Dalla nascita della Conf. il comando supremo militare è soggetto a un controllo democratico. In tempo di pace le truppe erano sottoposte alle autorità politiche, che cercavano di non concedere poteri eccessivi a chi deteneva il comando supremo in tempo di guerra.
Nelle Milizie cantonali della vecchia Conf. il comando supremo era in mano al Consiglio di guerra, formato dai capi militari dei cant. Solo in un caso, durante le guerre d'Italia, con Ulrico de Sacco le truppe sviz. ebbero un comandante unico, nominato dalla Dieta federale (1511-13). Tentativi di dare un nuovo assetto al comando supremo fallirono con il Defensionale di Wil del 1647 (Defensionali); una novità sostanziale fu la creazione di uno Stato maggiore con cariche già ricoperte in tempo di pace. L'introduzione dei gradi di generale, proposta dal Consiglio di guerra, venne respinta dalla Dieta; altre Diete fed. o parziali, tuttavia, designarono comandanti supremi per singole regioni o leve militari (ad esempio negli anni 1653, 1656, 1792 e 1798).
Con l'Elvetica (1798) cominciò un processo che portò da un lato alla costituzione di un comando supremo esercitato da un Generale, eletto o nominato e con poteri sempre più ampi, dall'altro a una limitazione duratura della sovranità cant. in ambito militare (Esercito). Nella Repubblica elvetica era il Direttorio a disporre delle forze armate; tuttavia, la prima Costituzione repubblicana vietava a quest'ultimo o ai suoi membri l'esercizio diretto del comando supremo. L'esecutivo aveva per contro competenza sulla nomina o la destituzione degli Ufficiali di ogni grado, e quindi anche del comandante in capo, sulle cui competenze le leggi non davano però alcuna indicazione. Le autorità elvetiche nominarono quattro generali: Augustin Keller, Johann Weber, Joseph Leonz Andermatt e Pierre von der Weid. Nel 1803 l'Atto di mediazione restituì la sovranità militare ai cant., che tuttavia furono obbligati ad approntare contingenti di truppe per l'esercito fed. Quest'ultimo era comandato da un generale che veniva eletto dalla Dieta e che, secondo il regolamento militare generale del 1807, era ad essa sottoposto; altre norme sull'esercizio del comando supremo non vennero emanate. Le tre chiamate alle armi che si ebbero sotto il generale Niklaus Rudolf von Wattenwyl misero in luce carenze profonde dovute agli insufficienti poteri del comandante in capo. Il decorso sfortunato della campagna di Borgogna del 1815 sotto il generale Franz Niklaus von Bachmann ne costituì un'ulteriore conferma; il Patto fed. del 1815, nonostante ciò, non procedette a un potenziamento del comando supremo. La scelta del comandante in capo competeva alla Dieta fed., e da allora in poi gli adattamenti che risultavano necessari per il comando supremo furono introdotti esclusivamente con la legislazione militare, in particolare con il regolamento militare del 1817, che conteneva disposizioni dettagliate al riguardo. Per la prima volta il comandante in capo disponeva dei poteri straordinari necessari e poteva impiegare sulla base della propria discrezionalità i mezzi che gli erano stati assegnati per lo svolgimento degli incarichi di sua competenza. Ad assisterlo vi era un Consiglio di guerra fed. formato da membri della commissione di vigilanza militare del tempo di pace, con funzioni simili a quelle svolte più tardi dall'allora Dip. militare fed. (DMF) nei periodi del Servizio attivo. Queste disposizioni vennero mantenute anche successivamente, ad esempio nel 1830 e nel 1845, risp. con le leve militari per la protezione della neutralità (generale Charles-Jules Guiguer de Prangins) e durante la spedizione dei Corpi franchi (generale Peter Ludwig von Donatz), ma soprattutto nel novembre 1847, durante la guerra del Sonderbund (generale Guillaume-Henri Dufour).
Le disposizioni del 1817 furono parzialmente accolte nel primo regolamento militare dello Stato fed., le cosiddette Organizzazioni militari (OM) () del 1850. Tra le attribuzioni delle Camere fed. figuravano l'elezione del generale, la chiamata in servizio e il congedo delle truppe, con facoltà di trasferire queste competenze al Consiglio fed.; chiamata in servizio e congedi potevano essere delegati anche al generale. Il generale, riservato il diritto superiore di emanare ordini dell'Assemblea fed., ordinava tutte le misure militari che riteneva necessarie per l'adempimento del proprio mandato. Grazie a circostanze politiche concomitanti favorevoli, le leve del 1849, del 1856-57 e del 1859 si svolsero senza difficoltà di rilievo, ma nel 1870-71 le Camere negarono al generale Hans Herzog il potere di chiamare in servizio o congedare truppe a sua discrezione. Le durature difficoltà che ne derivarono suggerirono di rafforzare la posizione del comandante in capo; l'obiettivo fu raggiunto con una chiara descrizione delle sue competenze nell'OM del 1874. Altra novità era costituita dalle norme secondo cui l'Assemblea fed. doveva eleggere il generale non appena si profilasse una chiamata in servizio per parecchie divisioni, e il comandante in capo aveva il diritto di partecipare alle delibere sulle dimensioni quantitative della leva. Tuttavia, una concreta applicazione di queste norme non ebbe mai luogo. L'OM del 1907 ampliò nuovamente in misura cospicua le competenze del comandante supremo, che ora poteva disporre liberamente delle risorse militari nazionali, in termini di materiali e di persone, salvo per il servizio territoriale (soggetto al DMF). Durante il servizio attivo degli anni 1914-18 questa bipartizione delle forze armate fu all'origine di notevoli conflitti di competenze fra il generale Ulrich Wille e il DMF; l'amplissima autonomia del generale nei confronti delle autorità politiche portò a dissidi con le Camere. Il motivo principale alla base di queste tensioni, al di là dello scontro fra personalità troppo diverse, era però la mancanza di norme per lo stato di neutralità armata. Entro il 1939 vennero introdotte nell'OM le modifiche suggerite da quelle esperienze; in particolare, sia la formazione sia il servizio territoriale furono sottoposti al comandante in capo. Diversamente dal servizio attivo del 1914-18, negli anni 1939-45 non si crearono tensioni troppo profonde tra il comandante supremo da un lato, il generale Henri Guisan, e le autorità politiche e la pop. dall'altro; alcuni contrasti legati all'interpretazione dell'OM furono superati grazie alla volontà fondamentale di collaborazione e alla personalità carismatica del generale Guisan.
Oggi le disposizioni sul comando supremo figurano nella legge militare del 1995. Un'innovazione è il mantenimento della suprema autorità direttoriale ed esecutiva da parte del Consiglio fed. anche dopo l'elezione del generale da parte dell'Assemblea fed. Per decisioni relative alla difesa nazionale il Consiglio fed. consulta il generale; questi, a sua volta, è autorizzato a sottoporgli proposte. Il generale può inoltre modificare la struttura dell'esercito se la situazione lo richiede. Per formare o sciogliere grosse unità, tuttavia, occorre l'approvazione del Consiglio fed.; quest'ultimo stabilisce anche le unità amministrative subordinate al generale. In stato di grave necessità, il Consiglio fed. può mettere a disposizione del generale ulteriori mezzi, in personale e in materiale. Non è ancora chiaro in che misura il capo dell'esercito (carica istituita nel 2004) assumerà il ruolo di comandante in capo in tempi di pace.