Le château de N. des comtes de Neuchâtel, situé entre les deux bras de la Thielle, devint le siège de la lignée des Neuchâtel-N. sous Ulrich III à la fin du XIIe s., et le centre de leur seigneurie, avec Cerlier. Le château et la future ville étaient fiefs de l'évêque de Bâle (fait attesté en 1329). N. devint un important centre administratif sous la domination des comtes Rodolphe Ier, II, III et IV de N., qui en étaient propriétaires. En 1375, à la mort de Rodolphe IV, resté sans descendance, l'évêque de Bâle, son suzerain, voulut faire valoir son droit sur N. en l'occupant. Chassé par les héritiers, les comtes de Kibourg et de Thierstein, il fut battu près de Schwadernau en 1376 et N. passa aux Kibourg. La seigneurie fut donnée en gage aux Habsbourg en 1379, puis cédée en partie à la ville de Fribourg et enfin remise en gage à Enguerrand de Coucy en 1387 en contrepartie de ses prétentions successorales. Après avoir été occupée par Berne et Soleure, elle revint en 1388 à ces deux villes. Elles l'administrèrent d'abord ensemble jusqu'en 1393, date à laquelle Berne en resta seule propriétaire après une répartition des sphères d'influence avec Soleure. Le château devint le siège du bailliage bernois de N. dont relevait la haute justice (gibet à Madretsch). La basse justice était exercée par le tribunal municipal de N. (dont relevait Daucher et Alfermée), les tribunaux de Douanne (dès 1487) et de Gléresse (dès 1551) ainsi que par une juridiction (Landgericht) divisée en deux parties: le haut comté avec les quartiers de Bellmund, Epsach, Hermrigen, Lattrigen, Siselen et Walperswil, et le bas comté avec ceux de Brügg, Jens, Mâche, Safnern, Scheuren et Schwadernau. N. avait une enseigne (donc sa troupe) au sein de l'armée bernoise. Les droits du bailli dans l'évêché de Bâle, qui dataient de l'époque des comtes (juridiction sur la Montagne de Diesse et le lac de Bienne, droits de douane et de conduit sur le lac), nécessitèrent la conclusion de nombreux traités avec les princes-évêques pour délimiter compétences et souveraineté territoriale, y compris sur le lac. N. constituait le péage bernois le plus rentable.
De 1798 à 1803, l'ancien bailliage fut partagé entre les districts helvétiques de Büren et du Seeland; de 1792 à 1815, les frontières nord du territoire de N. marquaient la limite avec la France. En 1803, on créa le bailliage (qui devint ensuite district) de N. qui comprit Bienne, Vigneules, Boujean et Evilard de 1815 à 1831. Au début du XXIe s., le district constitue, avec ses vingt-cinq communes, une grande circonscription administrative et judiciaire. Depuis 1997, N. fait partie de la région Jura bernois-Seeland, de l'arrondissement judiciaire et du registre foncier de Bienne-N. (tribunal à Bienne, registre foncier à N.). Les autorités occupent toujours le château, qui abrite aussi le musée sur la correction des eaux du Jura. Sa tour principale, qui date de l'époque des comtes, fut intégrée entre 1626 et 1636 à l'édifice de quatre étages où résidait le bailli.