renoncer à son indépendance et d'adhérer à Unia, le nouveau grand syndicat fondé le jour suivant.