L'E. è la più settentrionale delle tre repubbliche baltiche. Dopo la guerra del Nord (1700-1721) passò dalla dominazione svedese a quella russa; nel 1918 venne proclamata repubblica indipendente. Si succedettero poi l'occupazione russa (1940) e quella ted. (1941-44); nel 1945 venne integrata nell'Unione Sovietica. Nel 1991 l'E. è ritornata ad essere repubblica indipendente, dotandosi di una Costituzione parlamentare (1992). Dal 2004 è uno Stato membro dell'Unione Europea.
I rapporti tra la Svizzera e l'E. sono attestati almeno dal XVIII sec., quando architetti ticinesi lavorarono nella capitale Tallin (in passato chiamata Reval). Dal XVIII al XX sec. commercianti, contadini, casari, pasticcieri e insegnanti sviz. emigrarono verso le due province russe sul mar Baltico, E. e Livonia; per molti di loro la regione baltica costituiva solo una tappa intermedia del viaggio verso l'interno della Russia. Quando, negli anni 1890-1900, il sistema scolastico venne russificato, gli insegnanti sviz. si videro costretti a rimpatriare. A partire dagli anni 1860-70, un flusso migratorio in senso contrario aveva portato verso la Conf. soprattutto studenti e rifugiati politici, fra cui Konstantin Päts, più tardi primo ministro e pres. dell'E. Un ruolo particolare ebbe la rinomata Univ. di Dorpat (Tartu in estone e russo), fondata nel 1632 dal re di Svezia, che formò, tra l'altro, i figli degli emigrati sviz. in Russia; alcuni Svizzeri, come Rudolf Henzi, Wilhelm Wiget e Alfred Fleisch vi insegnarono, mentre alcuni studiosi di Dorpat, tra cui Gustav von Bunge, vennero chiamati in Svizzera.
Nel 1921 il Consiglio fed. riconobbe l'indipendenza dell'E., con cui intratteneva rapporti consolari dal 1919. Nel 1925 i due Paesi conclusero un accordo commerciale; le relazioni bilaterali, interrotte dall'annessione sovietica del 1940, sono riprese nel 1991 con il ripristino dell'indipendenza. L'ambasciata sviz. a Helsinki è competente anche per l'E.; l'ambasciatore estone a Vienna lo è per la Conf. dal 1995. Le relazioni diplomatiche tra i due Paesi si sono inoltre sviluppate attraverso visite di lavoro di ministri e delegazioni parlamentari di entrambe le parti.; nel 2001 il pres. della Conf. Moritz Leuenberger si è recato a Tallin, nel 2004 il pres. estone Arnold Rüütel ha reso visita alla Svizzera. L'accordo commerciale del 1925 è stato completato da un accordo sulla tutela degli investimenti (1993), dall'accordo di libero scambio dell'AELS (applicato a titolo provvisorio dal 1996), dall'accordo sui trasporti (1997) e da una convenzione sulla doppia imposizione fiscale (2002). Nell'ambito dell'aiuto sviz. all'Europa orientale, dal 1992 al 2000 sono stati erogati aiuti finanziari per 22 milioni di frs. Lo scambio commerciale ha conosciuto un'evoluzione positiva per entrambi i Paesi: la Svizzera esporta tra l'altro macchine e prodotti farmaceutici, l'E. prodotti agricoli. Nel 2003 la Svizzera ha esportato e importato merci per 43 risp. 33 milioni di frs. Nel 2003 i cittadini estoni residenti in Svizzera erano 118, mentre gli Svizzeri in E. erano 26.