Dopo il riconoscimento della N. da parte del Consiglio fed. l'1.10.1960 furono allacciate delle relazioni diplomatiche e nel 1961 venne aperta un'ambasciata a Lagos. Il numero di Svizzeri in N. salì da poche decine prima del 1945 a oltre 300 nel 1960 e a ca. 800 nel 1977 e diminuì in seguito (242 nel 2005). La posizione geografica della N. suscitò l'interesse delle compagnie sviz. di trasporto e di commercio intern.; successivamente vi si insediarono anche industrie di altri settori, in particolare dell'alimentazione, della chimica, dei tessili, dell'alluminio e dell'elettricità. Nel 1970 il volume degli investimenti sviz. era stimato a un centinaio di milioni di frs. Nel 2005 vivevano in Svizzera 1356 Nigeriani e 242 Svizzeri in N.
La guerra civile, scoppiata nel 1967 a seguito della secessione del Biafra, confrontò la Svizzera con problemi politici. Fedele alla sua politica di neutralità, disponibilità e discrezione, il Consiglio fed. non volle intromettersi negli affari interni della N., limitandosi ad alcune iniziative diplomatiche di scarsa efficacia. Una petizione che chiedeva il riconoscimento del Biafra, sottoscritta da 5000 persone, fu respinta dal governo sviz. La terribile carestia provocata dal conflitto commosse la pop. sviz. che devolse importanti somme a org. caritatevoli e religiose. Con il sostegno finanziario della Conf. il CICR lanciò la sua più grande azione umanitaria dal 1945. Nel luglio del 1968 il Consiglio fed. mise a disposizione del CICR August R. Lindt, ambasciatore sviz. a Mosca, in qualità di commissario generale; Lindt si ritirò dalla carica nel giugno del 1969, ritenendo che la situazione locale non gli permettesse di svolgere la propria missione, ciò che provocò una grave crisi in seno al CICR. Nello stesso periodo il gruppo Oerlikon-Bührle fu accusato di aver venduto armi, utilizzate secondo alcune fonti anche contro cittadini sviz. in missione umanitaria, in violazione del divieto delle autorità fed. Nonostante le tensioni legate al conflitto e alcuni contenziosi commerciali, le relazioni bilaterali si svilupparono e la N. divenne uno dei principali mercati della Svizzera in Africa, in particolare per l'industria delle armi dopo l'abrogazione del divieto di esportazione nel dicembre del 1980. Insieme all'Algeria, alla Libia, all'Arabia Saudita, alla Tunisia e all'Iran, dagli anni 1970-80 la N. è uno dei principali fornitori di petrolio della Svizzera. Accanto al Sudafrica, alla Liberia e all'Algeria, la N. figura anche tra i Paesi africani con cui le banche sviz. intrattengono i più intensi rapporti d'affari. L'indebitamento della N. ha indotto la Svizzera a partecipare al Club di Parigi e a firmare due accordi bilaterali su un nuovo calendario di rimborso del debito (1987 e 1989). Pur non essendo un Paese prioritario per l'aiuto allo sviluppo, la Svizzera finanzia dei laboratori e delle borse di studio per la formazione professionale e l'agricoltura in N.