Nel ME e nella prima epoca moderna il concetto di alchimia copriva un insieme complesso e multiforme di teorie e di realtà empiriche, in cui si univano la speculazione sulla natura e la ricerca sperimentale su sostanze naturali. Scopo dell'alchimia era quello di modificare e nobilitare la materia attraverso l'ausilio di un "agente universale" (elisir, pietra filosofale), in grado di rendere sani i corpi malati e perfetti i metalli imperfetti.
A differenza dei Paesi vicini, il territorio dell'odierna Svizzera non sembra avere ospitato adepti dell'alchimia fino alla fine del XV sec. Anche i più importanti manoscritti medievali di alchimia conservati nelle biblioteche sviz. sono per lo più di provenienza straniera e di acquisizione posteriore; la prima raccolta sistematica di manoscritti, che annoverò tra i suoi fruitori anche Paracelso, venne allestita a San Gallo da Bartholomäus Schobinger (1500-1585). Il primo testo di alchimia redatto in territorio sviz. (a Friburgo) fu probabilmente l'autorevole Coelum Philosophorum di Philip Ulstadt, che uscì in cinque edizioni tra il 1525 e il 1535 ma non trovò editori in Svizzera. In seguito, però, e fino al XVIII sec., i testi alchemici più importanti furono spesso stampati per la prima volta in Svizzera, in raccolte sempre più voluminose. A inaugurare questo nuovo corso fu Samuel Apiarius, nel 1545 a Berna, con l'Alchemia dello Pseudo-Geber e sei altri testi classici dell'alchimia; lo seguì Guglielmo Grataroli, con la raccolta di 53 titoli Verae Alchemiae Artisque Metallicae vera doctrina, pubblicata da Pietro Perna a Basilea (1561). Nel 1572 Perna stampò altre quattro raccolte, che presentavano, nel loro insieme, 88 classici dell'alchimia araba e lat., tra cui l'Auriferae Artis, quam Chemiam vocant, antiquissimi Authores, pubblicato in traduzione ted. nel 1613. Un editore anonimo di Rorschach si era frattanto specializzato nella stampa di scritti pseudoepigrafici di un preteso maestro di Paracelso, Salomon Trismosinus (Aureum Vellus oder Guldin Schatz, 1598-1604). Dal 1628 Ginevra divenne, grazie alla fam. di editori de Tournes, un importante centro per la ristampa di pubblicazioni alchemiche; l'ultima di queste fu, nel 1702, la Bibliotheca chemica curiosa del ginevrino Jean-Jacques Manget, con 141 titoli in due volumi in-folio, opera a tutt'oggi insuperata.
Con il deciso rifiuto dell'alchimia come "arte magica" da parte di Paracelso (1493-1541), l'alchemia transmutatoria fu gradualmente soppiantata dall'alchemia medica (chemiatria o iatrochimica) e da altre applicazioni a carattere pratico-tecnologico. Ma mentre a queste ultime si limitarono Konrad Gessner (1516-1565) e Kaspar Wolf (1532-1601) a Zurigo, Renward Cysat (1545-1614) a Lucerna e Angelus Sala (1576-1637) a Winterthur, che proseguirono la tradizione dei "libri di distillazione", la visione cosmologica di Paracelso nutrì una philosophia chymica che tendeva a fondere in un tutto organico la conoscenza della natura e la religione, giungendo a considerare processo alchemico perfino il racconto biblico della creazione. Ciò spinse il turgoviese Thomas Erastus a chiedere, nelle sue Disputationes de medicina nova Th. Paracelsi (Basilea, 1571-73), la condanna a morte per i paracelsisti. Tra il 1560 e il 1600 Basilea, città teatro del cosiddetto Paracelsan revival, divenne luogo di incontro obbligato per dotti alchimisti provenienti da tutta Europa; tra questi vi erano, prevedibilmente, anche personalità ambigue quali Leonhard Thurneysen, di Basilea ma residente a Berlino, o il misterioso Alexander Seton (alias William Alexander), scozzese, cui nel 1603 a Basilea sembrò fosse riuscita in due occasioni la trasformazione del piombo in oro. Quella trasmutazione brillantemente riuscita incoraggiò Raphael Eglin e alcuni colleghi a contravvenire pubblicamente al divieto, che a Zurigo era in vigore da un decennio, di praticare l'alchimia. Al medesimo evento fece riferimento anche Bartholomäus Schobinger il Giovane, che nel 1607 cercò di impedire l'imminente promulgazione di un divieto analogo a San Gallo. A Ginevra l'alchimia fu proibita nel 1590 (per iniziativa di Teodoro di Beza), ed è al 1597 che risale il primo di una numerosa serie di recessi della Dieta fed. secondo cui gli alchimisti andavano scacciati e, in caso di entrata nel territorio conf., puniti. A San Gallo, nel 1603, David Zollikofer fu giustiziato per aver messo in circolazione 200 falsi ducati come "oro alchemico". Nel 1600 un barbiere di Sciaffusa che aveva "osato fabbricare oro con l'alchimia" se la cavò con una multa di 100 fiorini, mentre le autorità di Zugo e di Beromünster (LU) fecero "fracassare tutti i crogioli e gli strumenti di distillazione". A Basilea, nel 1592, il Consiglio ingiunse alla proprietaria del castello di Pratteln, sotto pena di forte multa, di distruggere i crogioli allestiti nel suo castello (Weiherschloss) e di non offrire più asilo ad alcun alchimista.
In Svizzera, diversamente ad esempio che in Germania, l'affermarsi definitivo dell'alta ortodossia prot. comportò una brusca flessione degli entusiasmi nei riguardi dell'alchimia. Nel 1625 Heinrich Schobinger segnalò Johann Friedrich Eggs, originario di Rheinfelden, quale unico alchimista ancora attivo a Basilea. In compenso, un sec. più tardi l'alchimia mystica di Jacob Böhme e altri ebbe un ruolo sempre più rilevante nella Teosofia e nella Massoneria religiosa sviz. Tuttavia, nello stesso periodo, la Chimica si affrancò definitivamente dall'alchimia; quest'ultima non poté dunque più sopravvivere con il suo corredo di visioni, allegorie, formule criptiche e concezioni magiche di fronte all'atteggiamento razionale dell'Illuminismo, e ben presto fu considerata unicamente un capitolo della "storia della stoltezza umana". Fu dunque necessario un enorme lavoro di ricerca per rendere nuovamente visibili gli apporti innegabili dell'alchimia in campo tecnologico, filosofico, religioso, socioculturale e nell'ambito della storia dell'arte e della letteratura.