Maison fondée à Olten en 1905 sous le nom de Schweizer Chocoladen & Colonialhaus, puis transférée à Berne en 1908. La stratégie commerciale de Merkur consistait à vendre du café et du chocolat suisse à travers un réseau de filiales d'aspect uniforme réparties dans tout le pays et dont le nombre augmenta rapidement (29 en 1905, 137 en 1919, 165 en 1955). Une brûlerie centrale de café fut ouverte à Zollikofen en 1918 (Merkur Kaffee AG depuis 2001), le premier restaurant Merkur à Berne en 1959 et le premier supermarché en 1965.
A partir de 1984, l'entreprise se transforma en un groupe international de commerce et de services (Merkur Holding AG en 1986), par des acquisitions importantes en Suisse et à l'étranger, notamment Selecta AG (distribution automatique et restauration d'appoint) en 1985, Slumberland (produits de literie) en 1988, Kiosk AG et Schmidt-Agence (principales chaînes de kiosques à journaux de Suisse) en 1990. Ces deux dernières furent réunies dans le K Group, qui s'étendit en Allemagne et au Luxembourg en 1997. En 1996, Merkur AG devint Valora Holding AG; le siège du groupe resta à Berne, tandis que Valora AG à Muttenz dirigeait le service opérationnel. Parallèlement commença une restructuration (qui n'était pas encore achevée en 2007) visant à concentrer les activités sur le commerce de détail, soit sur le réseau des kiosques de gare et d'aéroport, et sur la distribution en gros de la presse écrite. Ce qui n'entrait pas dans ce cadre fut vendu, notamment le secteur des automates Selecta en 1997 et 2001, Slumberland en 2001, la confiserie en 2004, Valora Imaging (Fotolabo) en 2005 et diverses fabriques de produits alimentaires comme Roland (pâtisseries et biscuits) ou Kägi (gaufrettes) en 2007. Parmi les acquéreurs, suisses pour la plupart, citons la confiserie Läderach, société qui reprit les magasins Merkur (sous leur nom). Avec les diverses restructurations, le nombre des employés fluctua (1060 en 1979, 10 650 en 1992, 9700 en 2002, 7200 en 2006), de même que le chiffre d'affaires (213 millions de francs en 1979, 2,6 milliards en 1992, 2,86 en 2006), réalisé en 2006 par trois divisions: "Retail" (55%), "Press & Books" (20%) et "Trade" (25%). Devenu leader du marché dans le commerce de détail en petites surfaces (kiosques "k", cafés "Spettacolo", magasins "avec" en collaboration avec la Migros) et dans la distribution en gros de la presse (auprès de ses 1500 points de vente et de 17 000 autres kiosques et boutiques de stations-service), le groupe a renoué avec les bénéfices en 2006.