L'aumento degli effettivi militari nel XVI sec. e l'affermarsi di nuove armi e mezzi di combattimento (Milizie cantonali), in parte già riuniti in unità speciali, comportarono uno sviluppo nella gerarchia militare. Per il comando di una truppa composta da diversi gruppi dovevano essere impiegati vari Capitani, subordinati a un colonnello (etimologicamente "capo di una colonna di soldati"). In franc. il termine corrispondente è colonel, in ted. a Oberster (Feld)hauptmann, letteralmente "primo capitano", subentrò Oberst (anche Obrist nella vecchia Conf.). Nel Servizio mercenario il colonnello occupava una posizione particolare. A partire dal XVII sec. non fu solo il comandante, ma anche il proprietario del reggimento che aveva reclutato, risp. acquistato o ereditato; era pertanto una sorta di Imprenditore militare che offriva i suoi servizi ai potenti. A condizione che l'età e l'anzianità di servizio fossero conformi alle prescrizioni, la promozione a colonnello avveniva spesso saltando i normali gradini della gerarchia. In Francia, dove erano richiesti un'età minima di 25 anni e 14 anni di servizio, tra i 27 Ufficiali promossi nel 1684 al grado di colonnello non vi erano né un tenente colonnello, né un maggiore. In questi casi l'effettivo comando del reggimento veniva per lo più affidato al tenente colonnello. Un colonnello del servizio mercenario disponeva in genere di un potere assoluto all'interno del proprio reggimento, di cui nominava gli ufficiali e in cui esercitava la giurisdizione suprema.
Nel XVII sec. la milizia della vecchia Conf. conobbe una particolare evoluzione. L'introduzione di gradi di generale quali, ad esempio, generale comandante o generale quartiermastro, proposta nel 1647 dal Consiglio di guerra nel Defensionale di Wil, non venne approvata dalla Dieta per motivazioni legate alla spaccatura religiosa. Al loro posto furono introdotti i gradi di colonnello con l'indicazione della funzione, come colonnello generale (Oberster Feldhauptmann), colonnello quartiermastro, ecc. Tale misura diede origine a una tradizione di lunga durata: fino al 1974, in seno alla gerarchia dell'Esercito vi furono ufficiali superiori di Stato maggiore quali il colonnello brigadiere, il colonnello divisionario o il colonnello comandante di corpo. In origine, all'inizio delle campagne militari i capitani delle milizie cant. sceglievano fra di loro i colonnelli; più tardi, in caso di grandi spiegamenti dell'esercito, tale decisione spettò alla Dieta. Dal 1647 fino al declino della vecchia Conf. i colonnelli furono nominati, come previsto dal Defensionale di Wil, dai cant. incaricati di metterli a disposizione. Durante la Restaurazione e la Rigenerazione fu introdotto il grado di colonnello fed. Nominati dalla Dieta su proposta del Consiglio di guerra, i colonnelli fed., il cui numero in tempo di pace era fissato a 30, erano responsabili della conduzione, della formazione e dell'amministrazione dell'esercito fed. Dal 1874 fino alla riforma di Esercito XXI il colonnello poteva comandare una brigata di fanteria o un reggimento oppure fare parte dello Stato maggiore generale dell'esercito o di quello di un'unità. Con la soppressione dei reggimenti il colonnello svolge la sua attività unicamente in uno stato maggiore. La promozione al grado di colonnello viene decisa dal Consiglio fed. su proposta del Dip. della difesa, della protezione della pop. e dello sport (DDPS).