Nel 1524 i conquistatori Spagnoli sconfissero nel G. diversi gruppi maya e integrarono il loro territorio nell'impero coloniale spagnolo. Dopo la fondazione dello Stato guatemalteco (1839), il Paese fu retto da una piccola oligarchia sostenuta dall'esercito. Nel 1961 una guerriglia di sinistra iniziò a combattere i regimi autoritari nel Paese; un accordo di pace, raggiunto nel 1996, pose fine alla sanguinosa guerra civile.
Le relazioni consolari tra la Svizzera e il G. risalgono al 1891. Nel 1957 fu creata una legazione, divenuta ambasciata nel 1962, a cui fecero capo anche El Salvador e Honduras. Il G. è rappresentato in Svizzera solo a livello consolare, dal 1902 a Ginevra, poi a Zurigo.
Cittadini svizzeri emigrati in G. parteciparono a imprese legate alla colonizzazione del Paese, all'esportazione di indigo, cocciniglia e pelli di bovini e, dagli anni 1870-80, alla coltivazione e al commercio di caffè. Dalla Svizzera furono importati orologi e tessili nel XIX sec., macchine e prodotti chimici dal XX sec. I rapporti economici bilaterali sono stati consolidati attraverso un accordo commerciale (1955), un accordo sul traffico aereo (1974) e un accordo di credito misto (1989). La vendita al G. di aerei civili PC-7 risultò problematica, poiché gli apparecchi vennero armati e impiegati contro gli insorti e la pop. civile. L'aiuto fed. allo sviluppo non fu mai rilevante, mentre le org. umanitarie prestano aiuto con singoli progetti nell'ambito della formazione, rivolti in particolare alla pop. india. Nel 2003 in G. vivevano 1137 cittadini svizzeri, di cui 934 con doppia nazionalità.
Carl Gustav Bernoulli, medico e biologo sviz., visse in G. dal 1858 al 1878. Nel 1877 scoprì nell'antica città maya di Tikal rivestimenti di porte in legno ornate di iscrizioni, che inviò a Basilea. Jacobo Arbenz Guzmán, ufficiale di carriera e figlio di un immigrato sviz., fu democraticamente eletto pres. nel 1950. Venne destituito quattro anni più tardi, con l'aiuto degli Stati Uniti, dopo aver avviato una riforma agraria contraria agli interessi dei latifondisti. Alla sua figura il regista Andreas Hoessli ha dedicato un film (1995).