Comune del canton Vaud, nel distretto della Broye-Vully, costituito da una città alta, posta su uno sperone alla confluenza tra i fiumi Mérine e Broye, e da una città bassa, attraversata dalla Broye e posta all'incrocio di due assi stradali storici, uno dei quali collegava l'Italia alla Borgogna e l'altro Ginevra a Berna. Moudon comprende inoltre le frazioni di Bressonnaz-Dessous (a nord est), Le Plan e Le Villaret, e diverse estese tenute rurali, nella maggior parte dei casi di origine medievale (tra le altre Alliérens, Beauregard, Belflori, Chalabruz, Cornier, Frémont, La Baume, La Cerjaulaz, La Faye, Le Grand-Pré, Grange-Verney, Gréchon, Montsandon, Valacrêt); le frazioni di Rossenges e L'Abbaye vennero unite nel 1749 e diedero origine al comune di Rossenges. Prime attestazioni: Minnodunum o Minnidunum (epoca romana), Meldun (ca. 1000, 1154 e 1180), Moudon (1161, forma popolare), Meldunum o Mildunum (1167). Nome tedesco desueto: Milden. Popolazione: ca. 300 fuochi verso il 1300, 239 fuochi nel 1550, 1475 abitanti nel 1764, 1512 nel 1798, 1343 nel 1803, 2443 nel 1850, 2683 nel 1900, 2476 nel 1950, 4371 nel 2000, 4828 nel 2010.
La seconda parte del toponimo, -dunum, attesta l'origine celtica dell'agglomerato. In epoca romana Moudon fu un vicus di una certa importanza (necropoli, iscrizioni, altare votivo della prima metà del III secolo), menzionato come luogo di sosta nell'Itinerarium Antonini e nella Tavola peutingeriana. Fin dai primi secoli del cristianesimo è documentata una chiesa parrocchiale, dedicata a S. Stefano, sorta nei pressi di quella attuale e certamente sulle fondamenta di un preesistente santuario pagano. All'epoca delle invasioni barbariche, gli abitanti ripiegarono sullo sperone protetto dai fiumi e vi costruirono una nuova chiesa, oggi scomparsa, dedicata a Nostra Signora e chiamata anche cappella superiore.
Moudon passò nel 1011 tra i possedimenti temporali del vescovo di Losanna, assieme al resto della contea di Vaud cedutogli dal re di Borgogna. Il vescovo poteva esercitare un potere relativamente forte nella valle della Broye, dal momento che vi possedeva in particolare il castello di Lucens e, dal IX secolo, il villaggio di Curtilles. Nel quadro delle guerre per la successione di Borgogna, il conte Amedeo di Ginevra attaccò queste postazioni vescovili, pregiudicando i diritti della Chiesa, e realizzò a Moudon, attorno al 1127-1132, un castrum, con certezza il nucleo primitivo della città alta. Molto probabilmente il castrum venne conquistato attorno al 1190 dai duchi von Zähringen, che vi costruirono la grande torre del castello, e poi (attorno al 1207) dal conte Tommaso I di Savoia. Con il trattato di Burier (1219), il vescovo, che rimaneva signore di Moudon, riconobbe alla Savoia la sovranità immediata su Moudon, come avevano fatto in precedenza i conti di Ginevra. Divenuta base di appoggio per l'espansione della Savoia nel Paese di Vaud, nel corso del XIII secolo la città conobbe un rapido sviluppo, estendendosi in diverse direzioni rispetto al nucleo primitivo, con Vieux-Bourg (inizio del XIII secolo), Rotto-Borgeau (oggi parte inferiore della rue du Château), Plans-Borgeaux (prima del 1258, oggi Grand-Rue), Bâtie (ca. 1281, oggi rue Grenade e rue du Temple) e Mauborget (prima del 1311). La chiesa di S. Stefano, che deve il suo aspetto attuale alla ricostruzione effettuata alla fine del XIII secolo e all'inizio di quello successivo, è ulteriore testimonianza di questo periodo di grande sviluppo. I due ospizi – uno gestito, da prima del 1128, dai gerosolimitani, l'altro, realizzato tra il 1231 e 1245, dai canonici agostiniani del Gran San Bernardo – furono affiancati nel 1297 da quello della Vergine Maria, amministrato dai cittadini di Moudon. Questi ultimi si costituirono progressivamente in amministrazione comunale (la prima menzione di un Consiglio è del 1357, i primi conti comunali trasmessi risalgono al 1407). Nel 1260 Moudon era già forse la sede del baliaggio di Vaud; attorno al 1330 la città divenne in ogni caso un centro amministrativo e giudiziario dove si riunivano con regolarità gli Stati del Paese di Vaud, motivo per cui venne anche chiamata capitale. Le carte di franchigia di Moudon, la cui prima redazione nota risale al 1285, servirono da modello per numerose città vodesi.
Saccheggiata in due occasioni nel corso delle guerre di Borgogna, Moudon passò nel 1536 sotto la dominazione di Berna, perdendo i suoi precedenti diritti, ma rimase a capo di una circoscrizione più piccola (baliaggio di Moudon); il balivo si stabilì a Lucens. La città dovette adottare il credo riformato. I due secoli e mezzo di pace che seguirono favorirono il rafforzamento dell'amministrazione comunale (Consiglio dei Dodici e dei Ventiquattro, che eleggevano il governatore, alla guida della città, e l'alfiere). Nel XVII secolo vennero costruite in città numerose residenze aristocratiche per i signori dei territori circostanti, che ebbero pure un ruolo importante nella vita pubblica di Moudon. Il XVIII secolo fu quello della borghesia agiata, le cui abitazioni delineano ancora oggi la fisionomia urbana. Moudon viveva delle attività artigianali legate all'edilizia, al traffico di transito e alle necessità della vita quotidiana (concerie, mulini, numerose locande).
Moudon fu capoluogo del distretto omonimo dal 1798 al 2006, quando venne incorporato nel distretto della Broye-Vully. Tra il 1830 e il 1850 adattò l'assetto cittadino alle nuove norme urbanistiche (demolizione delle porte, allargamento delle strade, nuovo palazzo comunale). L'accelerazione del traffico, che portò a evitare il centro dell'agglomerato, tolse a Moudon il suo ruolo di snodo viario; nel 1876 venne realizzato il collegamento con la ferrovia della valle della Broye, nel 1902 quello con la linea tranviaria del Jorat e nel 1964 la strada di circonvallazione. Dalla fine del XIX secolo numerose istituzioni stabilirono a Moudon la loro sede: un istituto per l'educazione dei sordomuti (1869, dal 2004 Fondation Mérine), la scuola cantonale per la lavorazione del formaggio e del latte (1889-2004), la scuola cantonale di agricoltura (1951), l'arsenale cantonale (1837) e federale (1912), la piazza d'armi (1981-2002), l'Ufficio cantonale del registro di commercio (2000). Centro commerciale tradizionalmente legato all'agricoltura (23 aziende nel 2000), Moudon ha tuttavia anche alcune aziende importanti in altri settori, ad esempio legate alla lavorazione del ferro (ditte Braillard, 1820, e Bryois, 1827), alla produzione di formaggio (Beutler, 1899, dal 1974 Fromco SA), alla lavorazione della lana (Frères Meyer, dalla fine del XVIII secolo), oltre a una Cassa di risparmio (1822), una Federazione dei produttori di latte (1843) e una Federazione agricola (1856). L'industria pesante ha occupato il fondovalle, a partire dall'insediamento della fonderia e industria meccanica Gisling SA (1951), della fabbrica di cartonaggi e carta Moudon SA (1956, rilevata nel 2004 dalla Papirec SA, impresa del gruppo specializzato in riciclaggio Barec) e della Schelling Emballages SA (1968, oggi Model Emballages SA). Dal 1900 ca. l'abitato si è esteso al di fuori del nucleo storico (case monofamiliari e stabili con appartamenti in affitto nell'immediata periferia, ville sulle colline dei dintorni). Il piano di sviluppo urbanistico più recente risale al 1989; la città alta e i suoi dintorni, siti di interesse nazionale dal 1945, vi hanno trovato una rinnovata protezione.