Si, au début du XXIe s., on connaît plus de 7500 grottes en Suisse, le Moyen Age ne manifesta pour ainsi dire aucun intérêt pour elles en raison de leur caractère mystérieux. Evitées, car réputées habitées par des êtres primitifs, elles servaient tout au plus de lieux de retraite pour les ermites ou de refuges fortifiés. En 1555, Konrad Gessner décrivit le légendaire "lait de lune" (concentration de calcite de couleur blanche) doté de prétendues vertus thérapeutiques et découvert dans le massif du Pilate au Mondmilchloch, dont le premier plan ne fut publié qu'en 1767 par Moritz Anton Kappeler. Des ossements d'animaux et des outils préhistoriques furent retrouvés au Wildkirchli dès 1861. En 1898 furent effectuées les premières mesures (4,3 km) du Hölloch ("Trou de l'enfer") à Muotathal, le plus long réseau de grottes de Suisse (196,89 km/939 m). C'est également à la fin du XIXe s. que furent découvertes les Höllgrotten à Baar. Le Nidlenloch, dans le Jura soleurois, avec ses 394 m de profondeur, fut considéré en 1909, et pour quelques années, comme le gouffre le plus profond du monde.
La Société suisse de spéléologie (SSS) fut fondée en 1939. Elle comprend au, début du XXIe s., quarante et une sections dont les activités concernent les relevés, la description, la protection et la mise en valeur des grottes de Suisse, ainsi que le sauvetage (en collaboration avec la Rega). La création de la SSS marqua la transition entre une phase d'exploration systématique et la recherche spéléologique organisée. En 1961, Maurice Audétat publia le premier inventaire des grottes de Suisse romande et du Tessin.
Les recherches sur la région karstique des Sieben Hengste, près de Beatenberg, commencèrent en 1966. La longueur des galeries topographiées dépassa les 100 km au Hölloch en 1968. Ce fut aussi l'époque où l'apparition de la progression sur corde multiplia les vocations de spéléologues. Depuis 1970, la spéléologie est une discipline représentée à l'Académie suisse des sciences naturelles. En 1978, Alfred Bögli publia une œuvre très remarquée au niveau international, Karsthydrographie und physische Speläologie (trad. angl. 1980). Une montée des eaux créa en 1987 la liaison entre les Sieben Hengste et le Faustloch. Ce réseau, où on dépassa pour la première fois les 1000 m en dessous du sol, est encore considéré comme le gouffre le plus profond de Suisse (150 km/1340 m). En 1998, la SSS devint l'organisation de référence des autorités fédérales pour les questions concernant le karst. La SSS fonda l'année suivante l'Institut suisse de spéléologie et de karstologie, dont le siège est à La Chaux-de-Fonds.