Abbazia di canonici regolari dell'ordine premonstratense, situata nella diocesi e principato vescovile di Basilea (oggi comune di Saicourt). Fondata verso il 1140 e soppressa nel 1797, ebbe quale patrono S. Imier, poi la Vergine Maria e S. Pietro. È citata anche come Belilaia, Bellelagia, Belelai, ecc. A sua volta filiale dell'abbazia del Lac de Joux, fondò alla fine del XII secolo una filiale a Grandgourt, ridotta rapidamente a priorato, e nel 1255 l'abbazia di Gottstatt; ottenne la tutela dell'abbazia di Himmelspforte (presso Wyhlen, oggi Baden-Württemberg), fondata nel 1303 e trasformata in priorato di Bellelay nel 1523. Appartenne alla provincia (circarie) di Borgogna e dal 1672 a quella di Svevia.
La leggenda vuole che Siginand, prevosto del capitolo di Moutier-Grandval, abbia fondato l'abbazia in seguito a un voto espresso durante un incidente di caccia. In realtà il vescovo di Basilea, Ortlieb von Frohburg, presentato come lo scoltetto di Bellelay nella prima bolla di conferma dell'esistenza dell'abbazia (1142 e non 1141), ebbe probabilmente un ruolo decisivo, poiché Bellelay rappresentava un avamposto basilese alla frontiera occidentale della diocesi. Il vescovo procurò la dote dell'abbazia attingendo essenzialmente ai beni del capitolo di Moutier-Grandval, che allora egli controllava saldamente. In un primo tempo modesta, Bellelay accrebbe in seguito la sua importanza; le sue proprietà fondiarie si estesero sull'insieme dei territori attuali del cantone Giura e del Giura bernese. Retta secondo il tipico sistema economico di una signoria, si distingueva per una particolare insistenza nella riscossione dei diritti che spettavano alla chiesa e delle decime. Investita dalla crisi economica e politica della fine del XIV secolo, si riprese grazie alla gestione energica dell'abate Henri Ner (1401-1424?), un parente del vescovo e primo abate mitrato. Almeno dal 1414, Bellelay. fu legata da comborghesia a Berna (fino alla Riforma), a Soletta (fino alla Rivoluzione francese) e a Bienne (1516-1606). Durante la guerra di Svevia gli edifici vennero bruciati (1499).
All'avvento della Riforma, Bellelay si trovò alla frontiera tra le due confessioni; alcuni conventuali si convertirono. Il convento visse la sua epoca d'oro nel XVII e soprattutto nel XVIII secolo, nonostante alcuni pericoli: durante la guerra dei Trent'anni fu risparmiato grazie alla sua alleanza con Soletta. Nel periodo dei disordini che scossero il principato vescovile (1726-1741, rivolta dei Pétignats), l'abate svolse un ruolo importante quale presidente dell'Assemblea degli Stati del Paese. In tale veste, cercò di accrescere i poteri di questo organo e di limitare l'assolutismo del principe vescovo, dal quale venne poi punito, nel 1741; soltanto nel 1791 il convento fu reintegrato negli Stati e l'abate tornò alla sua presidenza. Nel XVIII secolo il convento si arricchì di nuovi edifici, a cominciare dalla ricostruzione della chiesa, un'opera dell'architetto Franz Beer von Blaichten nello stile barocco del Vorarlberg, che venne consacrata nel 1714. Nel 1772 fu aperto un collegio destinato a conquistare rapidamente importanza: nel 1779 aveva già 62 allievi, provenienti soprattutto dall'estero, in particolare dai cantoni svizzeri cattolici e dall'Alsazia; nel 1782 si dovette realizzare un nuovo edificio da adibire a pensionato. Nel 1797 il collegio era frequentato da oltre 100 allievi.
La proclamazione della Repubblica rauracica e poi l'occupazione francese della parte settentrionale del principato vescovile scossero il convento. Il priorato di Grandgourt venne evacuato e in seguito i pensionanti e l'abate, con la biblioteca, trovarono rifugio a Soletta. Protetta dalla neutralità elvetica, l'abbazia sfuggì all'annessione alla Francia fino al dicembre del 1797, ma poi fu soppressa, i suoi beni vennero confiscati e poi venduti, e i religiosi furono espulsi.
Sono noti 42 abati di Bellelay, in gran parte reclutati tra la borghesia regionale. Il numero dei canonici variò sensibilmente nel tempo: forse non erano più di otto nel 1402 (epoca di grave crisi), e 15 nel 1435, ma il loro numero scese nuovamente nel XVI secolo, dopo la Riforma, poi risalì nel XVII secolo, per raggiungere la trentina nel XVIII secolo. Oltre alle funzioni abituali, i canonici si occupavano anche del priorato di Grandgourt e di alcune parrocchie, come La Neuveville, Tavannes e Bévilard, che rappresentavano incarichi di una certa importanza. L'abbazia accolse anche i conversi, ma non si sa con precisione quanti fossero e quali mansioni avessero. Nel XIV secolo vennero sostituiti dai renduiz, che erano laici più o meno integrati nell'abbazia; avevano molta libertà (alcuni si sposavano), pur vivendo in una sorta di associazione spirituale ed economica con l'abbazia. Secondo la tendenza generale dell'epoca, nel XIV secolo si manifestò una chiara attenuazione della disciplina. Allora i canonici disponevano di propri redditi e fino al XVI secolo percepirono prebende individuali. Nel 1580 il nunzio apostolico fece correggere gli abusi e all'inizio del XVII secolo Servais de Laruelle, delegato dell'ordine, si occupò della riforma di Bellelay. L'abbazia possedeva numerose parrocchie, che erano fonti di reddito importanti, in particolare grazie alle decime, e che spesso fruivano del servizio dei canonici: Boécourt, Bassecourt, Les Genevez, Montignez, La Neuveville, Tavannes, Longeau, Perles e Bévilard. Le ultime cinque passarono alla Riforma, rimanendo comunque sotto l'influenza del potere dell'abbazia, che conservò anche il suo diritto di collazione. Infine, per motivi spirituali e di sicurezza, essa stabilì legami con istituti religiosi vicini, non necessariamente premonstratensi. Un collegamento venne stabilito nel 1362 (periodo agitato) con le case di Erlach, Frienisberg, Fontaine-André, Gottstatt e Ile Saint-Pierre; un altro fu realizzato a una data sconosciuta, ma prima del 1460, con i monaci di Lucelle e i canonici di Moutier-Grandval e di Saint-Ursanne.
Il convento fu anche il centro di una piccola signoria, detta, dal XV secolo, la Courtine di Bellelay. In realtà, oltre alle importanti rendite e ai diritti fondiari che possedeva in tutte le regioni del vescovado, Bellelay aveva una giurisdizione più ampia sulla vicina regione di Courtine, che comprendeva essenzialmente i villaggi giurassiani di Fornet, Lajoux e Les Genevez. Tuttavia Bellelay era sottoposta al potere temporale del vescovo, che era il suo scoltetto; egli amministrava l'alta giustizia, accordava franchigie per i suoi coloni e sorvegliava la delimitazione dei confini della Courtine.
Nel XIX secolo la zona abbaziale si degradò progressivamente. Sulle sue terre si insediarono tra l'altro anche una conceria, una fucina e una birreria. Nel 1899 gli edifici conventuali furono trasformati in un ospedale psichiatrico, ancora in attività all'inizio del XXI secolo. La chiesa, restaurata nel 1960, ospita dal 1970 esposizioni annuali di pittura.