La pedagogia è la disciplina scientifica che si occupa della teoria e della prassi dell'educazione. Il pensiero pedagogico, presente già nella filosofia greca e nella stoa romana, ricevette un forte slancio, soprattutto durante l'Illuminismo, dal concetto di perfettibilità del genere umano. Impulsi decisivi vennero da Jean-Jacques Rousseau e da Johann Heinrich Pestalozzi, le cui opere influenzarono la discussione pedagogica in tutto il mondo.
Dal 1870 furono istituite cattedre pedagogiche negli atenei svizzeri, dove la pedagogia si affermò in seno alle facoltà filosofiche come disciplina autonoma con aspirazioni scientifiche. Spesso, però, i primi corsi impartiti nelle università di Basilea, Berna, Zurigo e Ginevra avevano un'impostazione prevalentemente filosofica; prima di allora i professori di pedagogia insegnavano principalmente filosofia e solo come materia secondaria pedagogia (in genere ai futuri insegnanti di scuola superiore). La pedagogia insegnata nelle università si distinse gradatamente da quella proposta negli istituti magistrali per la formazione dei docenti, sebbene tra i titolari di cattedra fino a XX secolo inoltrato ci fossero anche ex direttori di scuole magistrali. L'affermazione della pedagogia a livello accademico avvenne tra il 1870 e il 1970, attraverso la combinazione di insegnamenti diversi: cattedre straordinarie di altre materie che comprendevano la pedagogia, incarichi straordinari in pedagogia, cattedre ordinarie di altre discipline che includevano la pedagogia e cattedre pedagogiche. Solo dopo la seconda guerra mondiale la pedagogia si affrancò dalla filosofia. Negli ultimi tre decenni del XX secolo, le cattedre di Berna, Friburgo e Zurigo si orientarono verso la psicologia pedagogica, quella di San Gallo verso la pedagogia economica. Nella Svizzera francese la specializzazione della disciplina era più avanzata: a Ginevra già nel 1890 furono introdotte cattedre autonome, integrate 30 anni dopo con l'insegnamento della pedagogia sperimentale. In differenti contesti istituzionali, scientifici e di politica scolastica si sviluppò, in particolare a Ginevra nel solco degli studi di Jean Piaget, una scuola di psicologia dell'età evolutiva, mentre la pedagogia storico-sistematica della Svizzera tedesca, legata alla tradizione umanistica – anche in seguito agli influssi della storiografia e della sociologia storica – si orientò fra l'altro sulla storia reale, delle mentalità e delle istituzioni.
Dagli anni 1990 la formazione accademica degli insegnanti avveniva per lo più nelle nuove alte scuole pedagogiche (scuole universitarie professionali), mentre nelle università di Basilea (dal 2009), Berna, Friburgo, Ginevra e Zurigo la pedagogia veniva insegnata come materia principale e in quella di Neuchâtel come materia secondaria. Friburgo proponeva un percorso di studio che aveva come disciplina principale la pedagogia curativa (a Ginevra éducation spéciale nell'ambito della materia principale). A Zurigo la pedagogia speciale (Sonderpädagogik) costituiva una materia secondaria, mentre l'università di Basilea conferiva un diploma nella medesima disciplina (Spezielle Pädagogik) e Neuchâtel offriva un corso per la formazione di ortofonisti. Nelle università della Svizzera francese si potevano seguire formazioni postdiploma in pedagogia. Nel semestre invernale 1992/1993 le facoltà pedagogiche erano frequentate da 2264 studenti, seguiti da ca. 30 professori di pedagogia e sei di pedagogia speciale. Nel 2002-2003 gli iscritti erano 2077, nel 2007-2008 2745, con una media di 90 diplomati all'anno dal 1991. Tra il 1991 e il 2007 la percentuale femminile era cresciuta dal 64 al 70%. Nel 2007 gli studenti di pedagogia speciale erano 843, di cui 766 donne.