Il territorio che oggi forma lo Stato dell'H., conquistato dagli Spagnoli nel 1524, fece parte dell'Impero del Messico (1821-23) e della Federazione centroamericana (1824-38) e in seguito si costituì in repubblica indipendente. All'inizio del XX sec. gli Stati Uniti vi intervennero a più riprese in difesa degli importanti interessi economici che avevano. Dopo diversi regimi dittatoriali, dal 1982 l'H. è retto da governi eletti democraticamente.
Per la Svizzera, l'H. non è stato terra di emigrazione né ha mai avuto grande importanza da un punto di vista economico o scientifico. I rapporti economici, avviati in misura modesta nel XIX sec., si riducono all'importazione in Svizzera di banane e caffè e all'esportazione di prodotti finiti, macchine e prodotti chimici. Le relazioni sono state consolidate da una serie di accordi bilaterali sulla tutela degli investimenti (1966), sulla cooperazione tecnica (1978) e sulla concessione di un credito misto di 31 milioni di frs. per la costruzione della centrale elettrica di El Cajón (1981). L'H. è uno dei Paesi dell'America centrale che beneficiano di un sostegno prioritario da parte della Direzione dello sviluppo e della cooperazione; nel 1981 quest'ultima ha aperto un ufficio di coordinamento a Tegucigalpa, che privilegia i progetti relativi all'economia forestale, all'approvvigionamento di acqua potabile, alla produzione idroelettrica e al ripristino delle infrastrutture distrutte dall'uragano Mitch nel 1998. La Svizzera rappresentò gli interessi dell'H. in Germania e Ungheria (durante la seconda guerra mondiale) e a Cuba (1962-85). L'H. dispone di un consolato a Ginevra e di un consolato onorario a Zurigo; la Svizzera ebbe a Tegucigalpa un consolato onorario (1936-57) e un consolato generale onorario (1957-67). Dal 1957 l'ambasciatore sviz. in Guatemala è accreditato anche per l'H. Nel 2004 in H. risiedevano 254 cittadini sviz., la maggior parte dei quali con doppia nazionalità.