Da sempre gli insediamenti situati sulle rive di laghi e fiumi, nelle pianure di una certa estensione (specialmente nel Grosses Moos) e nelle valli alpine sono soggetti a inondazioni (catastrofi naturali). Dal Medioevo i danni causati dagli allagamenti furono riportati nelle cronache; dal XV secolo furono registrati anche in diari meteorologici e in atti amministrativi. Molti osservatori cercarono di descrivere l'ampiezza dei fenomeni e di paragonarli con eventi precedenti, utilizzando come punti di riferimento i segni che spesso su ponti o edifici indicavano il livello raggiunto dalle acque. L'ampiezza delle esondazioni storiche può inoltre essere misurata sulla base dell'estensione delle zone colpite e dei danni provocati. Il primo idrometro fu allestito da Johann Jakob Scheuchzer sul lago di Zurigo nel 1708. I livelli lacuali furono rilevati sul lago di Ginevra dall'inizio del XVIII secolo, sul lago di Costanza dal 1797, sul lago Maggiore dal 1829. Il deflusso del Reno a Basilea venne registrato dal 1808 con un idrometro e dal 1869 con un limnimetro; i deflussi dei fiumi importanti e i livelli dei laghi furono misurati in modo sistematico dal tardo XIX secolo. Le correlazioni e i confronti trasversali tra resoconti, segni di piena, livelli idrometrici e misurazioni di deflusso hanno consentito alla ricerca storica di ricostruire un quadro d'insieme sulle cause e sulla frequenza dei più importanti straripamenti lacustri e fluviali avvenuti nell'Altopiano e nella parte centrale della fascia alpina.
Fra le cause delle inondazioni occorre distinguere quelle predisponenti – anteriori all'evento esondativo, come la saturazione del terreno in seguito a precipitazioni oppure l'accumulo di masse nevose (clima) – da quelle innescanti. In Svizzera le inondazioni sono causate dal persistere di precipitazioni intense, spesso rafforzato d'inverno dalla neve che si scioglie nell'Altopiano e in primavera o all'inizio dell'estate dal disgelo montano; sulle Alpi hanno un ruolo importante le piogge provocate dall'ascesa di masse d'aria nell'ambito di spostamenti su vasta scala. Nelle valli alpine centrali e meridionali le gravi inondazioni che hanno luogo tra la fine di agosto e l'inizio di novembre sono conseguenza del blocco di una cosiddetta Genoa Low (depressione del Golfo Ligure, goccia fredda sul Mediterraneo): lo scontro di grandi masse d'aria mediterranea caldo-umida con le Alpi può provocare, in determinate condizioni, forti precipitazioni piovose su zone ristrette, come è avvenuto per esempio nel settembre 1993 (inondazione di Briga) o nell'ottobre 2000 (frana di Gondo). Quando, in circostanze simili, aria fredda da nord affluisce verso le Alpi, le masse caldo-umide in arrivo da sud scivolano oltre la catena e possono così provocare enormi rovesci anche sul versante nordalpino (come nell'agosto/settembre 1890). In genere il perimetro dei danni causati da precipitazioni estreme sulle Alpi svizzere interessa anche parti dell'Italia settentrionale, della Francia sudorientale o dell'Austria.
Significativi straripamenti del Reno a Basilea si verificarono negli anni 1342 (la cosiddetta piena del millennio), 1480, 1511, 1566, 1570, 1641, 1651, 1673, 1711, 1764 e 1801; fra il 1500 e il 1882 ci fu un'esondazione in media ogni 9,5 anni. Nel XIX secolo i livelli idrometrici più alti vennero raggiunti negli anni 1817, 1852, 1876, 1881 e 1882; in seguito fino al 1994 Basilea fu risparmiata dalle inondazioni; l'ultimo straripamento risale al 1999. L'evoluzione a partire dal XIX secolo si presta a una lettura ambivalente: le correzioni dei corsi d'acqua (specialmente quella delle acque del Giura), le opere di rimboschimento e lo sviluppo naturale delle foreste (nelle Alpi, ma soprattutto nell'Altopiano superiore) nonché i bacini artificiali realizzati nell'area alpina hanno ridotto il rischio di piene, che però è stato aumentato da drenaggi di zone umide, da arginature fluviali e da impermeabilizzazioni del suolo, dovute sia a opere edilizie (raddoppio dell'area edificata dal 1950 a oggi) sia all'agricoltura industriale (impiego di macchine sempre più pesanti). Dalla fine del XIX secolo, inoltre, è sensibilmente mutato il quadro delle precipitazioni: nelle Alpi – e in parte anche nell'Altopiano – la primavera, l'estate e l'autunno sono divenuti un po' più asciutti.
Il lago di Costanza, il cui livello dipende dalla rapidità del processo di scioglimento delle nevi e dal suo rafforzamento in seguito a forti rovesci, nel 1566 tracimò per le nevicate straordinarie sulle Alpi, a loro volta dovute al persistere di una «situazione da nord ovest» invernale; il Reno rimase in piena per sei settimane. L'esondazione dell'estate 1817 dipese da una duplice fusione delle nevi alpine (inverni 1815/1816 e 1816/1817), conseguenza dell'«anno senza estate» 1816. Negli anni 1849-1855 il Bodano tracimò altre quattro volte; l'esondazione del maggio 1999 si deve alla concomitanza tra una abbondante fusione delle nevi e una particolare intensità delle precipitazioni.
Il lago di Ginevra, alimentato soprattutto dal Rodano, nel XX secolo fece registrare le esondazioni – in ordine decrescente di gravità – degli anni 1948, 1987, 1954, 1935, 1937 e 1936, cui vanno aggiunte quelle degli anni 1817, 1846, 1792 e 1816.
Nelle Alpi centrali sono attestati due periodi contraddistinti da una bassa frequenza di inondazioni (1641-1706, 1927-1975) e tre da un'alta frequenza (1550-1580, 1827-1876, 1976-2000). Le ripetute inondazioni del periodo 1827-1876 furono associate dai contemporanei allo sfruttamento sconsiderato dei boschi, che in quel periodo aveva raggiunto il culmine in seguito alla pressione demografica e all'assenza di limiti all'esportazione di legname. L'idea che i boschi esercitassero un'azione attenuante sui deflussi, affermatasi in Francia a partire dal tardo XVIII secolo, prese piede in Svizzera – per influsso della Società forestale, fondata nel 1843 – dopo le frequenti inondazioni avvenute nel decennio 1850; l'intensità delle precipitazioni autunnali a sud delle Alpi, all'epoca significativamente più elevate rispetto ai periodi precedenti e successivi, era dovuta peraltro a una variazione climatica naturale. Sull'onda delle emozioni suscitate dalle devastanti piene nelle valli alpine nel 1868, il parlamento aderì alle richieste della Società forestale approvando una normativa federale che non solo interveniva sulla sovranità cantonale e sulla proprietà privata ma sovvenzionava anche il rimboschimento nelle Prealpi e nelle Alpi (legge federale forestale del 1876 e legge federale sulla polizia delle acque del 1877, in base a un nuovo articolo costituzionale del 1874). Dal 1976 nelle fasce endoalpina e sudalpina si registra un nuovo aumento di inondazioni estreme. Le grandi quantità di pioggia cadute a fine agosto 2005 sull'Oberland bernese e sulla Svizzera centrale, oltre a far salire il livello dei laghi al di sopra di ogni primato precedente, hanno interrotto le vie di accesso a molte valli; l'entità dei danni (2,5 miliardi di frs.) è risultata di gran lunga la più alta degli ultimi 200 anni.
Gravi inondazioni nelle Alpi furono causate dalla rottura degli sbarramenti di laghi glaciali (lago di Mattmark, Drance de Bagnes) o dalla tracimazione di laghi formatisi in seguito a frane (buzza di Biasca). Nel 1595 e nel 1818 (ma presumibilmente anche intorno al 565) i blocchi di ghiaccio caduti per l'avanzata del ghiacciaio di Giétroz trasformarono in lago il fiume Drance; l'improvvisa rottura dello sbarramento portò ogni volta devastazioni nella valle.
A lungo la popolazione evitò i pericoli dell'acqua costruendo gli abitati in luoghi sicuri, ma dal XVI secolo i ceti bassi furono costretti a insediarsi in zone potenzialmente soggette a inondazioni (come le Schachen lungo la Emme). I comuni e appositi enti collettivi (Wuhrgenossenschaften) si prendevano carico di una protezione rudimentale dalle piene: nei punti pericolosi occorreva costruire ripari formati da sassi e graticci, obliqui rispetto alla corrente (le cosiddette Wuhren). Dal XIX secolo le correzioni di corsi d'acqua vennero coordinate e sussidiate dai cantoni e dalla Confederazione. Si affrontavano le piene innalzando gli argini, sistemando torrenti e regolando il livello dell'acqua con chiuse, il cui azionamento in caso di piena creava sempre contenziosi fra gli abitanti della zona a monte e quelli della zona a valle. Dal 1982 è andata affermandosi l'esigenza di piani integrati che tengano conto dell'importanza delle acque in quanto biotopi, elementi paesaggistici e zone di svago (ripristino dello stato naturale dei fiumi); nel 1991 questi aspetti sono stati integrati nella nuova legge federale sulla sistemazione dei corsi d'acqua, che finora non è stata però applicata con coerenza. Le sollecitazioni volte ad ampliare lo spazio disponibile per i corsi d'acqua e a non costruire più in zone inondabili sono rimaste senza esito; l'attuazione di tali richieste dovrebbe venire agevolata dopo le inondazioni dell'agosto 2005.
Durante l'ancien régime i danni venivano parzialmente coperti con gli aiuti forniti dai comuni vicini e con disposizioni sulla mendicità, dal XIX secolo con campagne di aiuto cantonali o nazionali; dall'inizio del XX secolo i danni causati dagli elementi naturali sono inclusi nelle assicurazioni immobiliari cantonali.