31.3.1825 à Genève, 4.11.1897 à Genève, protestant, de Genève. Pasteur, historien de l'Eglise, critique littéraire et traducteur.
François Naef était le fils de Bernard Naef, graveur et marchand de montres qui siégeait au Conseil représentatif de Genève, et de Jeanne-Antoinette née Benoît. En 1853, il épousa Antoinette-Etiennette-Françoise Barral, avec laquelle il eut trois enfants dont deux atteignirent l’âge adulte. Après l’école primaire à Genève, Naef fréquenta l’Ecole commerciale et industrielle dès 1833, puis le collège dès 1838. Il suivit en outre des cours de dessin auprès d’Auguste Calame. Dès 1842, il étudia à l’Académie de Genève, où il fut notamment l'élève de Rodolphe Töpffer. La même année, il adhéra à la Société de Belles-Lettres, qu’il présida en 1844; plus tard, il rejoignit la Société de Zofingue. Il travailla comme précepteur en 1843, refusa toutefois un poste similaire à Odessa, et fut reçu bachelier ès lettres en 1844. A l’Académie, il suivit les cours d’Alphonse de Candolle et d’Ernest Naville. A partir de 1846, Naef étudia la théologie. Consacré en 1850, membre de la Commission permanente de littérature religieuse et théologique de la Compagnie des pasteurs, il fut nommé en 1851 au ministère de Poliez-le-Grand et refusa une chaire de théologie à l’Académie de Lausanne. Il quitta Poliez-le-Grand en 1860 pour devenir chapelain des écoles primaires genevoises. Dans les années 1860, il prêcha au sein de plusieurs paroisses en ville de Genève et à Carouge (GE), succéda en 1864 au pasteur de Begnins, où il présida la commission scolaire, puis fut pasteur à Céligny de 1867 à 1886, ainsi que vice-président (1877, 1882) et président (1878) de la Compagnie des pasteurs de Genève. Naef fut également l'auteur d'ouvrages d'histoire ecclésiastique, dont l’Histoire de la Réformation, parue en 1856 et rééditée en 1866. Il passa sa retraite au Grand-Saconnex (1886-1897).
Durant ses années de scolarité et d'études, Naef avait gagné plusieurs prix pour ses travaux. Il fonda le journal scolaire L’Echappé de Collège et découvrit plus tard l’almanach Alpenrosen édité par Abraham Emanuel Fröhlich, ainsi que L’Educateur d’Alexandre Daguet. Le pasteur de Dommartin, François Milliquet, lui fit connaître les œuvres d’Albert Bitzius (Jeremias Gotthelf) dont Naef traduisit en français le conte Der Sonntag des Grossvaters, paru en 1853 sous le titre Le dimanche du grand-père. Entre 1864 et 1866, il écrivit de nombreux comptes-rendus pour la Bibliothèque universelle et, de 1874 à 1893, publia des contributions dans les Etrennes religieuses, revue des pasteurs de tendance libérale. De 1881 à sa mort, il collabora également à La Lecture (partie des Bibliothèques populaires) et à la Petite bibliothèque helvétique. Naef rédigea aussi les Souvenirs d’un sexagénaire (1888-1890), quatre volumes de mémoires qui ne furent jamais publiés.