Dopo l'indipendenza dalla Spagna nel 1821, E. fece parte della Federazione centroamericana dal 1823 al 1840; nel 1841 fu proclamata la repubblica. Dal 1931 le laceranti lotte interne portarono ripetutamente i militari al potere. Con la Costituzione del 1983 il Paese divenne una democrazia presidenziale centralistica.
Durante i primi decenni della sua indipendenza E. non costituì una destinazione attrattiva per gli interessi commerciali e gli emigranti sviz. Fu solo con l'espansione dell'economia del caffè che nel Paese iniziò ad insediarsi, attorno al 1870, una piccola colonia sviz. Nel 1883 E. e Svizzera conclusero un trattato di amicizia, di domicilio e di commercio. Nel 1913 la Conf. nominò il suo primo console onorario a San Salvador. Il consolato fu trasferito a San Miguel nel 1920, dove nel frattempo alcuni sviz. si erano stabiliti come piantatori di caffè, riportato nella capitale San Salvador nel 1948, elevato a consolato generale nel 1959 e al rango di ambasciata nel 1968; negli anni 1970-80 quest'ultima fu coinvolta nella guerra civile fra la guerriglia di sinistra e l'esercito. L'assassinio di Hugo Wey, incaricato d'affari a San Salvador, portò alla chiusura dell'ambasciata nel 1979. Solo nel 1982 la Conf. riaprì una rappresentanza sotto forma di agenzia consolare (dal 1997 consolato generale onorario).
Per migliorare la bilancia commerciale, E. tentò fra il 1920 e il 1940 di applicare soprattasse sulle merci importate dalla Svizzera (soprattutto cioccolato, formaggio, orologi e articoli di ricamo), che tuttavia riuscì a impedire la manovra minacciando ritorsioni. In termini di valore, le esportazioni sviz. verso E. aumentarono anche dopo il 1937, anno in cui decadde il primo trattato commerciale; dopo il 1945 ciò fu dovuto ai tessili e soprattutto ai prodotti delle industrie meccanica e chimica. Nel 1954 i due Paesi conclusero un secondo trattato commerciale; nel 1992 e 1994 vennero concordati aiuti alla bilancia dei pagamenti. All'inizio del XXI sec. il saldo della bilancia commerciale è risultato favorevole alla Svizzera. La merce di maggiore interesse importata da E. è il caffè. La fine della guerra civile nel 1992 ha aperto la strada a un miglioramento delle relazioni. La Svizzera ha rafforzato il suo impegno allo sviluppo. Nel 1996 è entrato in vigore un accordo per la protezione degli investimenti. Nel 2009 le persone di nazionalità sviz. registrate in E. erano 506, di cui 457 in possesso della doppia nazionalità. Nello stesso anno in Svizzera vivevano 161 persone di E.