L'arcipelago equatoriale indonesiano forma uno degli Stati più vasti e popolati del mondo e comprende fra le altre le isole di Kalimantan (Borneo), Sumatra (Aceh), Sulawesi (Celebes), Giava e una parte della Nuova Guinea. La colonizzazione dell'I. ebbe inizio nel 1511 dopo la conquista di Malacca da parte dei Portoghesi. Dopo la fondazione della Compagnia olandese delle Indie orientali (1602), questi ultimi furono progressivamente sostituiti dagli Olandesi, che riuscirono ad assicurarsi il monopolio del commercio indonesiano e a mantenere l'intero Paese sotto il proprio controllo fino al XIX sec. La potenza coloniale olandese crollò sotto l'occupazione giapponese (1942-44). La repubblica fu proclamata nel 1945, l'indipendenza nel 1949. Annesso nel 1975 all'I., Timor Est, fino ad allora rimasto portoghese, è divenuto formalmente indipendente nel maggio del 2002 dopo un intervento militare dell'ONU.
I primi Svizzeri operarono in I. dal XVII sec. quali mercenari, ricercatori e commercianti, e compilarono numerosi resoconti di viaggio (spec. nel XIX sec.): Josef Jakob Xaver Pfyffer, che era al servizio dell'Olanda, pubblicò nel 1829 uno studio etnologico sull'isola di Giava (Skizzen von der Insel Java), mentre Heinrich Zollinger, naturalista, fu autore nel 1850 di un saggio sull'isola di Sumba. All'inizio del XX sec. Paul Benedikt e Fritz Sarasin, entrambi di Basilea, condussero ricerche etnografiche. Il lucernese Renward Brandstetter presentò la civiltà indonesiana attraverso notevoli studi sulla lingua, la letteratura e la cultura del Paese.
Numerosi Svizzeri si stabilirono in I. già nel XVII-XVIII sec. Nel 1863 fu aperto un consolato sviz. a Batavia (oggi Giacarta). Gli Svizzeri in I. erano 673 nel 1930, solo 118 nel 1968 e 494 nel 2005 (di cui 210 con la doppia cittadinanza); all'inizio del XXI sec. la maggioranza di loro risiedeva a Giacarta o nei dintorni e lavorava per imprese straniere o nel settore alberghiero.
Durante la seconda guerra mondiale la Conf. rappresentò gli interessi olandesi nelle regioni del Sudest asiatico occupate dal Giappone. La Svizzera riconobbe l'I. il 27.12.1949, dopo che i Paesi Bassi le ebbero accordato l'indipendenza. L'ambasciata indonesiana a Berna fu aperta nel 1951, quella sviz. a Giacarta l'anno successivo.
Nel giugno del 1956 Akmed Sukarno, pres. e fondatore dello Stato indonesiano, visitò la Svizzera. Sotto il suo regime le relazioni dell'I. con la Conf. e con gli altri Stati occidentali raggiunsero il punto più basso. Solo la creazione di un programma di aiuto tecnico (1971) e la seconda visita ufficiale da parte di un pres. indonesiano (1972), il generale Suharto, portarono a un miglioramento delle relazioni tra I. e Svizzera, che tuttavia non riconobbe l'annessione di Timor Est all'I. Fino al 1997 l'I. è comunque stata fra i principali beneficiari del programma sviz. di cooperazione allo sviluppo, che prevedeva soprattutto progetti di sviluppo urbano e il sostegno alla formazione professionale. Negli anni 1990-2000 esponenti del Consiglio fed. e del parlamento hanno più volte criticato la situazione dei diritti umani in I. e a Timor Est. Nel medesimo periodo l'I. (spec. Bali) è divenuta una meta apprezzata del turismo sviz. Lo tsunami del 2004 ha devastato la provincia di Aceh (Sumatra) e provocato migliaia di morti e feriti. La Svizzera ha partecipato a progetti umanitari di ricostruzione e ha sostenuto il processo di pace fra i separatisti di Aceh e il governo di Giacarta.
Nel 1971 la Conf. concluse con l'I. un primo accordo di cooperazione tecnica, seguito da altri nel 1985 e nel 1991. Nel 1974 fu firmata una convenzione sull'incoraggiamento e la reciproca protezione degli investimenti e nel 1979 un trattato concernente l'apertura di crediti di trasferimento. Le relazioni commerciali, basate ancora all'inizio del XXI sec. su una convenzione del 1954, si sono intensificate soprattutto dal decennio 1990-2000. Le esportazioni sviz. verso l'I. ammontavano a 31,1 milioni di frs. nel 1970, a 455,1 nel 1995 e a 289,4 nel 2003; le importazioni erano invece pari a 46,1 milioni di frs. nel 1970, 116,3 nel 1995 e 167,1 nel 2003 (213,8 nel 2001). Nel 1997 la Svizzera si situava al quarto posto fra gli investitori europei e al diciottesimo sul piano mondiale (1,4 miliardi di dollari).