La farmacia si occupa della preparazione, dell'analisi, del controllo e della distribuzione dei medicinali. Nel ME in Europa questi compiti venivano svolti quali attività terapeutiche, da Medici o altri guaritori. Dall'XI sec. la farmacologia integrò preparazioni di provenienza araba (Erbe medicinali). La nascita della farmacia risale alle Costituzioni di Melfi del 1231 e all'ordinamento sanitario del 1241, entrambi emanati dall'imperatore Federico II. L'ordinamento sanitario prevedeva il controllo delle autorità sui Farmacisti, l'impiego di una farmacopea e di un regolamento relativo alle tasse, oltre alla separazione dell'attività medica da quella farmaceutica.
Il primo ordinamento sulla farmacia in Svizzera è considerato il giuramento dei farmacisti di Basilea, redatto probabilmente tra il 1309 e il 1321 durante il mandato del borgomastro Thüring Marschalk (1271-1322). Nel Rinascimento e nei sec. seguenti la gamma dei medicinali disponibili subì una profonda evoluzione, consolidando il ruolo della farmacia. Con l'introduzione in Europa di nuove piante provenienti dall'America (ad esempio il guaiaco) e il conseguente rinnovamento della Botanica, furono realizzati diversi erbari, fra cui quelli di Otto Brunfels, Leonard Fuchs e Hieronymus Bock. Sullo stimolo delle teorie di Paracelso e dei suoi seguaci, furono introdotti nuovi medicamenti spagirici. Durante l'Illuminismo la farmacia si liberò dalla prassi polifarmaceutica, oltre che di numerosi prodotti, divenuti obsoleti. In Svizzera questa riforma portò alla pubblicazione di due farmacopee, la Pharmacopoea Helvetica, edita a Basilea nel 1771 con una prefazione di Albrecht von Haller, in vigore nei 13 cant., e la Pharmacopoea Genevensis, apparsa intorno al 1780.
Nell'ambito della diversificazione delle scienze del XIX sec., numerosi farmacisti (ad esempio il ginevrino Henri-Albert Gosse) diedero vita a soc. erudite di indirizzo naturalistico. Nello stesso periodo, in seguito all'introduzione della farmacia nelle Univ., cambiò il profilo professionale del farmacista. Illustri docenti univ., come Friedrich August Flückiger e Alexander Tschirch a Berna, Carl Hartwich a Zurigo e Robert Chodat a Ginevra, acquisirono fama intern. grazie ai loro lavori sulla farmacologia e sulla botanica; molti farmacisti ted. ricoprirono importanti incarichi nelle Univ., influenzando la politica professionale. La Pharmacopoea Helvetica del 1865 prese il posto di quella ted. e di quella franc., ampiamente utilizzate, e delle farmacopee cant., come quelle del Ticino (1844) e di Sciaffusa (1865). Il carattere ufficiale dell'elenco dei medicamenti della Conf. è stato consolidato dalla legge fed. sulla farmacopea del 1989, abrogata in seguito dalla legge fed. sui medicamenti e i dispositivi medici, entrata in vigore nel 2002. Dal 1964 la Svizzera partecipa all'elaborazione della Farmacopea europea.
Con i primi medicinali sintetici e la conseguente crescita dell'industria farmaceutica (Industria chimica), dalla fine del XIX sec. i medicinali già pronti sostituirono progressivamente quelli preparati artigianalmente. Da produttore il farmacista divenne un consulente specializzato con una formazione scientifica. Attorno al 1900, le Univ. di Zurigo, Basilea, Berna, Losanna e Ginevra si dotarono di ist. farmaceutici; quello dell'Univ. di Berna è stato chiuso nel 1996.
I principi della Costituzione del 1848 consentirono una liberalizzazione della sanità, tanto che alcuni cant. adottarono criteri meno restrittivi per la vendita di farmaci da parte dei medici. Ciò rappresenta una peculiarità sviz. rispetto agli altri Paesi europei e nella Svizzera ted. ha dato origine a una controversia fra medici e farmacisti sulla distribuzione di medicinali negli studi medici, che resta tuttora irrisolta. La messa in commercio di nuovi farmaci è sottoposta all'ufficio intercant. per il controllo dei medicamenti, fondato nel 1900. Tale ufficio provvede anche alla distinzione tra farmaci con obbligo di ricetta e farmaci a vendita libera, ed è pertanto corresponsabile del controllo della distribuzione. Diversi medicinali sono sottoposti alla prima legge fed. sugli stupefacenti, entrata in vigore nel 1924. L'applicazione della nuova legge sugli agenti terapeutici, entrata in vigore nel 2002, è sorvegliata dai cant. e da Swissmedic, ist. sviz. per gli agenti terapeutici, creato a questo scopo unendo l'originario ufficio intercant. per il controllo dei medicamenti con l'unità principale agenti terapeutici dell'ufficio fed. della sanità pubblica.