L'abbazia benedettina di Cluny (Borgogna) beneficiò fin dalla sua fondazione (909/910) di un'ampia indipendenza giurisdizionale, che favorì lo sviluppo dell'ordine a cui diede il suo nome. Rapidamente si venne a costituire un gruppo monastico - posto sotto la sua autorità ed esteso ai Paesi francofoni e a tutta l'Europa occidentale - costituito da priorati (nuove fondazioni o case che avevano aderito alla sua riforma) i cui priori erano nominati liberamente dall'abate di Cluny. La riforma cluniacense si caratterizzò per lo spazio dato alla liturgia; si ridusse invece il tempo a disposizione dei monaci per lo studio e la lettura spirituale, e scomparve completamente il lavoro manuale. La celebrazione di messe di suffragio, in particolare dopo l'introduzione della commemorazione dei defunti nell'XI sec., fu alla base di ricche donazioni da parte di nobili.
Già 20 anni dopo la sua fondazione, Cluny era tanto illustre da ricevere dalla contessa Adelaide, sorella di Rodolfo I di Borgogna e madre del re di Francia Raul, il priorato di Romainmôtier. Verso il 965 l'imperatrice Adelaide, figlia di Rodolfo II, offrì a Cluny l'abbazia di Payerne, da lei appena fondata, e fu l'ispiratrice, nel 999, della donazione dell'antica abbazia di San Vittore di Ginevra. I re Corrado e Rodolfo III di Borgogna avallarono e concretizzarono la volontà delle loro parenti. Durante il suo primo sec. di esistenza, Cluny dovette pertanto buona parte del proprio sviluppo alla dinastia dei Rodolfi; gli abati di Cluny portarono pure il titolo di abati di Romainmôtier e di Payerne fino a metà dell'XI sec., quando le due case religiose vennero retrocesse a priorato. Il ruolo dei Rodolfi trova riscontro nella mappa degli insediamenti cluniacensi in Svizzera, limitati al triangolo Ginevra-Berna-Basilea, anche se alcune fondazioni, tra cui quella dell'importante priorato di Sankt Alban a Basilea, furono posteriori alla dissoluzione del regno di Borgogna.
Il territorio sviz. attuale comprendeva nove priorati posti alle immediate dipendenze di Cluny; quattro di essi, Sankt Alban, S. Vittore, Payerne e Romainmôtier, formarono delle vere e proprie reti di priorati secondari: ne possedevano 25, distribuiti fra l'Alsazia e la Savoia. Rüeggisberg e Hettiswil detenevano due priorati ciascuno, mentre non ne possedevano Rougemont, l'isola di San Pietro e Münchenwiler. Le monache di Feldbach (Alsazia), Istein e Sölden (Baden) dipesero temporaneamente da Sankt Alban, ma nessun priorato femminile venne creato in Svizzera. Posto sotto l'autorità della casa madre e del suo abate, l'ordine venne organizzato in province verso il 1200, dopo la conclusione del suo sviluppo istituzionale: tutti gli stabilimenti "sviz." appartenevano alla provincia di Germania e Lorena, ad eccezione di S. Vittore e delle sue cinque dipendenze, facenti capo alla Provenza. I rapporti dei visitatori, che verificavano il buon andamento dei priorati, forniscono informazioni sul numero di monaci e sulla situazione materiale dei conventi a partire dalla seconda metà del XIII sec. Dato che i monaci e soprattutto i priori potevano essere trasferiti, spesso religiosi di lingua franc. si trovavano in case in area ted. Grazie alla loro ricchezza fondiaria, ai loro diritti e ai loro effettivi (in media 20-30 monaci a Romainmôtier e Payerne), questi priorati ebbero nelle regioni in cui erano insediati un ruolo di sicuro rilievo, o perché formavano quasi un piccolo Stato, come Romainmôtier, o per l'influenza che esercitavano sulle città che li ospitavano, come S. Vittore a Ginevra o Sankt Alban a Basilea - ma ancora più vistosamente a Payerne, città che in pratica deve la sua esistenza al monastero.
L'influenza politica e sociale dei priorati sembra essere stata notevole fino alla metà del XII sec., probabilmente grazie alla loro situazione geografica e al ruolo avuto dalla casa madre nella riforma della Chiesa e durante la lotta delle Investiture (mediazione fra il papa e l'imperatore); alcuni contatti che permisero il concordato di Worms (1122) ebbero luogo a Ginevra e Basilea. Nonostante le perdite documentarie e monumentali, è possibile intravedere la grande rilevanza dei monasteri cluniacensi dalla fine del X sec. fino alla metà del XII sec., sia dal profilo artistico (chiese abbaziali di Payerne e di Romainmôtier, affreschi di Montcherand) sia da quello culturale (almeno stando alla produzione della cancelleria di Romainmôtier); è una capacità di irraggiamento che peraltro corrisponde a quella di Cluny in generale. Il bisogno di fondarsi su una legittimazione di carattere storico portò questi monasteri alla redazione di alcuni testi, quali le parti storiche del cartulario di Romainmôtier all'inizio del XII sec., e qualche volta a falsificare dei documenti (per esempio a Payerne nella stessa epoca); una produzione, protrattasi fino al XVI sec., che ebbe un'indiscussa influenza sull'immaginario collettivo della Svizzera occidentale, come dimostra il significativo esempio della regina Berta. Per la loro ubicazione, tutti questi stabilimenti furono destinati a sparire all'epoca della Riforma. La maggior parte di essi conobbe tuttavia fino al XVIII sec. una sorta di sopravvivenza giur. che permise agli Stati che li avevano secolarizzati - Ginevra, Berna e Basilea - di riscuotere con più sicurezza i loro redditi; questi priorati erano infatti titolari di importanti diritti fondiari, situati spesso in regioni caratterizzate da un diverso destino politico e religioso, come ad esempio la Savoia rispetto a Ginevra.