Prima della fine del XVII secolo non vi furono relazioni tra la Svizzera e Berlino, residenza del principe elettore di Brandeburgo e, dal 1701, del re di Prussia. Un'eccezione è costituita da Leonhard Thurneysen di Basilea, che fra il 1571 e il 1584 fece fortuna e divenne famoso a Berlino quale medico, alchimista, stampatore ed editore, prima di perdere tutto. Joseph Werner, miniatore, di Berna, fu il primo direttore dell'Accademia di belle arti e di scienze meccaniche dalla sua fondazione nel 1696 al 1700. Fra il 1684 e il 1710, in seguito a un accordo stipulato tra alcuni cantoni riformati e il principe elettore di Brandeburgo, 92 artigiani svizzeri, tra cui 23 rappresentanti dell'industria tessile, si stabilirono a Berlino con le loro famiglie. L'emigrazione in questa città per ragioni economiche non cessò mai completamente nel XVIII secolo: nel 1770 vi si trasferirono altre 33 famiglie svizzere. Nell'ambito del rinnovamento dell'Accademia delle scienze promosso a partire dal 1743, Federico II chiamò a Berlino numerosi eruditi svizzeri, che fra il 1750 e il 1780 contribuirono in modo determinante allo sviluppo dell'istituto. Bilingui, dotati di una solida istruzione e di uno spirito cosmopolita, gli Svizzeri trovarono un riscontro particolarmente favorevole nella forte predilezione del sovrano illuminato per la cultura francese; vanno in particolare menzionati Leonhard Euler, Nicolas de Béguelin de Lichterfelde, Johann Georg Sulzer, Johann Bernoulli (1744-1807), Johann Heinrich Lambert, Jakob Wegelin e François Achard. Diversi membri svizzeri dell'Accademia furono coinvolti nelle controversie fra newtoniani e leibniziani, che attorno al 1750 dominarono gli ambienti scientifici berlinesi. Più tardi anche altri esponenti svizzeri diedero prova del proprio talento, in particolare in ambito storico: Johannes von Müller e Johann Heinrich Gelzer occuparono posizioni influenti, mentre Jacob Burckhardt, e, nel XX secolo, Jean Rudolf von Salis e Edgar Bonjour studiarono all'Università di Berlino (fondata nel 1810), profittando del soggiorno per stringere numerosi contatti.
L'offerta educativa e culturale della città continuò ad attirare i giovani svizzeri anche nella seconda metà del XIX secolo. Durante la Restaurazione, viceversa, diversi eminenti studiosi, costretti a lasciare Berlino per ragioni politiche, trovarono in Svizzera il loro campo d'azione: tra questi il teologo Wilhelm Martin Leberecht De Wette e il germanista Wilhelm Wackernagel. La metropoli tedesca fu ed è tuttora importante anche per molti artisti e scrittori svizzeri; l'opera integrale di Jeremias Gotthelf fu pubblicata a Berlino dopo la sua morte, mentre Gottfried Keller vi visse la fase più creativa della sua vita (1850-1855). La cantante lirica Emilie Welti-Herzog vi rinnovò il successo già incontrato in patria (1889-1910). Hugo von Tschudi, direttore della Galleria nazionale dal 1896 al 1908, si prodigò a favore del riconoscimento dell'impressionismo. Nel 1907 Robert Walser ottenne a Berlino i suoi primi successi letterari. Il dadaismo, promosso a Zurigo durante la prima guerra mondiale da alcuni artisti emigrati, fu esportato a Berlino nella primavera del 1917, dove acquisì maggiore forza provocatrice e assunse un profilo più spiccatamente politico. Il lavoro teatrale di Bertolt Brecht a Berlino Est attirò fino al 1956 numerosi attori svizzeri, tra cui Benno Besson e Regine Lutz.
Nel 1867 le Camere federali approvarono l'apertura di una sede diplomatica a Berlino, mantenuta fino al 1945. Alla fine del conflitto bellico, gli Svizzeri residenti a Berlino si unirono in una colonia. A partire dal 1945 la cosiddetta delegazione per il rimpatrio, insediata a Berlino, si prese cura degli oltre 10'000 cittadini svizzeri residenti nella zona di occupazione sovietica. La Svizzera aprì un'ambasciata a Berlino Est nel 1972, dopo aver riconosciuto la Repubblica democratica tededesca (RDT). La Casa della Svizzera, edificata nel 1936 sul famoso viale Unter den Linden quale vetrina dell'economia svizzera, è stata riaperta nel 1993. Dopo il crollo della RDT e la designazione di Berlino a nuova capitale tedesca, nel 1999 l'ambasciata svizzera nella Repubblica federale di Germania è stata trasferita da Bonn a Berlino. Insediata in un primo tempo nella Haus am Wasser, alla fine del 2000 l'ambasciata svizzera è stata trasferita nell'edificio situato nell'area dello Spreebogen che già aveva occupato in precedenza, ristrutturato e ampliato per l'occasione.