L'abbazia benedettina di S., situata nella Foresta Nera, trae le sue origini dalla cella alba, fondata da Sigemar, menz. nell'858/859. Divenne proprietà del convento di Rheinau da cui, alla fine del IX sec., ricevette le reliquie di S. Biagio. Reginbert, monaco di Einsiedeln, rianimò la cella dopo la metà del X sec. e venne successivamente venerato come fondatore. Nel periodo 1049-65 S. si affrancò da Rheinau e nel 1065 ottenne da re Enrico IV il privilegio dell'immunità. Stando alla tradizione conventuale, Beringer e Werner (1068, menz. nel 1064) furono i primi abati del convento. A quell'epoca S. intratteneva stretti rapporti con Rodolfo di Svevia e con il principato vescovile di Basilea, i cui vescovi succedettero probabilmente al duca Rodolfo di Svevia nella funzione di balivi. Verso il 1072 S. aderì al movimento riformatore promosso dal convento di Fruttuaria (Piemonte). L'avogadria ecclesiastica su S. passò ai von Zähringen (1125) e poi agli Asburgo (dopo il 1250). La fondazione dei priorati e conventi femminili di Bürglen, Weitenau, Berau, Gutnau, Sitzenkirch (tutti nella Foresta Nera meridionale), Ochsenhausen (alta Svevia) e Wislikofen (Argovia) testimoniano l'influenza esercitata dall'abbazia tra l'XI e il XIII sec.; per breve tempo anche il convento argoviese di Muri (1082-1085/86) e il convento di Trub nell'Emmental (ca. 1125-1128/30) furono priorati di S. Nel 1083 venne conclusa una fratellanza di preghiera con l'abbazia di S. Vittore a Marsiglia, a cui seguirono numerosi altri accordi. S. insediò comunità monastiche nei conventi di Alpirsbach (nella valle della Kinzig, Foresta Nera centrale), Wiblingen (a sud di Ulma), Erlach (Sankt Johannsen), Stein am Rhein, Ensdorf (Alto Palatinato), Ettenheimmünster (Ortenau), S. Valpurga (Walbourg, Alsazia), Sulzburg (Foresta Nera meridionale) e Fultenbach (presso Augusta). Nel 1094 il convento di Göttweig (Austria inferiore) fece venire da S. il priore Hartmann aderendo così alla sua riforma. Tra il 1143 e il 1147 Frowin, monaco di S., fu nominato abate dell'abbazia di Engelberg che, sotto la sua guida, assurse a centro della riforma conventuale grazie all'allestimento di uno scriptorium, unico nel suo genere.
In origine l'abbazia fu un doppio monastero. Il convento delle monache, trasferito a Berau all'inizio del XII sec., influenzò quelli di Fahr, Sulzburg e Sitzenkirch. Dopo la riforma monastica S. si concentrò sull'ampliamento della sua signoria fondiaria, che nel XIV sec. era organizzata in 13 baliaggi di cui tre (le prepositure di Basilea, Klingnau e Zurigo) si trovavano sul territorio dell'attuale Svizzera. A causa della Riforma S. perse i suoi possedimenti nel Württemberg, nel margraviato del Baden-Durlach e nel cant. Zurigo. Acquisita nel 1613, la signoria di Bonndorf (che beneficiava dell'immediatezza imperiale), riunita ai baliaggi di Blumegg, Gutenburg e Bettmaringen nel 1699, venne trasformata in contea; quest'ultima fu poi elevata al rango di principato imperiale nel 1746, ma il convento (con i suoi beni) rimase uno Stato dell'Austria anteriore. Dal 1666 l'abate presiedette il banco dei prelati degli Stati della Brisgovia. Nel XVIII sec. l'abbazia visse il suo ultimo periodo di splendore. Sotto il principe abate Martin Gerbert (1764-93) prese corpo l'ambizioso progetto dell'opera Germania Sacra. Dopo l'incendio del 1768, che aveva danneggiato la biblioteca e l'archivio, l'abbazia fu ricostruita in stile neoclassico e nel duomo furono installati i sepolcri per i primi Asburgo; le loro spoglie vi furono trasferite dalla cattedrale di Basilea (regina Anna, prima moglie di Rodolfo I) e da Königsfelden. Nel 1803 S. passò al ducato di Modena e nel 1806 al granducato del Baden. Dopo la sua secolarizzazione, l'imperatore Francesco I cedette ai monaci di S. l'edificio del capitolo cattedrale di Spital am Pyhrn ob der Enns (Alta Austria, nel 1807) e l'abbazia di S. Paolo nella valle della Lavant (Carinzia, nel 1809), dove il convento esisteva ancora all'inizio del XXI sec. Nel 1809 lo zurighese Johann Georg Bodmer installò nell'antica abbazia una fabbrica di macchine tessili, a cui si aggiunse tra l'altro una filanda (1811). Dal 1934 gli edifici conventuali ospitano un collegio gesuita.