Attorno al 1091 il duca Berthold II fece costruire nel cuore della signoria dei von Zähringen, nella Brisgovia settentrionale, la fortezza e il borgo di F., che nel 1120 ottenne il diritto di tenere mercato. Prima città fondata dalla fam., nel XII sec. divenne una fiorente comunità dell'alto Reno. La cittadinanza, in parte discendente dai ministeriali degli Zähringen, acquisì sin dall'inizio importanti privilegi; il diritto civico di Friburgo fu adottato a modello da numerose città della Germania sudoccidentale e dell'attuale Svizzera, in particolare Friburgo im Uechtland, Berna e Diessenhofen. Nel XIII e nella prima metà del XIV sec. furono i conti di F. a esercitare la signoria; le loro difficoltà finanziarie permisero ai cittadini di consolidare i propri diritti e la propria influenza. Dopo essersi sottomessa agli Asburgo (1368), F. visse un nuovo periodo di sviluppo a partire dalla metà del XV sec., quando l'arciduca Alberto VI d'Austria vi si stabilì; nel 1457 fondò l'Univ., di cui Johannes Sutor, di Zurzach, fu uno dei primi rettori e dove numerosi Svizzeri hanno insegnato e studiato fino ai nostri giorni.
Sotto l'imperatore Massimiliano I la città divenne un centro culturale dell'alto Reno, che ospitò importanti umanisti, fra cui Jakob Wimpfeling e Ulrich Zasius; quest'ultimo, studioso di diritto e cancelliere della città, nel 1520 elaborò un'influente opera sul nuovo diritto civico di F. Assieme a un suo allievo, il basilese Bonifacius Amerbach, riunì attorno a sé un'importante cerchia di amici. A seguito della Riforma, Erasmo da Rotterdam abbandonò Basilea per F. (1529), e lo stesso fece Glareano, umanista e musicologo originario di Glarona. Anche il capitolo cattedrale di Basilea risiedette a F. dal 1528 al 1677, quando fu trasferito ad Arlesheim. Una veduta della città, realizzata nel 1589 dal calcografo di Soletta Gregor Sickinger su incarico del Consiglio, rispecchia l'orgoglio della città, che nel XVI sec. ebbe stretti contatti con Basilea nell'ambito della stampa e delle case editrici. A seguito della guerra dei Trent'anni, il governo della Bassa Austria, la cui giurisdizione si estendeva fino al Fricktal, oggi argoviese, lasciò l'Alsazia (Ensisheim) divenuta franc. per F. Nel XVII e XVIII sec., il collegio dei gesuiti di F., che intratteneva strette relazioni con i collegi gesuiti della Svizzera, in particolare con Lucerna, fu frequentato da molti Svizzeri come ist. di formazione.
Le riforme dell'imperatrice Maria Teresa e di Giuseppe II permisero alla città di vivere tempi migliori a partire dal 1750. L'Univ., dal 1620 nelle mani dei gesuiti, dopo lo scioglimento dell'ordine (1773) subì il centralismo di Vienna, ma beneficiò anche di una maggiore libertà intellettuale (Friedrich Heinrich Jacobi, Karl von Rotteck) fino al XIX sec. Integrata al granducato del Baden nel 1805, la città trasse profitto dal sostegno apportato dal granduca Ludwig all'Univ., dall'installazione della sede arcivescovile, seguita allo scioglimento della diocesi di Costanza (1821), e dalla crescita del commercio e dell'industria a partire dal 1850. Nel XIX sec. F. intrattenne molteplici relazioni economiche con Basilea. I nazionalsocialisti riscossero un notevole successo già nel 1930; dopo il 1933 la città e l'Univ. seguirono la linea politica del Terzo Reich, anche nella pratica di espulsione degli ebrei, alcuni dei quali trovarono rifugio in Svizzera. Gravemente colpita dai bombardamenti del 1944, la città fu ricostruita sotto l'occupazione franc. fra il 1945 e il 1955. La fase di rapida crescita, accompagnata da un'espansione urbanistica, che si protrasse fino al 1970 ca., fu seguita da un periodo di stagnazione, caratterizzato fra l'altro dal problema degli alloggi e da disordini (occupazioni di case). Oggi F., che si è profilata quale città attenta all'ecologia, attira il turismo; è ritenuta il centro del settore dei servizi della regione trinazionale dell'alto Reno, che comprende i territori confinanti di Germania, Francia e Svizzera (Regio Basiliensis).