Il s'avéra indispensable que la Confédération alloue une participation financière aux universités cantonales, en raison de leur transformation, à partir des années 1960, en écoles de masse et non plus d'élite, et face à l'évolution rapide des sciences naturelles et de la médecine. Le Parlement approuva le projet de loi correspondant en 1965. Le Conseil fédéral avait désormais besoin d'un organe consultatif permanent pour les questions relatives aux grandes écoles et à la recherche scientifique; il créa donc la même année le Conseil suisse de la science (CSS), auquel l'article 18 de la loi de 1968 sur l'aide aux universités conféra une assise légale. Le CSS réunit et vérifie les éléments servant à orienter la politique suisse de la science et de la recherche et propose au Conseil fédéral des mesures pour leur mise en œuvre. Le nombre de ses membres (nommés par le Conseil fédéral) fut limité à vingt dans les années 1990. Le CSS créa quatre comités directeurs (pour la recherche, les institutions universitaires, la technologie et la détection avancée en politique de la recherche).
En 2000, le CSS se réorganisa. Comptant désormais entre dix et quinze membres, il prit le nom de Conseil suisse de la science et de la technologie (CSST); les comités directeurs furent supprimés. L'article 5a de la loi fédérale de 1983 (révisée en 1999) sur la recherche constitue le fondement légal du CSST, qui a pour principales missions d'établir tous les quatre ans les "Objectifs de la politique suisse de la recherche", d'évaluer des disciplines particulières (ou des groupes de disciplines) et des institutions, de prendre position sur des questions d'actualité et d'étudier les effets des nouvelles technologies sur la société et l'économie (technology assessment). Cette dernière tâche est particulièrement assumée par le Centre d'évaluation des choix technologiques (TA-SWISS), créé à Berne en 1992 et rattaché au CSST.