L'abbondanza di specchi d'acqua sul territorio sviz. è stata poco sfruttata sul piano militare, a eccezione del trasporto di truppe, documentato a partire dal ME, per cui venivano impiegate imbarcazioni civili. Nel 1422 ad esempio il contingente lucernese diretto ad Arbedo, composto da 400-500 uomini, attraversò il lago dei Quattro cant. a bordo di sette chiatte. Nel gennaio del 1798 una parte delle truppe di invasione franc. sbarcò a Nyon e a Losanna. Durante la guerra franco-prussiana (1870), i Ticinesi attraversarono il lago dei Quattro cant. per raggiungere la frontiera del Reno.
In Svizzera non avvennero mai battaglie navali importanti. Tuttavia vennero utilizzate barche e a volte zattere per assedi od operazioni anfibie. Strabone (Libro VII) riferisce di scontri sul lago di Costanza tra Romani e Vindelici nel 15 o 14 a.C. Nel 1375 i Bernesi attaccarono il castello di Nidau dalla Thielle con armi d'assedio montate su alcune imbarcazioni. Nel corso della Vecchia guerra di Zurigo, vi furono diversi combattimenti tra Svittesi e Zurighesi per la supremazia sul lago di Zurigo (assedio di Rapperswil, attacco anfibio a sorpresa a Hurden, scontro tra fanterie avvenuto su delle zattere nei pressi di Männedorf nel 1445). Nel corso delle guerre di Borgogna i Bernesi non riuscirono a liberare la guarnigione di Grandson attraversando il lago di Neuchâtel; durante l'assedio di Morat, al contrario, riuscirono a mantenere i contatti con la città nelle ore notturne grazie a imbarcazioni.
Sui laghi sviz. vi fu comunque una sporadica presenza di navi da guerra. A partire dal XIII sec. i Savoia mantennero una flottiglia sul lago di Ginevra, ormeggiata nei porti di Villeneuve (VD) e di Ripaille (Thonon, F), che servirono anche da cantieri navali. Durante il XVII-XVIII sec. la Costruzione navale progredì grazie agli sforzi di Ginevrini, Bernesi e Zurighesi: per fronteggiare la flottiglia savoiarda, brigantini ginevrini (tra cui Le Soleil) e galee bernesi (Le Grand Ours, Le Petit Ours) presidiavano il Lemano, mentre sul lago di Zurigo navigarono per 90 anni unità da guerra costruite nel 1693. Il porto di Morges, ultimato nel 1695, risultava predisposto per usi sia militari sia commerciali. Le poche unità di guerra svolsero tuttavia un ruolo secondario, e diversi progetti non furono mai portati a termine. Dopo gli sforzi intrapresi dall'ultimo "ammiraglio" Auguste de Crousaz (✝︎1798), nel 1793 la flottiglia bernese venne definitivamente disarmata.
Rispetto agli Svizzeri, i Paesi limitrofi diedero maggiore importanza all'impiego di forze navali. Nel X-XI sec. vi furono delle guerre navali per il controllo dei laghi di Lugano e di Como. Durante le guerre di Musso (1525-32), combattimenti assai violenti si svolsero sul lago di Como; nel 1633 scontri tra le truppe svedesi e imperiali avvennero sul lago di Costanza. Nel 1859 il lago Maggiore fu teatro di operazioni militari durante il conflitto tra l'alleanza franco-piemontese e l'Austria: tre battelli a vapore austriaci fuggirono a Magadino, i soldati vennero internati. La Conf. acquistò i battelli austriaci (tra cui la cannoniera Radetzky, costruita in Svizzera), ma già nel 1860-61 li rivendette al governo it.
All'inizio della prima guerra mondiale gli Svizzeri, contrariamente ai loro vicini (Italia, Austria, Baviera, Württemberg, Baden), non disponevano di unità navali né sui laghi ticinesi, né sul lago di Costanza. Su quest'ultimo l'esercito utilizzò dei canotti per sorvegliare la frontiera, sostituiti nel 1917 con dei battelli a motore, poi smobilitati alla fine del conflitto. Si dovette attendere fino al 1942 per la creazione di una flotta militare in funzione sui laghi di frontiera e nelle aree del ridotto nazionale (nove pattuglie armate, più una cinquantina di battelli privati requisiti). Sulla base di questa flotta, nel 1947 venne costituita una compagnia, poi divisa nel 1961 in tre compagnie (lago di Costanza, lago di Ginevra, laghi ticinesi). Equipaggiate nel 1980 con dieci nuove unità, dal 1995 le compagnie dispongono di una propria scuola reclute. I distaccamenti di battelli da trasporto formati nel 1970, gli ultimi dei quali impiegati sul lago dei Quattro cant., sono stati smantellati nel 1994.