Le concept de parité confessionnelle apparaît dans la législation du Saint-Empire, avec la paix de Westphalie (1648), dans laquelle les confessions catholique et protestante furent mises sur un pied d'égalité totale. Dans les affaires religieuses, il fut donc désormais exclu de prendre des décisions à la majorité; les délégués à la Diète impériale formaient deux corps, le Corpus catholicorum et le Corpus evangelicorum, qui traitaient séparément de ces questions; la décision finale ne pouvait être prise que par consensus. De même, la Chambre impériale devait être composée d'un nombre égal d'assesseurs catholiques et protestants et veiller à ce que les deux confessions soient traitées à égalité. Dans un sens plus général, parité confessionnelle désigne aussi la réglementation ecclésiastique et politique qui régit la cohabitation de groupes confessionnels locaux. Dans le contexte de la "confessionnalisation" (Confessionnalisme), lorsque la formation de communautés mixtes s'accompagnait de conflits, la parité confessionnelle dut être réglée aux niveaux de l'Etat et des autorités locales.
Jusqu'au début du XVIIe s., c'est surtout dans la partie orientale de la Suisse (Thurgovie, Toggenbourg, Rheintal, Grisons) que se formèrent des communautés mixtes. Pour maîtriser les conflits liés à cette situation, la parité confessionnelle se développa aussi bien dans les paroisses que dans les cantons et au niveau de la Confédération, ceci jusqu'au début du XVIIIe s. Dans le nord-est de la Suisse, des situations conflictuelles typiques apparurent sur le plan local à la suite de la deuxième paix nationale de 1531: la disposition selon laquelle une minorité catholique, même faible, pouvait exiger la célébration de la messe dans une paroisse réformée, servit à soutenir les efforts de la Contre-Réforme ainsi qu'à favoriser l'extension du pouvoir seigneurial, notamment dans la principauté abbatiale de Saint-Gall. La juridiction matrimoniale et la collation (compétence pour le choix du curé ou du pasteur) entraînèrent de fréquents conflits locaux, dans lesquels furent souvent impliqués des acteurs extérieurs. Au niveau communal, le règlement de ces conflits dans le sens de la parité confessionnelle prévoyait typiquement, surtout au XVIIe s., soit le partage des biens ecclésiastiques entre les deux communautés, soit, dans le cas où les ressources ne suffisaient pas pour créer deux paroisses, la réglementation précise de l'utilisation commune des biens ecclésiastiques (bâtiments et objets liturgiques inclus) selon le principe du simultaneum. Dans certains cas, des dispositions complémentaires, relatives à l'attribution des fonctions publiques et à l'utilisation des biens communaux par les deux communautés, furent établies. Cette cohabitation quotidienne offrit de nombreuses occasions de friction et représenta une barrière culturelle problématique pour les contemporains.
Les cantons connurent les scénarios les plus divers. La division confessionnelle d'Appenzell, en 1597, se fit rapidement et sans grandes conséquences pour l'établissement de la parité. A Glaris, le canton ne fut pas partagé, principalement à cause du faible ancrage de l'élite catholique dans les communes. L'affaire de Glaris fut déclenchée en 1559 par l'effort constant des réformés, majoritaires, d'imposer définitivement le protestantisme lors de votes (appelés "plus"). Cette procédure rompait avec les promesses faites précédemment aux V cantons catholiques (Lucerne, Uri, Schwytz, Unterwald et Zoug). Le concordat (Landesvertrag) de 1564 garantit la coexistence des deux groupes confessionnels sans régler les détails du point de vue institutionnel. Les trois concordats suivants (1623, 1638 et 1687) mirent de plus en plus l'accent sur la proportion des charges publiques à laquelle aurait droit chaque confession. Des institutions judiciaires furent en outre créées pour résoudre les différends de manière paritaire.
Dans les Grisons, les prémices de la parité apparurent au début du XVIIe s., lors des conflits confessionnels dans les Quatre villages (Cinq villages). En 1613, quelques délégués catholiques protestèrent contre des décisions prises à la majorité par la Diète des Ligues grises et se réunirent ensuite plusieurs fois séparément. Un tribunal religieux, composé de manière paritaire, fut institué à la suite de cet incident, mais n'eut pratiquement aucun effet. Dans les années 1640, un nouveau grave conflit éclata à propos de la situation ecclésiastique dans les Quatre villages, de l'expulsion des capucins et de la question, soulevée par cette dernière, de la qualité juridique des articles d'Ilanz de 1526. Dès 1641, un tribunal arbitral paritaire réapparut pour quelque temps, sans plus de succès que le premier. Depuis 1642, les délégués à la Diète se réunirent régulièrement en séances séparées en fonction de leur confession et ces deux groupes furent peu à peu appelés Corpus catholicum et Corpus evangelicum sur le modèle de l'Empire. L'institutionnalisation formelle de procédures paritaires n'est cependant pas attestée; la médiation fédérale joua aussi un rôle important dans les années 1640.
Au niveau fédéral, la parité confessionnelle apparut au milieu du XVIe s. à l'occasion de l'arbitrage des cantons dans l'affaire de Glaris, puis surtout au début du XVIIe s., lors du long conflit entre Zurich et le prince-abbé de Saint-Gall, impliquant les V cantons catholiques; il concernait les droits de collation et la compétence en matière de causes matrimoniales dans les bailliages communs du nord-est de la Suisse. Le traité de Baden (1632) marqua un tournant. Pour la première fois, il était stipulé de manière générale que tous les litiges touchant aux affaires de religion et de foi protestante devaient être soustraits au principe de majorité de la Diète fédérale et soumis à un tribunal arbitral composé de représentants des deux confessions en nombre égal. La troisième paix nationale (1656) confia aussi à la juridiction paritaire d'arbitrage la question préliminaire de décider si une affaire était de nature confessionnelle ou non. La quatrième (1712) exigea que, dans l'administration des bailliages communs, non seulement les affaires religieuses, mais aussi les droits régaliens (par exemple la proclamation des mandats souverains), les statuts et les ordonnances militaires ne soient plus soumis à la décision de la majorité de la Diète, mais soient réglés paritairement. Dans les communes de ces bailliages, la minorité protestante fut juridiquement placée à égalité avec la majorité catholique. La parité confessionnelle fut ainsi complètement établie, au niveau local comme au niveau fédéral, ce qui permit à Zurich et Berne, cantons protestants, d'exercer à la Diète une influence politique beaucoup plus forte que ne le permettaient leurs deux voix. Comme la parité réglait essentiellement les décisions à prendre entre les V cantons d'une part, Zurich et Berne d'autre part, on n'assista pas en Suisse à la création formelle de corps confessionnels comme aux Grisons, même si les conférences séparées furent de plus en plus nombreuses.
La parité confessionnelle, en tant que concept de droit public (Paix confessionnelle), disparut en même temps que l'Ancien Régime. L'étroite imbrication des confessions continua cependant à exister dans les paroisses et ce n'est qu'au XXe s. que le fort accroissement des revenus permit de réduire massivement le nombre d'églises servant aux deux confessions et d'ériger des paroisses séparées.