Con storia della Chiesa si intende lo studio scientifico della Chiesa e del Cristianesimo. Dal profilo istituzionale, in Svizzera e in tutta l'area di lingua ted., questa disciplina è legata alla Teologia. Anche la Storia generale si occupa, perlopiù in una prospettiva profana, di temi di storia della Chiesa.
La storia della Chiesa veniva trattata già in epoca paleocristiana e nel ME, quando era considerata parte integrante della storia mondiale e intesa come storia della salvezza. L'Umanesimo e la Riforma contribuirono allo sviluppo di una storia della Chiesa indipendente: il primo rivalutò le fonti antiche e promosse la redazione di cronache cittadine, mentre la divisione confessionale indusse i prot. a legittimare la Riforma e i catt. a difendere la tradizione. Johann Heinrich Hottinger, teologo zurighese, fu autore di una Historia ecclesiastica (1651-67) e suo figlio Johann Jakob di una Helvetische Kirchengeschichte in quattro volumi (1698-1729). Sul fronte catt., Heinrich Murer, certosino di Ittingen, scrisse una Helvetia Sancta (1648) e Johann Kaspar Lang, parroco di Frauenfeld, l'opera in due volumi Historisch-theologischer Gründ-Riss der alt- und jeweiligen christlichen Welt (1692). Questi testi sono caratterizzati da una polemica confessionale, in particolare sull'interpretazione delle leggende paleocristiane e medievali (Confessionalismo). Vanno poi menz. anche le storie delle grandi abbazie benedettine dell'epoca. Abraham Ruchat, professore di eloquenza all'Acc. di Losanna nella prima metà del XVIII sec., è considerato il primo storico della Chiesa del Paese di Vaud.
Segnò l'inizio di una nuova fase la ricerca storico-critica del XIX sec., che analizzò fonti quali le vite dei martiri e dei monaci (Agiografia), le cronache, l'Annalistica, le cronache cittadine del tardo ME e, successivamente, anche le testimonianze archeologiche. Ernst Gelpke, professore a Berna, fu autore di una Kirchengeschichte der Schweiz in due volumi (1856-61), che tuttavia non poté proseguire oltre l'epoca carolingia. Gli Studien und Beiträge zur Schweizerischen Kirchengeschichte (tre volumi, 1902-08) dell'ecclesiastico lucernese Bernhard Fleischlin si fermano alla Riforma. La fondazione delle riviste Zwingliana (1897) e della catt. Zeitschrift für schweizerische Kirchengeschichte (1907, dal 2004 Rivista sviz. di storia religiosa e culturale) fornì un importante stimolo alla ricerca scientifica. Anche gli organi delle soc. di storia cant. e regionali pubblicarono numerosi contributi di storia della Chiesa. Una sintesi di storia della Chiesa sviz. - limitata alla Chiesa catt. per il periodo successivo alla Riforma - fu pubblicata da Theodor Schwegler, benedettino di Einsiedeln (1935). Sul fronte rif., Rudolf Pfister, pastore e professore onorario a Zurigo, scrisse una Kirchengeschichte der Schweiz in tre volumi (1964-84), che considerava anche la Chiesa catt. e le altre comunità religiose. All'Ökumenische Kirchengeschichte der Schweiz, pubblicata nel 1994, collaborarono esponenti delle Chiese cristiane e della comunità isr. Importanti per la storia della Chiesa sono anche i primi periodici, le storie cant. e le storie delle singole diocesi. L'opera di consultazione Helvetia Sacra, pubblicata dal 1964 e sostenuta dal Fondo nazionale sviz. per la ricerca scientifica, pone la storia delle istituzioni ecclesiastiche su nuove basi.
In Svizzera la storia della Chiesa è materia di insegnamento in tutte le facoltà di teol. (tranne a Neuchâtel); a Friburgo, Lucerna e Coira è associata alla patrologia (analisi scientifica degli scritti dei Padri della Chiesa). Mentre gli studi di storia della Chiesa in ambito rif. erano tradizionalmente più orientati verso la storia della teol., quelli in ambito catt. ponevano l'accento sugli aspetti istituzionali. In tempi più recenti, nel contesto di entrambe le confessioni si denota un crescente interesse per temi legati alla storia sociale, delle mentalità e della vita quotidiana.