10.11.1942 à Hérisau, protestant, de Beinwil am See. Conseiller d'entreprise, politicien radical d'Appenzell Rhodes-Extérieures, conseiller aux Etats et conseiller fédéral.
Hans-Rudolf Merz est l'aîné des trois enfants d'Adolf Merz, fabricant de textiles, et de Hedwig-Emma née Brand, assistante d'exploitation. Après avoir fréquenté les écoles primaire et secondaire à Hérisau et, dès 1957, l'école cantonale de Trogen, il étudia les sciences économiques à la Haute école de Saint-Gall, où il fut particulièrement influencé par Walter Adolf Jöhr et fit partie de la société d'étudiants Emporia-Alemannia San Gallensis. Assistant à l'institut de finance et de droit financier de 1967 à 1969, il obtint son doctorat en 1971. Merz épousa en 1968 Roswitha Katharina Schüller, artiste. Fille de Wilhelm Schüller, peintre d'enseignes et artiste peintre, et d'Anna née Schüffler, elle travailla dans la chemiserie des Merz comme tailleuse de 1962 à 1964, puis, après une formation complémentaire, comme directrice de 1966 à son mariage. Le couple eut trois fils.
Merz assuma sa première charge publique en 1967 en tant que juge communal de Hérisau. De 1969 à 1974, il fut secrétaire cantonal du Parti radical-démocratique (PRD) saint-gallois et directeur de l'Union industrielle d'Appenzell Rhodes-Extérieures. Durant son mandat de président du club de hockey sur glace de Hérisau de 1969 à 1982 fut ouvert le centre sportif de la commune (1973), qu'il dirigea jusqu'en 1974. En 1972, il présida le législatif intérimaire de Hérisau, composé de 31 membres, élu en vue de la révision totale de l'organisation communale; il se retira après le vote populaire favorable de 1973. Recruté par Ernst Mühlemann, Merz fut de 1974 à 1977 vice-directeur du centre de formation de l'Union de banques suisses (UBS) au château de Wolfsberg à Ermatingen. En 1976, il y fit la connaissance de Stephan Schmidheiny; de 1977 à 1989, il travailla comme conseiller d'entreprise pour le groupe Eternit (appartenant à celui-ci), principalement au Moyen-Orient, en Afrique du Sud et en Amérique latine. Spécialiste dans le recrutement et la formation des cadres supérieurs ainsi que dans le développement d'entreprise, Merz eut son propre bureau de conseil de 1983 à 1999. A l'armée, il atteignit le grade de major.
Jusqu'en 2003, grâce notamment à l'appui de Hans Ulrich Baumberger, il siégea dans de nombreux conseils d'administration de sociétés suisses actives dans l'industrie et les services, dont Huber + Suhner SA à Hérisau (1987-2003), Schweizerische Industrie-Gesellschaft (SIG) à Neuhausen am Rheinfall (1989-2001) et Helvetia Patria à Saint-Gall (président de 2001 à 2003). En 1993, Merz fut nommé président du conseil d'administration de la Banque cantonale d'Appenzell Rhodes-Extérieures et chargé de son assainissement. Il transforma la banque d'Etat en société anonyme et, avec Marianne Kleiner-Schläpfer, fut l'artisan de sa vente à l'UBS, son ancien employeur (fin 1995). Cette décision lui valut d'une part des critiques, mais lui permit d'autre part d'acquérir la notoriété nécessaire pour entamer une carrière politique au niveau national. En 1996, il créa à Hérisau avec l'entrepreneur Heinrich Tanner, fils d'Eugen Tanner, la fondation d'utilité publique Steinegg et la Steinegg Holding AG, à laquelle appartenaient les sociétés Cilander et Hänseler AG, basées dans cette ville. En 1977, Hans Alder, Tanner, Baumberger et Merz créèrent la Stiftung für appenzellische Volkskunde (Fondation pour l'étude des traditions populaires appenzelloises), dont la collection est notamment présentée à l'Appenzeller Volkskunde-Museum Stein (Musée appenzellois d'art populaire), que Merz présida de 1989 à 2003.
Candidat hors-parti soutenu par l'Union démocratique du centre (UDC), le Parti démocrate-chrétien (PDC), certaines sections locales du PRD et l'Union des arts et métiers, Merz fut élu en avril 1997 au Conseil des Etats comme représentant d'Appenzell Rhodes-Extérieures. Lors de cette élection, la première depuis plus de 120 ans (et la dernière aussi) tenue lors d'une landsgemeinde, il s'imposa face au landamman en charge et candidat officiel du PRD, Hans Höhener. En tant que conseiller aux Etats, il fit partie des commissions de politique étrangère et de la politique de sécurité ainsi que de la délégation des finances de l'Assemblée fédérale, présida la commission des finances (2001-2003) et fut vice-président de la délégation suisse auprès de l'Assemblée parlementaire de l'Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE). En novembre 2002, Merz retira rapidement la candidature qu'il venait de poser à la présidence du PRD car certains de ses mandats d'administrateur, dont la succession de Stephan Schmidheiny à la tête d'Anova Holding AG, furent considérés comme un risque. Il était lié, comme membre du conseil d'administration et conseiller, à plusieurs entreprises qui avaient collaboré, malgré les sanctions internationales, avec le régime de l'apartheid en Afrique du Sud.
Le 10 décembre 2003, Merz fut élu au Conseil fédéral au deuxième tour de scrutin avec 127 voix sur 239; la conseillère aux Etats bernoise et présidente du groupe radical Christine Beerli en obtint 96. On lui attribua le Département fédéral des finances (DFF) de son prédécesseur Kaspar Villiger, pour lequel Christoph Blocher, élu le même jour, avait également manifesté de l'intérêt. Son objectif principal fut dès le début l'assainissement des finances fédérales. Dans un premier temps, la croissance économique favorisa sa politique de réduction de la quote-part de l'Etat et de la charge fiscale. Plusieurs révisions législatives ainsi que deux programmes d'allègement budgétaire permirent de mettre en œuvre le frein à l'endettement. La dette de la Confédération fut réduite d'un peu plus de 20 milliards de francs jusqu'en 2010. C'est sous son égide qu'après des années de travaux préparatoires et en concertation avec les cantons, la nouvelle péréquation financière (RPT) fut introduite en 2008. En 2007, Merz fut brillamment réélu à son poste avec 213 voix sur 233. A partir de 2008, il fut confronté à la crise économique et financière mondiale, qui fit vaciller la grande banque UBS en septembre. Lorsque les représentants de la Banque nationale suisse (BNS) et de la Commission fédérale des banques lui annoncèrent que la Confédération aurait probablement dû trouver 60 milliards de francs pour la sauver, il fut victime d'un arrêt cardio-respiratoire. Le dossier fut repris par Eveline Widmer-Schlumpf, qui réussit à sauver l'UBS avec l'aide de l'Etat. Merz reprit ses fonctions déjà au début du mois de novembre et devint, comme prévu, président de la Confédération en 2009.
La pression internationale sur le secret bancaire suisse, qui s'était accrue avec le temps, culmina en 2009, d'une part, avec la remise aux autorités fiscales et judiciaires américaines des données de clients d'UBS qui avaient soustrait des fonds au fisc et, d'autre part, avec l'adoption par l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) de listes grises et noires de pays ne coopérant pas suffisamment dans la lutte contre l'évasion fiscale. En réaction à cette pression, le Conseil fédéral décida en mars 2009 de reprendre les standards de l'OCDE relatifs à l'entraide administrative en matière fiscale; il s'agit là du premier pas vers la levée du secret bancaire. Les commissions de gestion des Chambres fédérales critiquèrent la conduite du DFF pendant la crise financière. En 2010, Merz créa donc le Secrétariat d'Etat aux questions financières internationales (SFI).
Sur le plan de la politique intérieure, Merz se retrouva dans l'embarras en été 2009 à cause de l'«affaire libyenne». En tant que président de la Confédération, il tenta seul et en vain de faire libérer deux ressortissants suisses détenus en Libye en représailles à l'emprisonnement à Genève en 2008 du fils et de la belle-fille du dictateur Mouammar Kadhafi. Dans son journal publié en 2018, l'un des deux otages de l'époque souligne toutefois que par son action Merz ouvrit la voie à la solution d'une situation totalement inextricable. Parallèlement, même son dernier succès, la victoire de justesse obtenue en février 2008 lors de la votation sur la réforme de l'imposition des entreprises II (RIE II), fut terni. En effet, deux recours présentés devant le Tribunal fédéral firent valoir que les pertes fiscales attendues avaient été significativement sous-estimées dans la brochure des explications de la votation. Dans leur arrêt du 20 décembre 2011, les juges fédéraux appuyèrent la critique en constatant que les informations contenues dans le matériel de vote n'étaient pas suffisantes pour se forger une opinion étayée; ils refusèrent néanmoins d'ordonner la répétition du scrutin en raison du principe de la bonne foi et pour ne pas mettre en danger la sécurité juridique.
Le 31 octobre 2010, Merz démissionna du Conseil fédéral. Par la suite, il n'assuma plus de mandats dans l'économie. De 2014 à 2022, il présida la société d'utilité publique Parrainage suisse pour communes de montagne. Après la parution d'un texte littéraire en 1992, il écrivit le livret d'une œuvre musicale scénique réalisée en 2010 à l'occasion du centenaire de la mort d'Henry Dunant et publia en 2019 un livre consacré à la sculpture pastorale sur bois.